대토보상 등기를 매매로 잘못 쓰면 추징되나?

거주자가 공익사업지역의 토지를 사업시행자에게 양도하고 조성된 토지로 보상받아 과세특례를 적용받았다. 보상토지의 등기원인이 대토보상이 아닌 매매로 잘못 기재됐다. 이후 관련기관과 계약서로 착오가 확인되어 등기원인을 소급 경정했다.

등기부상 기재원인이 착오로 기재된 경우로서 관련기관 및 증빙서류에 의하여 대토보상이 확인되고 등기도 소급하여 정정되는 경우에는 과세할 수 없음

법령해석과-1134

거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역의 토지를 사업시행자에게 양도하고 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상받고「조세특례제한법(2010.5.14. 법률 제10285호로 개정되기 전의 것)」제77조의2에 따른 과세특례를 적용받았으나, 해당 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상이 아닌 매매로 기재된 경우에도 추후 매매로 기재된 원인이 관련기관(한국토지주택공사 등)과 대토 관련 매매계약서에 의하여 착오임이 확인되어 매매로 등기된 날로 소급하여 등기원인을 대토보상으로 경정등기한 경우에는 같은 법 같은 조 제3항을 적용하지 아니하는 것임

질의

대토보상토지의 소유권이전등기 원인이 착오로 매매로 기재된 경우 양도소득세 추징사유에 해당하는지 여부.

회답

관련기관과 대토 관련 매매계약서에 의해 매매 기재가 착오였음이 확인되고, 매매로 등기된 날로 소급하여 등기원인을 대토보상으로 경정등기한 경우에는 「조세특례제한법(2010.5.14. 법률 제10285호로 개정되기 전의 것)」 제77조의2제3항을 적용하지 않습니다.

국세청 법령해석 기준-2015-법령해석재산-0277 (2016.04.05 회신), "대토보상 등기를 매매로 잘못 쓰면 추징되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000204965/