사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

동일 과세기간 내에 선 지급된 금액의 범위 내에서 교부된 세금계산서는 정당한 세금계산서에 해당하므로 매입세액을 불공제한 처분은 부당함

1. 처분개요

청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 강원도 OOO 지상에 ‘OOO’(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하기 위해 2005.3.4 (주)OOO와 공사금액 17,860,000천원의 도급계약을 체결하고, (주)OOO로부터 2005.6.30 공급가액 832,539천원(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다), 2005.9.30 공급가액 294,196천원(이하 “쟁점2세금계산서”라 한다), 2005.11.30 공급가액 893,691천원의 세금계산서(이하 “쟁점3세금계산서라 하고, 위 3매를 ”쟁점세금계산서“라 한다)를 교부받아 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2005년 1기 및 2005년 2기분 부가가치세를 신고하였다.처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 공급시기를 달리하여 수취한사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여2006.5.8 청구법인에게 2005년 1기분 부가가치세 106,873,030원, 2005년 2기분 부가가치세 146,743,890원을 경정·고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2006.7.28 이의신청을 거쳐 2006.11.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점1세금계산서는 청구법인이 (주)OOO로부터 제공받은 건설용역 대가를 공사기성고에 의하여 확정하고 교부받은 세금계산서이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점2, 3세금계산서는 청구법인이 (주)OOO로부터 제공받은 건설용역에 대하여 공사대금을 지급하고 그 지급한 범위내에서부가가치세법 제9조제3항의 규정에 의거 세금계산서를 수취한 것이므로 이 건이 중간지급조건부의 거래라고 할지라도 정당한 세금계산서에 해당되는 것이며,또한, 처분청은 쟁점3세금계산서에 대하여 청구법인이 (주)OOO에 보낸 공문(OOO에 근거하여 과세기간이 경과된 후에 교부받은 세금계산서로 판단한 것이나, 청구법인과 (주)OOO는 협의하여 2005.11.30 공사정산합의서를 작성하였고, 이를 근거로 (주)OOO는 청구법인에게 2005.11.30자로 쟁점3세금계산서를 교부한 것이므로 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 (주)OOO가 체결한 공사도급계약서 제4조 제1항에 의하면 공사비는 전액 분양수입금액 중에서 지급하기로 명시되어 있고, 건물신축공사대금을 분양수입금액으로 받기로 한 경우 용역의 공급시기는 중간지급조건부에 해당되는 것(OOO2000.1.24)이며, 이후 (주)OOO가 공사를 중도에 포기하면서 기성 공사금액에 대한 정산합의로 공급가액이 확정되어 이 건 건설용역제공에 대한 공급시기는 정산합의 시점인 2005.11.30이므로 2005. 6.30자로 교부받은 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 정당하다.설령, 청구법인이 공사도급계약서 제4조 제2항의 “공사비지급시기,비율, 지급금액은 분양공급계약서상의 분양대금 납부일자를 고려하여 별도의 약정서를 체결키로 한다”라는 내용에 의거 청구법인과 (주)OOO가 합의한 공사기성고에 의하여 쟁점1세금계산서를 수취한 것이라고 하더라도 별도로 체결한 약정서가 없을 뿐만 아니라 공사현장에 공사감리자인 ㈜OOO사무소장이 상주하고 있었음에도 공사감리자의 확인없이 청구법인의 현장소장이 임의적으로 공사기성고를 작성한 것이므로 정상적인 공사기성고에 의한 용역제공에 근거하여 쟁점1세금계산서를 발행하였는지가 확인되지 아니한다.

(2) 쟁점2세금계산서는 실제 공사대금지급일 및 공사기성과는 관계없이 (주)OOO의 요청에 따라 수시로 공사비를 지급하였고, 그 지급일과 관계없이 2005.9.30자로 수취한 것이므로 쟁점2세금계산서는부가가치세법 제9조3항에 의한 공급시기에 교부받은 정당한 세금계산서에 해당되지 아니한다.또한 쟁점3세금계산서는 2005년 2기 과세기간이 종료된 후인 2006.1.9자로 청구법인이 (주)OOO에게 공문으로 발급 요청한 사실이 확인되는 점으로 볼 때 공급시기 이후에 소급하여 작성된 세금계산서이므로 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다(OOO

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점세금계산서를 공급시기를 달리하여 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2)부가가치세법 제9조【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

(3)부가가치세법시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(4)부가가치세법시행규칙 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】

① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

(5) 부가가치세법 기본통칙 9-22-3【지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기】건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 다음 각호와 같다.

