동일한 거래에 대하여 세무조사 결과통지에 따라 법인세만 경정.고지하였음에도, 종합감사 지적에 따라 부가가가치세를 경정.고지한 경우 신뢰보호원칙을 위반한 처분에 해당하는지 여부

쟁점조사통지에는 세무조사결과 산출된 세액만 기재되어 있을 뿐 쟁점거래와 관련하여 법인세만 과세하고 부가가치세는 과세하지 않겠다는 언급이 없어 과세관청의 공적표명에 해당한다고 보기 어려운 점, 설령, 쟁점조사통지가 공적 견해표명에 해당한다 하더라도, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 어떤 행위를 하여야 하고, 그 행위에 납세자의 귀책이 없어야 하며, 과세관청은 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하나 이 사건 처분이 이에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 처분청은 2013.9.10. 청구법인이 특수관계인 OOO에게 공장건물을 부당하게 저가로 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다고 보아, 시가와의 차액을 익금에 산입하여 법인세를 경정.고지하였다.

나. OOO은 처분청 종합감사에서 쟁점거래에 대해 법인세와 더불어 부가가치세도 과세할 것을 지적하였고, 이에 처분청은 2018.8.9. 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인을 세무조사한 후 공적으로 그 결과를 통지(이하 “쟁점조사통지”라 한다)한 후 법인세를 경정.고지하였다. 청구법인은 이를 신뢰하여 성실히 납부하였음에도 조사 종결 이후 1년 7개월이 지난 시점에 부가가치세를 과세한 것은 처분청이 공적인 견해표명을 하였다가 이를 번복한 것으로 신의성실의 원칙을 위배한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 납세자의 신고내용에 오류 및 탈루가 있다고 인정되는 경우 처분청은 국세의 부과제척기간이 도과되기 전에는 그 과세표준과 세액을 조사하여 경정할 수 있다.

(2) 처분청 조사공무원이 쟁점거래에 대하여 법인세만 과세하고 부가가치세를 과세하지 않은 것은 「부가가치세법」 제29조 를 간과한 것으로 납세자 신뢰의 대상이 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

동일한 거래에 대하여 세무조사 결과통지에 따라 법인세만 경정.고지하였음에도, 종합감사 지적에 따라 추가로 부가가치세를 경정.고지한 경우 신뢰보호원칙을 위반한 처분에 해당하는지 여부 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지)

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 제81조의11(통합조사의 원칙)

① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

④ 제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다.

(2) 부가가치세법 제29조(과세표준)

④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우 제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 2011～2014사업연도에 대한 통합조사를 2016.11.28.～2016.12.27. 기간 중 실시하여 2016.12.30. 쟁점조사결과를 청구법인에게 통지하였고, 그에 따라 법인세를 경정.고지하였다.

(2) 쟁점조사결과에는 2011, 2013, 2014, 2015사업연도 법인세와 2014년 제1기 및 제2기 부가가치세에 산출세액 및 예상고지세액이 기재되어 있다.

(3) OOO은 처분청 종합감사에서 쟁점거래는 법인세 부당행위계산의 부인과 더불어 「부가가치세법」 제29조 에 따라 특수관계자 간 저가 거래에 해당하므로 시가를 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세할 것을 지적하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 처분이 신의성실의 원칙을 위배하였기 때문에 위법한 처분에 해당한다고 주장하나, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 기본적으로 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적 견해표명이 있어야 할 것인바, 쟁점조사통지에는 세무조사결과 산출된 세액만 기재되어 있을 뿐 쟁점거래와 관련하여 법인세만 과세하고 부가가치세는 과세하지 않겠다는 언급이 없어 과세관청의 공적표명에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점조사통지에는 2014년도 제1기 및 제2기 부가가치세에 대한 경정 내역만 기재되어 있을 뿐, 쟁점거래에 해당하는 2013년 제2기 부가가치세에 대한 경정 내역은 없는 점, 설령, 쟁점조사통지가 공적 견해표명에 해당한다 하더라도, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 어떤 행위를 하여야 하고, 그 행위에 납세자의 귀책이 없어야 하며, 과세관청은 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 등 추가 요건이 충족되어야 하나, 이 사건 처분이 이에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 쟁점거래에 대하여 부가가치세를 경정.고지한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.