후발적 사유해당 여부(기각)

공유수면 매립사업이 VAT과세사업이라는 예규변경에 따라 동 매립관련 매입세액은 공제대상이 되나, 국세부과제척기간이 지난분은 후발적 경정청구사유에 해당하지 않음

1. 처분 개요

청구법인은 OOOO공사법에 의하여 설립된 특수법인으로 산업입지 및 개발계획에 관한 법률 제17조 내지 제19조 규정에 의하여 국가산업단지 개발실시계획의 승인을 얻어 공유수면을 매립·준공한 후 당해 매립지를 공장용지 등으로 분양하는 업을 영위하면서,“공유수면매립사업은 부가가치세 면세사업에 해당한다”는 국세청장의 견해에 따라 공유수면매립사업비 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 1993년 제2기～1998년 제2기 과세기간의 부가가치세를 신고 납부하였다.2001.6.29 국세청장이 공유수면매립사업에 대하여 “공유수면매립법 또는 산업입지 및 개발에 관한 법률 등에 의하여 공유수면의 매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득하는 경우에는부가가치세법 제7조제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것”이라고 공적인 견해(부가46015-944, 2001.6.29)를 변경하였고,이에 따라 청구법인은 2001.8.28 1993년 제2기～ 1998년 제2기 과세기간의 부가가치세 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원을 매출세액에서 공제하여 경정청구하였다.처분청은 2001.11.28 청구법인의 위 1993년 제2기～1998년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구에 대하여 1996년 제1기～1998년 제2기 과세기간에 대하여는 경정 결정하여 관련 부가가치세를 환급하였으나, 1993년 제2기～1995년 제2기 과세기간에 대하여는 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 경정청구를 받아들이지 아니하였다.청구법인은 이에 불복하여 2002.2.22 이의신청을 거쳐 2002.7.23 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

국세청장은 공유수면매립공사에 대하여 부가가치세 면세사업으로 공적인 견해를 표방하여 오다가 2001.6.29 과세사업에 해당된다고 정정하였는 바, 이는국세기본법 제45조의 2제2항 및 같은 법 제25조의 2에서 규정하는 후발적 사유에 해당함에도 국세부과의 제척기간이 만료되었다는 이유로 경정청구를 받아들이지 아니함은 부당하다.

나. 처분청 의견

국세기본법 제45조의 2제2항에서 규정하는 후발적 사유로 인한 경정청구는 같은 법 제26조의 2에 규정하는 국세부과제척기간내에 해야 하는 것이므로(재기법46068-68, 1995.3.25) 국세부과제척기간이 만료된 1993년 제2기～1995년 제2기 과세기간의 부가가치세에 대하여 경정청구를 받아들이지 않고 환급결정을 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 운영하고 있는 공유수면매립사업이 과세사업에 해당된다는 국세청의 예규변경에 따라 동 매립공사에 소요된 사업비 중 국세부과제척기간이 지난 1993년 제2기～1995년 제2기 과세기간의 사업비에 대한 매입세액 추가공제 경정청구가국세기본법 제45조의 2및 같은 법 시행령 제25조의 2에서 규정하고 있는 “후발적 사유”에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다.국세기본법 제26조의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다(단서 생략)

3. 제1호(조세포탈, 부당환급) 및 제2호(무신고)에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때국세기본법 시행령 제25조의 2【후발적 사유】법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때

3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 영위하는 공유수면매립사업에 대하여 부가가치세가 면세되는 것으로 해석해 왔으며, 청구법인의 질의(1999.9.20)에 대하여도 1999.11.17 “청구법인이 국가산업단지 개발실시계획 승인을 얻어 시행한 공유수면매립사업은 부가가치세가 면제된다 고 회신(부가46015-4612)하였다가,2001.6.29 위 회신사항을 변경하여 “공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득하는 경우에는부가가치세법 제7조제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것”으로 회신한 바 있다.이에 따라 청구법인은 1993년 제2기～1998년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원의 추가공제토록 경정청구하였고, 처분청은 이에 대하여 국세부과의 제척기간이 만료되었다는 이유로 1993년 제2기～1995년 제2기 과세기간분의 부가가치세 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원의 추가공제에 대한 경정청구를 거부하였다.

(2) 국세청 공유수면매립공사 관련 업무지침(부가46410-943, 2001.6.28)에 의하면 2001.7.1 이후 준공인가를 받는 공유수면매립공사 분부터 과세사업으로 보되, 2001.6.30 이전 준공인가를 받은 공유수면 매립공사의 경우에도 관련된 부가가치세 매입세액을 공제받은 경우에는 과세사업으로 보며, 부가가치세 매입세액은 1992.1.1이후 발생된 것을 기준으로 판단하되, 기 매입세액을 공제받지 아니한 경우에는 과세사업에서 제외하도록 규정하고 있다.또한, 2001.7.1 이후 준공되는 매립공사에 대하여는 부과제척기간 이내 부분은부가가치세법 제21조(경정) 규정에 의하여 직권으로 매입세액 공제(환급)토록 하였으며,국세기본법 제45조의 2규정에 의한 경정청구기간이 경과한 부분에 대하여도 사업자가 경정청구하는 경우에는 매입세액공제(환급)를 허용하는 한편, 부과제척기간이 경과되어 공제가 불가능한 매입세액은 향후 공유수면매립공사의 준공인가시 매입세액 상당액을 사업비로 계상하도록 안내하고 있다.

(3) 이 건 쟁점은 국세청장의 공적견해 변경이국세기본법 제45조의 2및 같은 법 시행령 제25조의 2에서 규정하는 후발적 사유에 해당되어 국세부과 제척기간이 만료된 과세기간에 대하여도 경정청구에 의한 환급결정이 가능한지 여부를 가리는데 있는 바,국세부과제척기간 규정은 권리관계를 조속히 확정시키려는 규정이므로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없어 그 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸하여 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정도 할 수 없는 것이라 할 것이며(같은 뜻, 재경부 정책46070-28, 1998.4.11), 부과제척기간이 만료된 과세기간에 대하여는국세기본법 제45조의 2제2항 및 같은 법 시행령 제25조의 2에서 규정하는 사유로 인하여 경정하는 경우에도 경정결정을 할 수 없는 것으로 판단된다.처분청이 공유수면매립업을 영위하는 모든 사업자에 대하여 부과제척기간이 만료된 과세기간에 공제받지 아니한 부가가치세 매입세액 상당액은 사업비(원가)로 계상하도록 하고, 이후 과세기간에 대하여는 일률적으로 매입세액공제를 허용하여 이와같은 예규의 변경에 따른 납세자의 불이익을 최소화하고 세부담의 형평을 유지하고 있는 점에 비추어 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.