1. 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일

2. 당해 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 당해 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일

(6) 부가가치세법 기본통칙 9-22-4【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대해 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부동산의 신축과 관련하여 2005.6.30자로 쟁점1세금계산서를, 2005.9.30자로 쟁점2세금계산서를, 2005.11.30자로 쟁점3세금계산서를 수취하여 2005년 1기 및 2기 부가가치세 신고시 그 매입세액을 매출세액에서 공제받은 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 공급시기는 원칙적으로 청구법인과 (주)OOO가 공사계약을 합의해제하고 그 가액을 확정한 2005.11.30로 보아야 하나, 동 세금계산서를 공급시기 이전에 교부받거나 공급시기 이후에 날짜를 소급 작성하여 교부받은 사실과 다른 세금계산서라고 하여 그 매입세액을 불공제하여 과세한 반면, 청구법인은 쟁점1세금계산서는 공사기성고에 의한 완성도지급조건으로 발행된 정상적인 세금계산서이고, 쟁점2세금계산서는부가가치세법 제9조제3항에 의하여 그 대가를 지급하고 교부받은 정상적인 세금계산서이며, 쟁점3세금계산서는 도급계약해지시점(2005.11.30)에 발행되었으나 과세기간종료일 이후에 교부받은 정상적인 세금계산서라고 주장하고 있다.

(3) 처분청이 심리자료로 제시하는 조사보고서에 의하면, 청구법인은 주택신축판매업을 영위하는 법인으로 2005.3.4 (주)OOO와 쟁점부동산 신축공사를 17,860백만원에 공사도급계약을 체결하였으나,공사진행 중 시공사인 (주)OOO의 자금사정악화로2005.11.15자로공사를 포기하고, 2005.11.30 기성공사금액을2,956백만원에 정산하고 당초 계약을 해제하는 것으로 합의가 이루어졌으며, 이후 현재까지 쇼핑몰공사는 중단상태이며 청구법인도 공사중지로 인한 쇼핑몰 분양이 이루어지지 않아 심각한 자금난에 처해 있다는 내용이 기재되어 있다. 또한 공사도급계약서에 의하면 공사비는 전액 분양수입금액 중에서 지급하기로 약정하였으나, 시공사인 ㈜OOO의 자금사정 악화(2005.12.부도발생)로 정상적으로 공사가 진행되지 않아 도급계약서와는 무관하게 즉, 쇼핑몰분양이 이루어지지 않았으나 공사비를 청구하여 청구법인은 공사를 계속 진행하기 위해서 금융기관대출 등을받아 공사비를 지급한 사실이 확인된다는 내용이 기재되어 있다.

매입세금계산서의 공급시기 적정여부를 검토한 바, 건물신축공사대금을 중간지급조건부인 분양수입금액으로 받기로 하였으나(OOO2005.11.30), 이후 공사를 중도에 포기하여 기성 공사금액에 대한 정산합의로 공급가액이 확정되었으면 도급계약서상의 공급시기가 아닌 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정된 때, 즉 공사금액에 대한 정산이 합의된 때인 2005.11.30이 공급시기이나 시공사인 (주)OOO로부터 공급시기를 달리하여 2005년 1기 832백만원, 2005년 2기 예정 294백만원의 매입세금계산서(면세분 계산서 별도)를 교부받은 사실이 확인되어 매입세액 불공제대상이며, 공사정산 합의한 날로 작성된 2005.11.30 893백만원의 매입세금계산서는 당해 법인이 (주)OOO에 보낸 공문(각산05-0209, 2005.1.9)에 의하면 공급시기가 속하는 과세기간인 2005년 2기 이후에 소급 작성하여 교부받은 매입세금계산서로 매입세액불공제대상이라는 내용이 기재되어 있다.

(4) 건축주인 청구법인과 공사도급자인 (주)OOO간에 체결한 공사정산합의서(2005.11.30)에 의하면, OOO 신축공사와 관련하여 시공사인 (주)OOO의 사정으로 인하여 더 이상 도급계약과 같이 공사를 진행하기 어려우므로 동 공사의 모든 권한을 포기하며, 그에 따른 공사비 정산을 2005.11.30까지의 공사 기성금액 2,956백만원이 도급자에게 기지급되었으므로 이의없이 도급계약자 상호간에 정산을 합의한다는 내용이 기재되어 있다.

(5) 청구법인이 2006.1.10자 내용증명으로 (주)OOO의 대표이사 OOO에게 보낸 공문에 의하면, 청구법인이 (주)OOO와 쟁점부동산 신축공사를 도급금액 17,860백만원에 신축하는 도급계약을 체결하고 기성공사한 금액에 대하여 기 발행한 세금계산서 2005.6.30자 832,539천원(부가가치세 별도), 2005.9.30자 294,196천원(부가가치세 별도), 계산서 2005.6.30자 385,513천원, 2005.9.30자 136,230천원 이외에 추가 기성공사금액에 대하여 세금계산서 및 계산서 발행을 요구하니 2006.1.16 당사에 제출하기 바라며, 미발행으로 인하여 발생할 부가가치세 및 가산세 등에 대한 불이익에 대하여는 전부 (주)OOO에 책임이 있다는 내용이 기재되어 있다.

