부가가치세를 과세한 처분의 당부(경정)

쟁점부동산의 지방세 부과내역을 보면 2층 및 3층은 주거용으로 과세된 사실이 있는 점 등을 볼 때 쟁점부동산의 2층은 주택으로 임대하였으므로 과세표준에서 제외되어야 함이 정당함

1. 처분개요

청구인은 서울특별시 서대문구 OO동 OOOOOO 대지157.4㎡ 건물 260.96㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 71.7.22 취득하여 임대하다가 96.2.18 청구외 OOOO주식회사에 16억원에 양도하였다. 처분청은 쟁점부동산중 건물은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 보고 등기시에 제출한 계약서상에 표시된 건물가액 3억원을 공급대가로 하여 청구인에게 96년1기분 부가가치세 32,727,270원을 96.12.16 결정고지하였고 ,청구인은 이에 불복하여 97.1.8 심사청구를 제기하여, 국세청장이 쟁점부동산중 3층 주택 61.49㎡에 해당하는 가액을 과세표준에서 차감하여 그 과세표준을 경정하라는 심사결정을 함에 따라, 처분청이 97.4.30 부가가치세 7,709,018원을 감액하여 경정결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.1.8 심사청구를 거쳐 97.5.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 95.5.15 매수인과 매매계약시에 쟁점부동산의 매매가액을 16억원으로 하면서 건물은 신축된지 25년이나 지난 것으로 건물의 가치는 인정하지 아니하고 토지만을 평당 35,000,000원으로 하여 매매가액을 결정한 것인데, 매수인이 96.4.10 등기시에 일방적으로 건물가액을 3억원으로 기재한 계약서를 재작성하여 제시한 것이므로 건물가액을 영(0)으로 하여야 하나, 건물가액을 3억원으로 보아 과세함은 부당하고

(2) 설령, 건물가액을 인정한다고 하더라도 실지거래가액 16억원중 토지가액과 건물가액이 불분명한 경우에 해당하므로 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 계약당시의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 가액을 건물가액으로 보아야 할 것이며

(3) 또한, 건물중 2층은 각각 독립적으로 주거생활을 할 수 있도록 구분된 2평정도 크기의 방이 10개, 공동화장실이 1개로서 전부를 주택으로 임대하였 는 바, 2층부분의 건물 92.23㎡에 상당하는 가액은 과세표준에서 제외되어야 한다 나. 국세청장 의견 매매계약서상에 건물가액이 3억원으로 되어있으며 쟁점부동산의 2층 92.23㎡에 대한 건축물 관리대장을 보면 주용도가 점포 및 주택으로 되어 있음을 알 수 있고, 95.2기,95.1기 부가가치세 신고시 제출된 부동산 임대공급가액 명세서를 보면 2층 92.23㎡가 점포로 부가가치세가 신고된 사실이 확인되므로 2층을 포함하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 양도가액중 건물가액을 3억원으로 보고 건물2층을 점포로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조 제1항 제1호에 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 받는 경우에는 그 대가의 합계액이라고 규정하고, 같은법 시행령 제48조의2 제3항에 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.”라고 규정하고 있으며 부가가치세법 제12조 제1항 제11호에 주택과 이에 부수되는 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 청구주장 1·2에 대하여 본다 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 96.2.18 매매를 원인으로 하여 96.4.26 청구외 OOOO주식회사에 소유권이전등기시에 제출된 매매계약서에 의하여 건물의 실지거래가액을 3억원으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였고, 청구인은 95.5.15 매매계약 체결시 건물가액을 영(0)으로 하고 토지가액만 16억원으로 정하고 95.5.15 계약금1억원 95.7.4 중도금 750백만원, 95.10.10 잔금 750백만원을 수수하고 양도한 것인데도 세입자의 퇴거문제로 소유권이전 등기가 지연되다가 96.4.26 이전등기를 하게되었고 이전등기시에 제출된 계약서는 매수인이 매매대금 중 건물가액을 3억원으로 하여 일방적으로 기재한 것임에도 이를 실지거래가액이라고 하여 과세함은 부당하며, 설령 건물가액을 인정한다고 하더라도 계약서에 토지가액과 건물가액을 구분하지 아니하고 매매가액을 16억원으로 하였으므로 구분이 불분명한 경우에 해당되어 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 계약당시의 지방세법에 의한 과세시가 표준액으로 안분계산하여야 한다고 주장하고 있는 바 이에 대하여 살펴본다 (가) 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 96.2.18 매매를 원인으로 96.4.26 소유권이전등기가 되었으며 쟁점부동산의 등기시에 제출된 매매계약서를 보면 계약일자가 96.2.18이고 매매대금 16억원 (토지가액 13억원, 건물가액3억원)을 계약시 계약금 2억원, 96.3.18 중도금 4억원, 96.3.28 중도금5억원, 96.4.10 잔금 5억원을 각 지급하는 것으로 되어 있고, 청구인이 제시한 당초 계약서를 보면 계약일자가 95.5.15이고 매매대금 16억원(토지가액과 건물가액이 구분표시되지 아니함)으로 하고 계약시 계약금 1억원, 95.7.10 중도금 750백만원,

