자동말소 후 양도차익에도 추가공제율이 적용되는가?

장기임대주택은 임대의무기간이 끝난 날 등록이 자동말소되었다. 이후 해당 주택을 양도하면서 추가공제율의 산정 기간과 적용 대상이 문제되었다.

추가공제율 산정시에는 세무서 사업자등록․지자체 임대사업자등록이 되어 있는 상태에서 임대한 기간에 따른 공제율로 산정하되 산정된 추가공제율 적용시에는 임대기간과 무관하게 전체 양도차익에 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것임

｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택)이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4에 따른 추가공제율 산정 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것이며, 산정된 추가공제율은 해당 장기임대주택을 양도함으로써 발생하는 전체 양도차익에 ｢소득세법｣ 제95조제2항에 따른 보유기간별 공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율로 적용하는 것입니다.

질의

자동말소된 장기임대주택을 양도할 때 자동말소일 이후의 양도차익에도 「조세특례제한법」 제97조의4에 따른 추가공제율을 적용할 수 있는지 여부.

회답

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 자동말소된 후 양도되는 경우, 추가공제율 산정 시 임대기간은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의4제2항에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정합니다.

산정된 추가공제율은 해당 장기임대주택의 전체 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항에 따른 보유기간별 공제율을 적용할 때 더하여 적용합니다.

국세청 법령해석 사전-2025-법규재산-0557 (<time datetime="2025-07-30">2025.07.30</time> 회신), "자동말소 후 양도차익에도 추가공제율이 적용되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000013667/