총괄납부사업자의 의제매입세액 한도는 어떻게 계산하는가?

구입사업장에서 면세농산물등으로 생산한 반제품을 1차 가공 제조장으로 반출한다. 완성된 제품은 판매장등으로 다시 반출되어 거래처에 판매된다.

면세농산물등을 구입・제조한 사업장과 판매한 사업장이 다른 경우 판매한 사업장의 과세표준을 의제매액세액 한도적용대상 과세표준으로 함

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 면세농산물등을 구입한 사업장(이하 “구입사업장”이라 한다)에서 생산된 반제품을 1차 가공하는 제조장으로 반출하고, 해당 반제품으로 제품을 완성하는 제조장에서 다시 완제품을 판매하는 사업장(이하 “판매장등”이라 한다)으로 반출하여 판매장등에서 거래처에 완제품을 판매하는 경우 구입사업장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 구입사업장의 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 판매장등의 해당 과세기간의 면세농산물등과 관련한 과세표준 중 해당 구입사업장에서 반출·가공되어 판매된 완제품의 공급가액합계액을 말하는 것임

질의

주사업장 총괄납부사업자가 사업장 사이에 반제품과 완제품을 반출하는 경우 의제매입세액 공제와 구입사업장의 공제 한도액 계산방법.

회답

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 면세농산물등을 구입한 사업장(이하 “구입사업장”이라 한다)에서 생산된 반제품을 1차 가공하는 제조장으로 반출하고, 해당 반제품으로 제품을 완성하는 제조장에서 다시 완제품을 판매하는 사업장(이하 “판매장등”이라 한다)으로 반출하여 판매장등에서 거래처에 완제품을 판매하는 경우 구입사업장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 구입사업장의 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 판매장등의 해당 과세기간의 면세농산물등과 관련한 과세표준 중 해당 구입사업장에서 반출·가공되어 판매된 완제품의 공급가액합계액을 말하는 것임

국세청 법령해석 법규부가2014-100 (2014.03.25 회신), "총괄납부사업자의 의제매입세액 한도는 어떻게 계산하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000152899/