정부출연금 관련 연구기자재 매입세액을 공제할 수 있나?

주관기관은 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 연구개발과제협약을 체결하고 국책연구과제를 수행하였다. 연구결과물은 주관기관에 귀속시키고, 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부출연금을 지원받아 연구기자재 등을 구입하였다.

사업자가 정부 및 전문기관과 연구개발과제협약을 체결하여 정부출연금을 지원받아 연구과제를 수행한 후 그 연구결과물을 수취하기로 한 경우 해당 출연금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것임

법령해석과-2801

사업자(이하 “주관기관”)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 주관기관에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

질의

정부출연금으로 취득한 연구기자재 등과 관련한 매입세액의 공제 여부 및 출연금의 부가가치세 과세표준 포함 여부.

회답

사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 연구개발 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하고, 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니합니다.

사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있습니다.

국세청 법령해석 기준-2018-법령해석부가-0206 (2018.10.23 회신), "정부출연금 관련 연구기자재 매입세액을 공제할 수 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000354695/