종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제합법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은OOOOO OOO OOO OOO-O 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 2002.3.28. 취득(사용승인)한 같은동 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.2.16. 양도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득 전부가 양도소득세 감면대상인 것으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로 종전주택에 대한 양도소득은 감면 대상이 아니며, 감면대상 소득은조특법 시행령 제40조제1항에 의하여 OOO원으로 계산된다 하여 나머지 양도소득에 대하여 2012.4.26. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.23. 이의신청을 거쳐 2012.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 조특법 별지 37호 서식인 구조조정대상 부동산등 세액감면신청서에 기재된 작성요령 4.항(5년 이내 발생한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는「소득세법 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 전체를 기재하라는 취지)에 따라 쟁점주택의 양도소득 전부가 쟁점주택의 감면대상인 것으로 하여 양도소득세를 신고하였고, 이는조특법 제99조의3규정 내용에 부합하므로 정당하다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3등의 명문의 규정상 양도소득세 감면대상이 되는 것은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않는 것인바, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 의하여 계산하면서 동 산식 중 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용한 것은 적법한 방법이므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 쟁점주택의 감면대상 소득금액을조특법 시행령 제40조제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 조합아파트 가입계약서, 매매계약서, 청구인의 양도소득세 신고서(양도소득세액 감면신청서 포함), 처분청의 양도소득세 경정결의서(양도소득세 결정결의 검토표 포함) 및 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구인은 1989.6.9. 취득한 종전주택을 재개발하여쟁점주택이 2002.3.28. 사용승인되자 이를 2006.2.16. OOO원에양도하였고, 그에 따라 발생한양도소득금액 OOO원 전체가조특법 제99조의3의 양도소득세 감면대상이라는 취지로 양도소득세를 신고하였다.(나)이에 대하여 처분청은 감면대상 소득금액을조특법 시행령 제40조제1항의 산식에 의하여OOO원[ = 양도소득금액 × {(신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) ÷ (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가)}] 으로 계산하고나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였다.

(2) 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 다음과 같은 이유로 타당하다.(가)조특법 제99조의3제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다.(나) 한편, 위조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(나)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다.

<감면대상 소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.