교환거래를 위하여 취득한 신규취득토지의 교환손실(고정자산 처분손실)을 교환으로 인하여 취득하는 토지의 자본적 지출이라 하여 신규취득토지의 교환손실을 손금불산입함은 부당함.(경정)

정부와 토지를 원래의 취득가액보다 미달한 감정가액으로 교환함으로써 발생한 그 토지의 처분손실은 새로 취득한 토지의 자본적 지출로 볼 수 없음

1. 사실청구법인은 OOOO청의 교환요청에 따라 OOO 제5·6부두 건설예정부지내 별지기재의 소유토지 5필지 10,931.8㎡(감정가액 929,996,200원)를 부산시 영도구 OO동 소재 국유지 2필지 5,484㎡(감정가액 987,120,000원)와 「“감정가액”에 의하여 교환하는 교환계약」을 체결하여 89.3.24 그 정산 차액 57,123,800원을 OOOO청에 지급하고 상호교환함으로써 그 소유토지를 양도한 사실이 있는 바,처분청은 청구법인이 양도한 토지중 취득가액에 미달하게 감정가액으로 양도(교환)함으로써 발생한 별지기재의 제2호와 제3호 토지의 처분손실 236,579,640원을 새로 교환 취득하는 토지의 자본적 지출로 보아 손금부인하여 당해 각 사업년도의 소득을 계산하고, 당해토지의 양도가액을 교환가액인 감정가액으로 하지 아니하고 당초의 실지취득가액으로 하여 특별부가세 과세표준을 계산하여 91.1.22 청구법인에게 89.1～12사업년도분 법인세 55,219,970원 및 동 방위세 38,376,960원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장가) 각 사업년도 소득금액계산에 있어서 토지의 장부가액은 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우를 제외하고는법인세법시행령 제48조제2O 제1호에서 규정한 매입한 고정자산은 매입당시의 그 대가(등록세, 취득세, 기타 부대비용을 포함한다)를 의미하며 자본적 지출이란 고정자산의 내용년수를 증가시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비를 말하고 자본적 지출에 대하여는동법시행규칙 제33조제2호 각목과 동법기본통칙 2-15-1...21에 상세히 나열되어 있음을 알 수 있음에도 불구하고, 처분청은 교환거래를 위하여 취득한 신규 취득토지의 교환손실을 교환으로 인하여 취득하는 토지의 자본적 지출이라 하여 신규취득 토지의 교환손실을 손금불산입한 당초처분은 부당하며,나) 국가기관과 청구법인간의 계약에 의하여 성립된 거래로서 그 계약에 하자가 없는 한 그 계약서의 내용은 정당한 것이며, 교환계약서에 명시된 것이 거래금액으로서 청구법인의 양도가액이고, 교환양도하기 위하여 새로 취득한 거래는 거래시기, 거래당사자, 거래조건 등이 이와는 완전히 별개의 거래임에도 불구하고 처분청은 양도와 취득의 별개 거래를 하나의 단일거래로 보았으며 국세청 법인 22601-1391(87.5.27), 재산 01254-1423(86.5.1), 법인 22601-467(86.2.11)을 모두어 볼 때 교환당시 거래쌍방의 토지 등에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액을 기준으로 교환하는 경우의 양도가액은 동 감정가액으로 하도록 해석하고 있으므로 한국감정원에서 감정한 감정가액을 실지거래가액으로 보아야 함에도 불구하고 취득당시의 가액을 양도가액으로 보았음은 부당하고 처분청에서는 각 사업년도 소득금액계산시에는 신규 취득 토지의 양도가액을 425,426,200원으로 적용하고, 특별부가세 과세표준계산시에는 661,

