가공세금계산서에 의하여 납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

경정청구 대상이 되는 쟁점세금계산서의 부가세 과세기간은 05.2기로 그 법정신고기한이 06.1.25.이므로 청구법인이 제출한 경정청구는 관계법령에서 정한 경정청구기간을 도과한 것이므로, 처분청이 부가세 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.12.20. (주)OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병한 이후 현재까지 제조/의류임가공업을 영위하고 있는 법인이다.

나. 처분청은피합병법인의 거래처인 제이더블유에 대한 세무조사과정에서 피합병법인이 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO에게 공급가액 OOO원의 가공매출세금계산서(이하 “쟁점가공세금계산서”라 한다)를 교부한 사실을 확인하고2012.8.17. 청구법인에게 세무조사결과통지를 하였다.

다. 청구법인은 2012.9.18. 쟁점가공세금계산서상 공급가액 OOO원을 부가가치세 과세표준에서 제외하고 그 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 과세표준 및 세액 경정청구서를 처분청에 제출하였으나 처분청은 2012.9.28. 경정청구기한이 경과하였다 하여 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.24.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세무조사결과 가공매출로 확인된 재화나 용역의 공급없이 허위 매출세금계산서의 매출을 근거로 부가가치세를 신고·납부한 것에 대한 경정청구는「국세기본법」제45조의2제1항 및 제2항에서규정하는 청구사유에 해당함에도 불구하고 이를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 가공세금계산서를 수수하고 이에 근거하여 신고·납부한 부가가치세는 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 결정일부터 30일내에 환급하도록 규정하고 있는「국세기본법」 제51조의 규정을 위반한 것이라는 다수의 선결정례(OOOOOOOOOO, 2011.5.24.외 다수 같은 뜻임)가 있음에도 불구하고 이를 환급하지 아니함은 부당하다.

나. 처분청 의견

「국세기본법」제45조의2제1항 제1호에 따라 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 경정청구를 할 수 있는 것이나, 청구법인이 제출한 경정청구대상 과세기간은 2005년 제2기이고 법정신고기한은 2006.1.25.로서 법정신고기한으로부터 3년이 지난 후인2012.9.18. 경정청구를 하였으므로 이는 부적법한 경정청구에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점가공세금계산서에 의하여 납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)「국세기본법」제45조의2제1항 제1호 및 제2호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 및 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고,제2항 제1호 및 제2호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 및 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 처분청은피합병법인의 거래처인 OOO에 대한 세무조사과정에서 피합병법인이 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO에게 쟁점가공세금계산서를 교부한 사실을 확인하고 2012.8.17. 청구법인에게 세무조사 결과통지를 한 사실은 경정청구 검토복명서 등 심리자료에 의하여 확인되나, 쟁점가공세금계산서상 공급가액을 매출 과세표준에서 감액하거나 세금계산서 불성실가산세를 부과하는 등 경정사실은 확인되지 아니한다.

(3) 청구법인은 세무조사 결과통지에 근거하여쟁점가공세금계산서상 공급가액을 과세표준에서 감액하는 것으로 하여2005년 제2기 예정 부가가치세 OOO원 및 2005년 제2기 확정 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 과세표준 및 세액 경정청구서를 제출한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 처분청은「국세기본법」제45조의2제1항 제1호 및 제2호에 따라 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 경정청구를 할 수 있는 것이나, 청구법인이 제출한 경정청구대상 과세기간은 2005년 제2기로서 그 법정신고기한이 2006.1.25.임을 감안하면 법정신고기한으로부터 3년이 지난 후인 2012.9.18. 제출한 경정청구는 부적법한 경정청구에 해당하므로 2012.9.28. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

(5) 청구법인은 재화나 용역의 공급없이 허위 매출세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고·납부한 것은「국세기본법」제45조의2제1항 및 제2항에서 규정하는 경정청구사유에 해당하는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 의견이다.

(6) 살피건대, 경정청구 대상이 되는쟁점가공세금계산서의 부가가치세과세기간은 2005년 제2기로서 그 법정신고기한이 2006.1.25.이므로 청구법인이 2012.9.18. 제출한 경정청구는「국세기본법」제45조의2제1항에서 규정하는 경정청구기간을 도과하였고, 처분청이 세무조사결과피합병법인이허위의 세금계산서를 교부한 것으로 확정하고 과세자료를 통보한 사실은 같은 법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2에서 규정하는 후발적 경정청구사유에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서, 처분청이 부가가치세의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.