면세용 증축비의 매입세액을 임대사업자가 공제할 수 있나?

공동소유 부동산에서 갑과 을이 의료업 확장을 위해 건물을 증축하면서 관련 매입세액을 공제받지 않았다. 이후 공동임대사업자 등록을 했으나 일부 지분의 가족 증여로 폐업하고 갑과 을을 포함한 7인의 공동사업자B를 구성했다. 공동사업자B는 공동사업자A와 기존 임차인에게 부동산 임대용역을 제공한다.

공동소유 부동산에서 공동으로 의료업인 면세사업을 영위하는 2인이 면세사업 확장을 위해 건물을 증축하면서 관련 매입세액을 불공제하고 이후 2인을 포함한 총 7인의 공동임대사업자를 구성하여 쟁점 부동산에서 임대용역을 제공하는 경우 불공제된 매입세액은 공동임대사업자의 매입세액으로 공제할 수 없음

법령해석과-1541

공동으로 소유한 부동산(이하 “쟁점 사업장”)에서 의료업을 공동으로 영위하는 갑과 을(이하 "공동사업자A")이 의료업을 확장하기 위하여 건물을 증축하면서 관련 매입세액(이하 "면세사업관련 매입세액")을 공제받지 아니하고 이후 건물의 일부에서 부동산임대업을 영위하기 위하여 공동으로 임대사업자등록(이하 "공동임대사업자")을 한 경우로서, 부동산의 일부 지분을 가족에게 증여함에 따라 공동임대사업자는 사업자등록을 폐업하고 갑, 을을 포함한 7인의 부동산임대업을 영위하는 공동사업자(이하 "공동사업자B")를 구성하여 공동사업자B가 쟁점 사업장에서 의료업만을 영위하게 된 공동사업자A와 기존 임차인에게 부동산 임대용역을 제공하는 경우, 공동사업자A가 공제받지 아니한 면세사업관련 매입세액은 「부가가치세법」 제43조에 따른 공동사업자B의 매입세액으로 공제할 수 없는 것입니다.

질의

공동 의료업자가 면세사업 확장을 위해 건물을 증축하면서 공제받지 않은 매입세액을 이후 구성된 공동임대사업자가 공제할 수 있는지 여부.

회답

1. 갑과 을인 공동사업자A는 의료업 확장을 위해 건물을 증축하면서 면세사업 관련 매입세액을 공제받지 않았다.

2. 이후 공동임대사업자를 등록했으나 부동산 일부 지분의 가족 증여에 따라 폐업하고 갑과 을을 포함한 7인의 공동사업자B를 구성했다.

3. 공동사업자B가 공동사업자A와 기존 임차인에게 부동산 임대용역을 제공하더라도 공동사업자A가 공제받지 않은 매입세액은 공동사업자B의 매입세액으로 공제할 수 없다.

국세청 법령해석 서면-2020-법령해석부가-1491 (2020.05.25 회신), "면세용 증축비의 매입세액을 임대사업자가 공제할 수 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000444902/