995,840원을 적용하여 단일거래의 양도가액이 2개가 되어 모순이 되는등 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견가)법인세법시행령 제57조및동법시행규칙 제33조와 동법기본통칙 2-15-1...21에 의하면, 건물의 철거비용이나 첨가 취득한 기계장치의 처분손등에 대하여는 발생원인이나 취득목적이 자본적 지출 해당 여부의 판단에 중요한 요소이므로 이 건의 경우 처음부터 취득목적을 달리하여 취득한 점, 즉 교환목적으로 취득한 토지의 처분손실은 자본적 지출로 보아야 한다고 판단되며, 청구법인의 토지교환일인 88.12.29 현재 교환취득 토지의 정상가액을 분명하게 알 수 없으므로 부득이 취득토지의 감정가액 425,426,200원을 양도가액으로 보아야 하므로 88.12.10 실제매매거래에 의해 취득한 장부가액 661,995,840원을 차감 계상한 고정자산처분손실 236,569,640원을 손금불산입한 당초처분은 정당하다고 사료되며, 각 사업년도의 소득금액계산은법인세법 제9조에 “내국법인의 각 사업년도 소득금액은 그 사업년도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 되어 있으며,같은법 시행령 제12조제1O의 수익과 제2O에 손비를 상세히 나열하고 있으며, 손비O목 중 “양도한 자산의 양도당시의 장부가액”을 규정하고 있음을 알 수 있다.나) 교환으로 양도한 토지의 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어법인세법 제59조의2및동법시행령 제124조의2의 규정을 보면, 토지 등의 교환에 따른 양도가액의 계산은 교환으로 인하여 자기가 양도하는 토지 등의 교환당시의 정상가액에 의하는 것으로 규정하고 있어 고정자산 처분손익계산의 경우와는 그 방법을 달리하고 있으며, 88.12.10 실제매매거래에 의해 취득한 661,995,840원을 88.12.29 현재 교환토지의 정상가액으로 보아 양도차익을 결정한 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점가) 정부의 공공시설(OOO 제5·6부두 건설부지) 목적으로 정부와 토지를 교환하게 됨에 따라 교환조건에 맞게 새로 취득하여 원래의 취득가액보다 미달한 감정가액으로 교환함으로써 발생한 그 토지의 처분손실이 다른 소유토지의 처분이익에 관계없이 새로 취득한 토지의 자본적 지출이 되는지 여부와나) 일부토지를 새로 취득하여 기존의 다른 소유토지와 함께 감정가액에 의하여 교환한 경우 새로 취득하여 양도한 토지의 양도가액이 당해토지의 당초 취득시의 실지거래가액인지 또는 그 토지의 “감정가액”인지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단

쟁점 가)에 대하여 :먼저 이 건 사실관계를 살펴보면, OOOO청장이 88.6.24 OOO 제5·6부두 건설예정부지내의 청구법인 소유의 토지인 OO시 중구 O동 OO OOOO 소재 잡종지 6,600㎡중 3,300㎡가 부두건설용지로 필요하므로 OOOO청의 소유토지인 서울시 강남구 OO동 OOOO, OOOO 소재 10,467㎡와 교환할 것을 청구법인에게 요청(OOOO청, 재정 22400-3794)한 사실,이에 대하여 청구법인이 같은 해 7.27 청구법인의 소유토지가 OOOO청의 소유토지보다 그 가액이 적기 때문에 국유재산법 제OO조에 규정한 교환요건(일방가격이 타방가격의 4분의3 이상)에 저촉되기 때문에 OOOO청 소유의 당해토지와는 교환이 불가능하나, OOOO청 소유의 다른 토지인 부산시 영도구 OO동 OOOO 소재 임야 4,884㎡와 같은곳 OOOO 소재 잡종지 600㎡와는 교환이 가능함을 회신하였는 바, OOOO청장이 같은해 12.1 청구법인 소유의 토지면적과 가액이 OOOO청 소유의 토지면적과 가액에 대비할 때 위 국유재산법의 교환요건에 불비하므로 OOO 부두 개발계획지역 내의 사유지인 OO시 중구 OO동 OO OOOO, OOOO, OOOO, OOOO 등을 청구법인이 확보한 후에 교환할 수 있도록 협조요청(재정 22400-6894)한 사실,청구법인이 위 국유재산법상의 교환요건에 맞추기 위하여 OOOO청장이 지정한 OOO 부두개발계획지역내의 위 사유지를 청구외 OOO · OOO으로부터 같은달 12일 364,626,240원과 297,369,600원에 각각 취득하였으며, 재무부장관이 같은해 12월17일 OOOO청장의 국유재산교환협의(OOOO청 재정 22422-7213, 7214)에 대하여 동의(재무부, 국재 22422-2541)하였다.

