청구법인이 지방자치단체에 기부채납한 쟁점주차장을 이용하여 제공한 용역이 부가가치세 면제대상인지 여부(취소)

용역의 공급을 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 이 건 청구법인의 관련 부가가치세 환급을 위한 경정청구를 거부한 처분은 관련규정의 법리를 오인한 잘못이 있으므로 처분청의 경정거부처분은 이를 취소하는 것이 타당한 것으로 판단한 사례임

1. 처분개요

청구법인(2001.12.27. 주식회사 OO여객터미널을 흡수합병하였다)은 OOO도 OO시장으로부터 OOO도 OO시 OOO OOO OOOO소재 OO시외버스터미널(이하 “쟁점주차장”이라 한다)을 신축하여 1999.3.22.부터 2011.8.21.까지 쟁점주차장을 무상으로 사용수익하는 조건으로 1999.3.22. OO시에 기부채납하였다. 청구법인은 쟁점주차장을 이용하여 시외버스 매표사업, 상가임대업등의 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 당해 수입금액에 대하여 2001.10.25. 및 2002.1.20.에 2001년 제2기 예정분 부가가치세 OO,OOO,OOO원 및 2001년 제2기 확정분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 각각 신고·납부하였으나, 청구법인은 쟁점용역이조세특례제한법 제106조제1항 제5호에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로 판단하고 2002.8.21 청구법인이 신고납부한 2001년 제2기 예정분과 2001년 제2기 확정분 부가가치세의 환급을 처분청에 경정청구하였다.처분청은 청구법인이 제공한 쟁점용역이 부가가치세 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2002.10.8 청구법인의 경정청구에 대하여 거부통지(세이 46220-11123)하였다.청구법인은 이에 불복하여 2002.11.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법 제106조제1항 제5호에서 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 “민간투자법”이라 한다) 제4조 제1호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있고 쟁점주차장은민간투자법 제2조제1호에서 정의하고 있는 사회간접자본시설에 해당되므로 부가가치세 면제대상이나, 청구법인은 쟁점용역의 제공을 부가가치세의 과세대상으로 오인하여 부가가치세를 자진신고·납부하였으므로 기 납부한 부가가치세는 환급되어야 함에도 환급을 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

1999.8.31 개정된조세특례제한법 제106조제1항 제5호의 사회간접자본시설에 대한 부가가치세 면제규정은 같은법 부칙 제8조에서 이 법 시행(1999.8.31)후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 되어 있는 바, 이는 개정일이후 기부채납한 시설의 운용수익에 대하여 부가가치세를 면제하겠다는 의미이므로 개정일이전인 1999.3.22 이미 기부채납된 쟁점주차장의 이용용역에 대하여는 부가가치세를 면제할 수 없다. 따라서 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점청구법인이 지방자치단체에 기부채납한 쟁점주차장을 이용하여 제공한 용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 1999.8.31 법률 제5996호로 개정되기 전의 조세특례제한법 및 1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정되기 전의 같은법시행령(가)조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(단서 생략)

5. 사회간접자본시설에 대한민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것(나)조세특례제한법시행령 제106조【부가가치세 면제등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한민간자본유치촉진법 제2조제2호의 규정에 의한 제1종시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다.

(2) 1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 조세특례제한법, 같은법 부칙 및 1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 같은법시행령(가)조세특례제한법 제106조(1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것)【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(단서 생략)

5. 사회간접자본시설에 대한민간투자법 제4조제1호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것(나) 조세특례제한법 부칙(1999.8.31 법률 제5996호)제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략)제8조【부가가치세등에 관한 적용례】

① 제106조의 개정규정은 이 법시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.(다) 조세특례제한법시행령(1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 것) 제106조【부가가치세의 면제등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한민간투자법 제4조제1호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다.

(3) 1999.12.28 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법 및 같은법 부칙(가) 조세특례제한법(1999.12.28 법률 제6045호로 개정된 것) 제106조【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(단서 생략)

5. (삭 제)(나) 조세특례제한법 부칙(1999.12.28 법률 제6045호)제1조【시행일】이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)제15조【사회간접자본시설 사용료에 대한 경과조치】이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점주차장을 건설하여 1999.3.22 OO시에 기부채납한 사실과 청구법인이 2001.12.27 주식회사 OO여객터미널을 흡수합병한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 이 건 심판청구 심리대상인 2000년 제1기 확정분부터 2001년 제2기 예정분까지의 경정청구와 관련되어 적용할조세특례제한법 제106조제1항 제5호는 1999.12.28 법률 제6045호의 개정시 삭제되었으나, 같은법 부칙 제15조에서 이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다고 되어 있으므로 동 규정의 개정일 이전에 공급한 쟁점용역이 부가가치세 면제대상 용역인지를 본다. (가) 종전의조세특례제한법 제106조제1항 제5호(1999.8.31 법률 제5996호로 개정되기 전의 것)에서는 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(이하 “민간자본유치촉진법”이라 한다)에 규정하는 제1종 시설을 기부채납하는 경우에 동 시설을 이용하여 제공하는 용역이나 재화등에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있었으나, 민간자본유치촉진법이 민간투자법으로 개정되고 위 감면규정이 1999.8.31 법률 제5996호로 개정되면서 민간자본유치촉진법상 제1종 및 제2종 시설의 구분없이민간투자법 제4조제1호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되도록 규정되었다. (나) 또한 같은 법(1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것) 부칙 제1조에는 이 법은 공포한 날부터 시행한다고 되어 있고, 제8조에는 제106조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 규정되어 있다.

(다) 그렇다면, 위조세특례제한법 제106조제1항 제5호(1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것)의 규정은 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대해 부가가치세가 면제되도록 개정된 것이므로, 동 규정에 의한 부가가치세 면제대상은 사회간접자본시설의 기부채납이 아니라 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역임을 알 수 있고, 그 적용시기도 같은 법 부칙 제8조에서 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 규정되어 있어, 동 규정의 시행일인 1999.8.31.이후에 청구법인이 쟁점주차장을 이용하여 제공하는 용역분부터는 쟁점주차장의 기부채납시기와 관계없이 부가가치세가 면제된다고 보아야 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점용역의 공급을 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 이 건 청구법인의 관련 부가가치세 환급을 위한 경정청구를 거부한 처분은 관련규정의 법리를 오인한 잘못이 있으므로 처분청의 경정거부처분은 이를 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다(국심 2002부1405, 2002.9.19. 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과, 청구법인의 주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.