기계장치 사용료가 부가가치세 과세대상인지 여부(기각)

비영리법인인 청구법인이 도입한 기계장치의 사용료는 실비에 가까워 부가가치세 면제대상이라 인정되므로 기계장치의 도입액에 대한 매입세액을 공제하지 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 신소재 기술개발 및 기업유치를 통한 지역산업발전에 기여함을 목적으로 OOO와 OOO에서 출연하고, 민법 제32조 의 규정에 의하여 2002.6.29. 주무관청에 등록한 공익법인으로 고유목적사업과 수익사업(부동산 임대업, 시험분석장비 임대업 등)을 겸영하고 있는 바, 설립초기에는 모든 사업을 부가가치세 면제사업으로 신고하여 오다가 2005.7.5. 부동산 임대업과 시험분석장비 임대업 등 부가가치세 과세사업의 업종을 추가하고, 2005년 2기 예정 부가가치세 신고시 공급가액 OOO 상당의 시험용 기계장치(이하 “쟁점기계장치”라 한다) 매입액 및 기타 사업용 고정자산의 취득액 등에 대하여 부가가치세 OOO의 조기환급을 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점기계장치를 매입하여 입주업체에게 실비 또는 무상으로 사용하도록 하고 있어 쟁점기계장치 사용료는 부가가치세 면제대상이라고 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 전기요금 등 일반관리비는 과세 및 면제 공통사용분으로 사용면적에 따라 안분계산하는 등 총 OOO의 매입세액을 불공제한 다음, 가산세 OOO을 더하여 2006.2.10. 청구법인에게 2005년 2기 부가가치세 OOO을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 쟁점기계장치에 대한 매입세액 불공제에 불복하여 2006.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 학술연구를 위한 단지조성 및 확충사업을 주 목적으로 설립된 비영리법인이나, 재단의 유지 및 운영에 필요한 경비의 조달을 위하여 정관 제24조의 규정에 의하여 일부 수익사업을 영위하고 있으며, 쟁점기계장치를 구입한 목적도 수익사업을 확충하기 위한 것인데도 처분청이 쟁점기계장치의 사용료를 부가가치세가 면제되는 용역의 대가로 보아 쟁점기계장치 매입과 관련된 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점기계장치를 매입한 후, 고유목적사업의 일환으로 입주업체에게 무상 또는 실비 수준의 아주 저렴한 사용료를 받고 사용하도록 하고 있음이 확인되는 바, 쟁점기계장치 사용료는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역의 대가로 보여지므로 쟁점기계장치 매입액에 대하여 관련 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점기계장치 사용료가 부가가치세 과세대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

(2) 부가가치세법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제37조 【종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 신소재 기술개발 및 기업유치를 통한 고용·생산·소득 창출로 지역산업 발전에 기여함을 목적으로 OOO 및 OOO에서 출연하여 2002.6.29. 설립한 공익법인으로 당초 OOO에 설립되었으나, 기술개발 연구실 및 공장, 사무실 등의 이용을 목적으로 OOO 내에 건축면적 2,388㎡의 2층 건물을 2004년 8월에 착공하고, 2005년 4월에 준공하여 입주하였으며, 동 건물의 상근인원은 OOO 직원 1명과 신소재 관련 박사학위 소지자 8명이 근무하고 있고, 1층은 청구법인이 사용하고, 2층은 OOO 등 8개 업체에 임대중에 있다.

(2) 청구법인은 2005.7.5. 부가가치세 과세사업의 업종을 추가하고 2005년 1기 확정 부가가치세 신고당시 위 건물 신축에 따른 매입세액의 조기환급을 신고하였으나, 등록전 매입세액으로 확인되어 매입세액 공제 부인된 사실이 있고, 2005년 2기 예정 부가가치세 신고시 쟁점기계장치 매입액 등에 대하여 부가가치세 조기환급을 신고하였다.

(3) 처분청은 이 건 과세에 앞서 2005.11.18. 쟁점기계장치 사용료가 부가가치세 과세대상인지 여부에 대하여 OOO에게 과세기준자문신청을 하였는 바, 2005.12.20. OOO으로부터 ‘주무관청에 등록된 공익을 목적으로 하는 비영리법인이 고유목적사업과 수익사업을 겸영하면서, 그 고유목적사업을 위하여 기계장치(설비)를 구입·설치한 후 당해 고유목적사업의 일환으로 입주업체 등에게 장비를 사용하게 하고 장비사용료를 실비 또는 무상으로 지급받는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 의 규정을 적용하여 부가가치세가 면제되는 것이나 동 장비사용료가 실비 또는 무상인지 여부는 사실판단할 사항이며, 사실판단과 관련된 사항은 지방청에서 운영중인 과세쟁점자문위원회를 활용하기 바란다’는 내용의 회신을 받고, 쟁점기계장치의 활용실태에 대하여 조사한 결과, 쟁점기계장치는 수질검사 등에 사용되는 시험 및 분석장비 등으로 매입가격은 대당 1～3억원 수준인데 비하여 청구법인의 운영위원회에서 책정한 분석 및 측정장비 요율표상 쟁점기계장치의 사용료는 시료, 건 또는 시간당 일반회원은 8천원～4만원, 회원사는 4천원～2만원, 입주기업은 3천원～1만 5천원을 받도록 되어 있으며, 청구법인이 2005년 2기 예정 부가가치세 신고시 사용료로 신고한 금액은 5만 8천원으로 수입금액이 거의 발생하지 아니한다고 보아 부가가치세 면제대상으로 판단하였음을 알 수 있다.

(4) 이에 대하여 청구법인은 정관 제24조의 규정에 의하여 수익사업을 영위할 목적으로 쟁점기계장치를 도입하였고, 청구법인과 유사한 목적으로 설립된 공익법인의 장비사용료에 대하여 부가가치세를 과세하고 있으므로 쟁점기계장치도 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하면서 그 근거로 다른 공익법인의 정관 등을 제시하고 있다.

(5) 살피건대, 청구법인은 국가와 지방자치단체가 출자한 공익법인으로 청구법인이 공급하는 재화와 용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 원칙적으로 부가가치세가 면제 대상이고, 청구법인이 정관을 제출한 다른 공익법인의 경우 도입한 장비의 감가상각비와 유지관리비를 근거로 그 사용료 및 임차료를 책정하고 있어 사실상 수익사업을 영위하고 있다고 보이는 반면, 청구법인이 도입한 쟁점기계장치의 사용료는 실비에 가까운 것으로 확인되는 바, 이와 같은 경우에는 청구법인이 수익사업을 영위하고 있다고 보아 그 사용료에 대하여 부가가치세를 과세하기는 어렵다 하겠다. 따라서, 쟁점기계장치의 도입액에 대하여 관련 매입세액을 공제하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.