(6) 청구법인이 심리자료로 제시하는 공사도급계약서(2005.3.4) 제4조의 공사비 납부조건에 의하면, 공사비는 전액 분양수입금 중에서 지급키로 하고, (주)OOO는 감리자와 감독원의 확인에 의해 청구법인에게 공사비를 청구하며, 청구법인은 청구일로부터 10일 이내에 공사비를 지급하여야 하며, 단, 공사비 지급시기, 비율, 지급금액은 분양공급계약서상의 분양대금 납부일자를 고려하여 별도의 약정서를 체결한다는 내용이 기재되어 있다.

(7) 청구법인의 현장소장 OOO가 본사에 보고한 공사기성률 확인요청에 관한 공문에 의하면, 2005.6.30 현재 공사진행률이 6.8%이고, 2005.9.30 현재 공사진행률이 9.2%인 사실이 나타난다.

(8) 청구법인이 제시하는 세금계산서 및 계산서, (주)OOO가 발행한 입금표에 의하면 아래와 같이 세금계산서 및 계산서 발행금액 3,157백만원 중 2,701백만원을 지급하였고 2005.11.30자 미지급잔액이 456백만원인 사실이 나타난다.OOO

(9) 쟁점부동산의 신축에 대한 공사감리자인 (주)OOO 책임감리원 OOO의 공정확인서(2005.10.31)에 의하면 2005.10.31 기준으로 10.35%의 공정을 실행하였다는 사실이 나타난다.

(10) (주)OOO의 대표이사 OOO의 확인서에 의하면, (주)OOO가 2005.11.30 청구법인에게 발행한 쟁점3세금계산서 (공급가액 893,691,000원) 및 계산서 413,831,000원은 같은 날 공사포기각서를 작성하면서 공사정산합의서에 의하여 발행하였으나, (주)OOO의 어음부도로 인한 내부적인 어려움 및 청구법인과 공사정산과정에서의 언쟁 및 공사대금결제 문제 등으로 인하여 세금계산서 및 계산서를 (주)OOO에서 보관하고 있다가 2006년 1월 중순경 청구법인의 요구에 의하여 청구법인에게 전달한 사실을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

(11) 먼저, 쟁점1세금계산서에 대하여 살펴보면, 쟁점1세금계산서가 2005.6.30 현재의 공사기성고에 의한 완성도지급조건에 의하여 수취한 세금계산서라면 정당한 세금계산서에 해당되는 것이나, 공사도급계약서 제4조에 의하면, 공사비는 전액 분양수입금 중에서 지급키로 한다고 약정하여 중간지급조건부 계약이라고 보여지는 점, 청구법인의 현장소장이 시공자인 (주)OOO에 확인해 준 공사진행률은 공사감리자의 확인도 받지 아니하여 청구법인이 완성도지급조건이라는 증빙을 갖추기 위해 임의대로 소급작성하였다고 보여지는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산 신축공사의 공급시기는부가가치세법시행령 제22조제1호에 의한 역무의 제공이 완료되는 때라 할 것이므로 처분청이 용역의 공급시기 이전에 공급받은 쟁점1세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(12) 다음으로, 쟁점2세금계산서에 대하여 살펴보면, 처분청은 공사대금의 지급과 동시에 쟁점2세금계산서를 발행한 것이 아니어서부가가치세법 제9조제3항의 규정을 적용하지 아니한 것이나, 쟁점2세금계산서는 청구법인이 시공사인 (주)OOO에게 2005년 2기 중 선지급한 공사대금의 범위내에서 발행된 사실에 대하여는 다툼이 없고, 동일 과세기간내에 선지급된 금액의 범위내에서 교부된 세금계산서는부가가치세법 제9조제3항의 규정에 의한 정당한 세금계산서에 해당되는 것(OOO다수 같은 뜻임)이므로 처분청이 쟁점2세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(13) 끝으로, 쟁점3세금계산서에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 2006.1.10자 내용증명으로 (주)OOO의 대표이사에게 쟁점세금계산서의 발행을 요구한 공문을 근거로 쟁점3세금계산서를 공급시기 이후에 발행한 세금계산서로 보았으나, 청구법인과 (주)OOO가 2005.11.30 당초의 계약을 해제하고 공사정산합의서를 작성하면서 정산시점까지 미교부된 정산차액에 대하여 세금계산서를 발행하였다고 보는 것이 경험칙에 부합하는 점, 또한 (주)OOO의 대표이사도 쟁점3세금계산서를 정산시점인 2005.11.30 발행하였으나 (주)OOO의 어음부도로 인한 내부사정 및 청구법인과 정산과정에서의 언쟁 및 공사대금결제 문제로 동 세금계산서를 (주)OOO에서 보관하다가 2006년 1월 중순경 청구법인의 요청에 의하여 전달한 것이라고 확인하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점3세금계산서는 2005.11.30 발행하였으나 그 교부만 과세기간 종료후인 2006년 1월에 한 것이라고 인정되므로 처분청이 쟁점3세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.