이와같이 교환요건을 구비하게 되자 청구법인과 OOOO청장은 같은달 29일 청구법인의 소유인 OO시 중구 O동 OO OOOO 잡종지 5,950㎡, 같은구 OO동 OO OOOO 잡종지 524.6㎡, 같은곳 OOOO, 잡종지 2,129.9㎡, 같은곳 OOOO 잡종지 1,329.3㎡, 같은곳 OOOO, 잡종지 998㎡ 등 5필지 합계 10,931.8㎡의 가액을 감정가액(가격시점 88.11.14)인 929,996,200원으로 하고 OOOO청 소유의 국유재산인 부산시 영도구 OO동 OOOO 임야 4,884㎡와 같은곳 OOOO 잡종지 600㎡ 등 2필지 합계 5,484㎡의 가액을 감정가액(가격시점 88.11.14)인 987,120,000원으로 하여 감정가액에 의한 교환가격으로 상호교환하면서 그 정산차액 57,123,800원을 청구법인이 OOOO청장에게 지급함으로써 교환계약에 의한 거래를 종결한 사실이 청구법인이 제시하는 공문서와 그 회신문과 교환계약서에 의하여 인정된다. 한편, 청구법인이 이 건 토지를 감정가액에 의하여 양도함에 따라 별지 내역과 같이 제1호 토지의 경우는 기존소유 자산이므로 양도차익 406,578,721원이 발생하나, 제2호 및 제3호 토지의 경우 취득후 단기간내에 감정가액에 의하여 양도함에 따라 양도차손 113,512,900원과 123,066,740원이 각각 발생하며, 따라서 이 건 전체토지로서는 양도차익 169,999,081원이 되는 바,처분청은 제1호 토지의 양도차익 406,578,721원은 그대로 인정하고, 제2호와 제3호 토지의 양도차손의 합계액 236,579,640원은 청구법인이 교환에 의하여 OOOO청으로부터 취득하는 토지의 자본적 지출에 해당한다고 보아, 당해 89사업년도의 소득금액계산시 익금에 산입하여 이 건 과세처분을 한 것이다.

처분청이 이러한 과세처분을 하게 된 이유는 교환거래의 경우 당해 양도토지의 양도가액은 교환으로 인하여 자기가 취득하는 토지의 교환당시의 정상가액이라는 해석에서 나온 것인 바,교환거래의 경우 양 당사자 사이에 상호 교환하는 자산의 가액을 정함이 없이 교환하는 경우에는 부득이 정상가액에 의하여 양도 및 취득가액을 계산할 수 밖에 없는 것이나,이 건의 경우에 있어서는 앞에서 본 바와같이 거래가액을 상호 동일한 조건에 의한 가액인 감정가액으로 하기로 약정하고 그 차액을 현금으로 정산하였는 바, 그렇다면 그 감정가액과 현금정산 차액을 실지거래가액인 양도가액 또는 취득가액으로 보아야 할 것(선결정예 91부1060, 91.8.10, 83광11OO, 83.8.4 등 다수, 국세청예규 법인 22601-1381, 87.5.27, 법인 22601-167, 86.2.11, 재산 01254-1423, 86.5.1 등 다수)인 바,이러한 점을 간과한 처분청의 의견은 관계법리를 오해한 잘못이 있다 할 것이다.

