특별소비세 등을 환급받은 경우 환급받은 특별소비세액에 대하여는 공급자가 수정세금계산서를 교부해야 하며 공급받는 자는 특별소비세애 대한매입세액을 공제받을 수 없다고 판단한 사례(기각)

매입세액은 청구인의 매출세액에서 공제하지 아니하여야 할 것이므로 이 부분 매입세액의 공제를 배제한 처분청의 결정은 잘못이 없음.

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 중구 OO로 OO OOOOO에 본점을 두고 서울특별시 강서구 OO동 OOOOOO에 지점을 설치하여 무역·서비스·사진현상등의 사업을 영위하는 법인사업자로서 자동차를 제조업체인 OO자동차주식회사 및 도매업체인 OO자동차판매주식회사로부터 매입하여 외국에 수출하고 매입시에 부가가치세의 공급가액에 포함되어 부담하였던 특별소비세 및 교육세(이하 “특별소비세등”이라 한다)를 환급받았다. 처분청은 특별소비세가 과세되는 자동차를 수출하면서 동 특별소비세등을 환급받은 경우 부가가치세법 시행령 제59조 에 의거 감액수정세금계산서를 교부받아 기왕에 공제받은 부가가치세 매입세액을 추가납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다고 하여 94.3.16 청구법인에게 93년 제1기분 부가가치세 36,507,250원 및 93년 제2기분 부가가치세 8,798,760원을 결정고지한 후에 심사결정에 의하여 93년 제2기분 부가가치세는 5,141,140원으로 경정결정 되었다. 청구법인은 이에 불복하여 94.5.10 심사청구를 거쳐 94.8.16 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 자동차회사 또는 판매회사로부터 특별소비세등이 포함된 자동차대금을 지급하고 구입하여 공급가액이 확정된 이후 수출이라는 새로운 조건의 성취로 인하여 이미 납부한 특별소비세등을 환급받은 것이고, 특별소비세가 과세된 재화를 수출하는 경우에 특별소비세를 환급해 주는 것은 수출업자를 지원하기 위한 조세정책적 고려에 의한 수출장려금적 성격으로 보아 부가가치세 과세표준에서 공제되지 아니하여야 하며, 또한 국가의 세수측면에서도 아무런 영향이 없으며, 여러단계 유통된 경우 수정세금계산서를 교부해야 하는 것은 시간과 인력의 낭비로서 특별소비세등의 사후 환급분을 제조자의 과세표준에서 공제해야 할 당위성마저도 없으므로 이 건 부가가치세는 취소해야 한다고 주장한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 자동차 제조업체인 OO자동차주식회사로부터 OOO등 2,347,005,421원을 구입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등 93.1기 해당 311,884,183원과 93.2기 해당 46,737,697원은 부가가치세법 제13조 와 같은법시행령 제48조 제1항에 의하여 과세표준에 포함하였던 금액이므로 동 환급세액에 상당하는 금액은 환급일이 속하는 과세기간의 제조업체의 매출액에서 차감하여 수정세금계산서를 교부하여야 할 것으로, 이에 상당하는 매입세액은 청구인의 매출세액에서 공제하지 아니하여야 할 것이므로 이 부분 매입세액의 공제를 배제한 처분청의 결정은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사업자가 제조업자로부터 특별소비세가 과세되는 재화를 구입하여 수출하고 특별소비세의 환급을 받은 경우 사업자는 제조업자로부터 당초 교부받은 세금계산서의 부가가치세 매입세액에 대하여 특별소비세등의 환급받은 금액에 대한 매입세액은 불공제 대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조 및 같은법시행령 제48조 제1항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료·기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제59조 단서에서 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있다.

다. 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 93년도에 자동차를 제조업자인 OO자동차주식회사 및 도매업자인 OO자동차판매주식회사에서 구입하여 외국에 수출하고 매입가액에 포함하여 부담하였던 특별소비세 및 교육세를 93.6월에 331,884,183원, 93.7.1자로 46,737,697원, 93.8.2자로 33,251,100원을 각각 환급받았다. 처분청은 환급받은 특별소비세등에 대한 부가가치세의 매입세액을 불공제하여 결정고지하였으나 국세청의 심사결정에서는 도매업자인 OO자동차판매주식회사로부터 매입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등에 대하여는 수정세금계산서를 교부받지 아니하는 것이기 때문에 부가가치세의 매입세액을 공제받을 수 있다고 하여 경정결정하고 제조업자로부터 매입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등에 대한 매입세액은 공제받을 수 없는 것으로 하였다.

라. 제조업자로부터 세금계산서를 교부받은 후 특별소비세등을 환급받은 경우 수정세금계산서를 교부받아야 하는지 여부에 대하여 본다. 위의 관련법령과 사실관계를 보면, 제조업자로부터 매입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등은 공급가액이 변경된 것으로 보아 수정세금계산서를 교부받아야 하는 것이고, 도매업자로부터 매입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등은 제조업자와 수출한 사업자간에 도매업자가 있기 때문에 공급가액의 변경으로 보지않아 수정세금계산서를 수출한 사업자에게 교부하지 아니하는 것으로 하여 결정한 것으로 제조업자로부터 공급받은 가액에 변동이 있는 경우에는 수정세금계산서를 교부받아야 하는 것으로 보이고, 또한, 그 내용은 국세청장이 업무지침으로 시행하고 있는 부가가치세법기본통칙 5-1-4...13에서 석유류 판매업자가 석유류 제조업자로부터 특별소비세가 과세된 석유류를 구입하여 외국공관에 판매하고 특별소비세를 환급받은 경우 당해 환급세액은 제조업자의 과세표준에서 제외하고, 당해 제조업자는 판매업자에게 공급가액을 수정하여 세금계산서를 교부하여야 한다고 규정하여 집행하여 왔고, 이에 대한 재무부의 유권해석(재무부 부가 46015-85, 94.4.11 및 소비 46015-127, 94.6.13)도 같은 내용으로 해석하고 있으므로 처분청이 당초결정한 내용에서 도매업자인 OO자동차판매주식회사에서 구입하여 수출하고 환급받은 특별소비세등에 대한 부가가치세 매입세액은 심사결정에 따라 공제하는 것으로 경정결정하고 제조업자인 OO자동차 주식회사로부터 환급받은 특별소비세 등에 해당하는 부분에 대해서는 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 청구인의 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.