95.10.10 잔금 750백만원을 각 지급하기로 되어 있는 바 청구인과 매수자인 OOOO주식회사 대표이사 OOO의 매매대금 수수영수증에 의하면 95.5.15 계약금 100백만원 95.7.4 중도금 750백만원, 95.10.10잔금 750백만원을 수수하였음이 확인되어 청구인이 제시한 당초 계약서의 대금 수수약정내용과 일치하고 있어 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액으로 구분하지 아니했다는 청구주장은 신빙성이 있다고 보여진다. (나) 또한 매수자인 OOOO주식회사는 위 대금지급일에 선급금계정에 계상하였다가 96.1.4에 토지계정에 1,538,735,951원 및 건물계정에 61,264,049원으로 대체하여 계상하였으며 쟁점부동산건물이 건축된지 25년이 지난 소규모(260.96㎡)의 낡은 건물인 점으로 볼 때 쟁점부동산 건물의 실지거래가액을 3억원으로 볼 경우 평당가격이 380만원으로 실제보다는 과대하게 평가되었다고 할 것이므로 처분청이 주장하는 쟁점부동산의 건물가액 3억원은 실제가액으로 인정되지 아니한다 할 것이다. 위 사실관계를 종합하여 볼 때 등기시인 96.2.18 작성된 검인계약서가 등기를 위하여 재작성된 것이라는 청구주장이 이유있다고 인정되고, 다만, 계약서상에 쟁점부동산가액을 16억원으로 하였을 뿐 토지와 건물가액이 구분되지 아니하였으므로 토지가액과 건물가액이 불분명한 경우에 해당된다고 인정되므로 공급계약일 현재의 토지 및 건물의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 건물가액으로 하여야 할 것으로 판단된다.

(2) 청구주장 (3)에 대하여 본다 쟁점부동산의 건물 등기부등본을 보면 지하15.01㎡는 음식점, 1층과 2층 각 92.93㎡는 점포 및 주택, 3층 61.49㎡는 주택으로 되어 있는 바, 처분청은 3층은 청구인이 거주한 주택으로 보았으나 2층은 공부상 용도가 점포 및 주택이고, 청구인이 부가가치세신고시 점포임대료의 부가가치세를 신고한 사실이 확인된다고 하여 점포로 과세하였으며 청구인은 주거용으로 임대하였다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다. 쟁점부동산의 95년도 부가가치세 신고시에 청구인이 제출한 부동산임대 공급가액 명세서상에 쟁점부동산의 2층은 OOO(46.1㎡), OOO(46.1㎡) OOO, OOO등 4인에게 임대한 것으로 신고된 사실이 확인되나 쟁점부동산의 2층에 세입주한 청구외 OOO와 매수자인 OOOO주식회사 대표이사 OOO은 2층이 2평정도의 방10개로 구분되어 전부 살림방으로 사용되었다고 확인하고 있고, 쟁점부동산의 지방세(재산세)부과내역을 보면 2층 및 3층은 주거용으로 과세된 사실이 있는 점 등을 볼 때 쟁점부동산의 2층은 주택으로 임대하였으므로 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장이 이유 있다고 판단된다.

라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.