따라서, 정부의 필요에 의하여 자기소유 토지를 양도할 수 밖에 없는 청구법인으로서는 교환에 불응함으로써 소유토지를 수용당하여 손실을 보는 것보다는 토지를 교환하는 것이 보다 손실을 최소화하게 된다는 경제적 견지에서 교환에 응하게 되면서 청구법인이 제2호 토지와 제3호 토지를 취득하여 소유하고 있던 제1호 토지와 함께 OOOO청과 교환하게 되었는 바, 이 건 교환거래가 특수관계인간의 부당한 거래도 아닐뿐더러 거래상대방이 국가이며, 또한 앞서 본 바와 같이 이 건 교환거래로 인하여 청구법인에게 전체적으로 고정자산 처분이익이 발생하였음에도 제1호 자산의 경우는 처분이익이 발생하므로 문제삼지 아니하고 제2호 및 제3호 자산의 처분손실만을 문제삼는 이유를 납득할 수 없다 할 것이다. 그럼에도, 처분청은 그 처분손실이 신규취득토지의 자본적 지출에 해당한다는 의견이나,법인세법시행령 제57조에서 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적지출로 하고, 당해 고정자산의 내용년수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적지출로 보며, 이 경우에 수익적 지출과 자본적 지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의한다고 하여동법시행규칙 제33조에서 구체적인 내용을 예시적으로 규정하고 있는 바,자본적 지출이란 원칙적으로 소유하는 당해자산에 직접 관련된 부대비용을 뜻하는 것이며, 가사 직접 관련된 부대비용이 아니라 하더라도 취득자산의 내용년수나 가치증가를 가져올 정도의 상호불가분의 필연적인 인과관계에서 발생된 것이어야 할 것인데 이러한 범위를 자의적으로 확장·유추하여 해석할 것은 아니라 할 것이다.

그런데, 이 건의 경우에 있어서 제2호 및 제3호 자산의 처분손실이 발생하게 된 것은 감정가액에 의하여 토지를 교환함에 따라 통상적으로 감정가액이 시가에 비하여 보수적으로 평가하는 데 따른 것인 바, 이는 OOOO청과 동일조건하에 이루어진 것이며, 청구법인만의 일방적인 불이익도 아니라 할 것이다. 나아가서 청구법인이 이 건 취득토지를 처분하는 경우에는 그때 이 건 처분손실상당액 만큼 처분이익이 더 실현되게 되어 과세되므로 결과적으로 관련조세의 일탈도 없다 할 것이다. 그러므로, 청구법인이 이 건 교환거래를 함에 있어서 그 소유토지의 양도가액은 실지거래가액인 감정가액이 되는 것이며, 다른 거래상대방으로부터의 제2호 및 제3호 토지의 취득은 별개의 독립된 거래로 인정되어야 하고, 이 건 교환거래는 여러 필지의 토지전체를 상호교환 하는 또다른 별개의 거래이므로 전체로서의 처분손익을 계산하면 되는 것이지, 일부 토지의 처분손실만을 문제삼아 이를 교환 취득하는 토지의 자본적 지출로 볼 법적근거는 없다 할 것이다.

따라서, 이 건 처분손실을 자본적 지출로 보아 당해 사업년도 소득금액을 계산한 처분청의 과세처분은 관계 법리를 오해한 위법 부당한 처분으로 판단된다.쟁점 나)에 대하여 :청구법인은 별지 기재와 같이 이 건 양도자산의 양도가액을 감정가액으로 하여 자산별 양도차손익을 가감한 후의 양도차익 126,556,291원을 과세표준으로 하여 법인세 특별부가세를 계산하여 동 방위세만을 신고납부하였는 바,처분청은 실지취득가액보다 저가인 감정가액으로 양도한 제2호와 제3호 자산의 양도차손 합계 236,579,640원을 인정하지 아니함으로써 양도차익이 발생하는 자산에 대하여만 법인세 특별부가세분 방위세를 과세하였다.그러나, 앞의 쟁점 가)의 사실관계에서 살펴본 바와같이 감정가액에 의한 교환거래의 경우, 양도자산의 양도가액은 감정가액으로서 이를 실지거래가액으로 보는 것인 바, 이를 아무런 법적근거도 없이 실지취득가액을 양도가액으로 본 것은 위법 부당하다 할 것이다.(선결정례 91부1060, 91.8.10 등 다수, 국세청예규 법인 22601-1381, 87.5.27 등 다수)

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1O 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.