부가세 환급 후 법인세 처분에 제척기간 특례가 적용되나?

과세관청은 갑법인 통합조사에서 부가가치세 매입세액을 불공제하고 상당액을 손금산입하였다. 이후 갑법인이 낸 소송의 조정권고안을 받아들여 매입세액을 공제하고 상당액을 다시 손금불산입하였다.

내국법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 과세관청이 받아들여 부가가치세 매입세액을 공제한 후 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 「국세기본법」 제26조의2 제2항에 따른 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분임

법령해석과-785

귀 과세자문의 경우, 당초 과세관청이 내국법인(이하 “갑법인”이라 한다)에 대한 통합조사를 실시하여 부가가치세 매입세액을 불공제하고 그에 상당하는 금액을 손금산입하였으나, 이후 갑법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 과세관청이 받아들여 부가가치세 매입세액을 공제한 후 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항에 따른 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당하는 것입니다. 끝.

질의

법원의 조정권고안에 따라 부가가치세를 감액한 뒤 그 상당액을 법인세 손금불산입하는 경우 부과제척기간 특례를 적용할 수 있는지 여부.

회답

1. 과세관청이 갑법인의 부가가치세 매입세액을 불공제하고 그 상당액을 손금산입하였습니다.

2. 이후 갑법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 받아들여 매입세액을 공제한 후 그 상당액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분입니다.

3. 이는 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항에 따른 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당합니다.

국세청 법령해석 기준-2019-법령해석기본-0003 (2019.03.29 회신), "부가세 환급 후 법인세 처분에 제척기간 특례가 적용되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000374796/