쟁점토지의 양도에 대하여 예정신고납부세액공제의 적용을 배제한 처분의 당부(경정)

토지거래계약이 수차례 허가된 경우 예정신고납부세액공제는 허가된 시점마다 2월 이내에 신고한 경우에는 적용됨이 타당함

1. 처분개요

청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 9필지 8,396㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 2007.2.28. 양도하고 2008.3.24. 양도 소득세 신고를 하였다가 2008.7.31. 수정신고를 하면서 예정신고납부세액 80,751,150원의 환급을 신청하였다. 처분청은 쟁점토지가 2007.12.3., 2008.4.29., 2008.5.20. 3회에 걸쳐 토지거래계약허가가 났는 바, 청구인이 필지별 토지거래계약허가일로부터 2월 이내에 예정신고납부를 하지 아니하였다 하여 청구인이 환급신청한 80,751,150원중 61,303,540원에 대하여 2008.11.17. 환급 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지의 토지거래계약허가일 이전 인 2007.5.31. 이미 양도소득세 예정신고납부를 이행하였으므로 예정신고납부세액공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 예정신고없이 2008.3.24. 확정신고납부를 하였으므로 예정신고납부세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 쟁점토지의 양도에 대하여 예정신고납부세액공제의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

소득세법 제105조 (양도소득 과세표준 예정신고) ①제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득 과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호, 제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. ②제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다. 소득세법 제108조 (예정신고납부세액공제) ①예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다. ②제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다. 소득세법시행규칙 제84조 (예정신고납부세액공제) ①법 제108조의 규정에 의한 에정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진납부(법 제112조 및 법 제112조의 2의 규정에 의한 분납 및 물납하는 경우를 포함한다)하는 경우에 한한다. 다만, 일부 자진납부하는 경우에는 그 납부하는 금액에 상당하는 양도 소득금액에 대한 산출세액에 제108조 제1항에서 규정하는 율을 곱하여 예정신고납부세액 공제액을 계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인이 2007.2.28. 양도한 쟁점토지는 다음 <표>와 같이 나타난다. OOOOOOOOO OOOO OOO OOOO OO

(2) 처분청의 전산자료에 의하면 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 2007.5.31. 양도소득세 예정신고를 한 사실은 나타나지 아니 하고, 2008.3.24. 양도소득세 신고 를 하면서 양도소득세 예정신고납부세액공제를 적용하지 아니하였다가 2008.7.31. 양도소득세 수정신고를 하면서 예정신고납부세액공제를 적용하여 80,751,150원의 환급신청을 한 사실이 나타난다.

(3) 처분청은 쟁점토지중 일부에 대하여는 청구인이 예정신고 납부를 이행하지 아니하였다 하여 예정신고납부세액공제의 적용을 배제하고, 그 나머지 부분에 대하여는 예정신고납부세액공제를 적용하여 청구인이 환급신청한 80,751,150원중 19,357,610원에 대하여 환급통지하고 나머지 61,303,540원에 대하여는 환급거부통지를 한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(4) 한편, 처분청은 2009.5.1. 및 2009.5.11. 추가제출한 자료에서 쟁점토지중 일부 토지에 대하여는 OOO OO시청 실무직원과 필지대조 등 업무협의 과정에서 토지거래계약허가일자 등의 착오가 있었으나 추후 소명자료 제출을 통하여 허가일자가 확인된 사실이 있어 당해 토지에 대하여는 예정신고납부세액공제를 적용함이 타당하다고 답변하고 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 2007.5.31. 양도소득세 예정 신고를 한 사실은 나타나지 아니하고 2008.3.24. 및 2008.7.31. 각각 양도소득세 신고 를 하고 세액을 납부하였는 바, 처분청이 2007.12.3. 토지거래계약허가가 난 토지에 대하여 양도 소득세 예정신고납부세액공제의 적용을 배제한 처분은 정당한 것으로 보이나, 그 나머지 토지에 대하여는 업무착오에 의하여 예정신고납부세액공제를 적용하지 못한 부분이 있는 것으로 보이므로 예정신고 납부가 이루어졌는지 여부에 대한 사실관계를 재조사하여 해당되는 토지에 대하여는 예정신고납부세액공제를 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.