관계기업 기준 탈락에도 중소기업 유예가 되나?

내국법인이 자기자본 1천억원 이상으로 중소기업 유예기간을 적용받던 중이었다. 2012.1.1. 이후 최초 개시 사업연도에 관계기업기준을 적용받아 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 됐다.

2012.1.1. 이후 관계기업기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 위반에 해당하기에 유예기간을 적용하지 아니함

① 질의①은 다음의 기획재정부 해석을 참고하기 바람

○ 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26.

「중소기업기본법 시행령」 (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조제2호다목의 신설 및 「조세특례제한법 시행령」 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정된 것) 제2조제1항제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 「조세특례제한법 시행령」 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조제5항에 따른 “「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 아니하는 것임

② 내국법인이 자기자본 1천억원 이상인 경우에 해당하여 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 관계기업기준을 적용함에 따라 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것임

질의

1. 관계기업기준 신설로 중소기업에서 제외되는 경우 중소기업 유예 적용 여부.

2. 기존 유예기간 적용 중 관계기업기준에 따라 실질적인 독립성 요건을 잃은 경우 유예 적용 여부.

회답

① 질의①은 다음의 기획재정부 해석을 참고한다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26.

「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목 신설 및 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호 개정에 따라 새로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우는 「조세특례제한법 시행령」 제2조제5항의 “「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 않는다.

② 내국법인이 자기자본 1천억원 이상으로 중소기업 유예기간을 적용받던 중, 2012.1.1. 이후 최초 개시 사업연도에 관계기업기준 적용으로 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 되면 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다.

국세청 법령해석 서면법규과-246 (2013.03.07 회신), "관계기업 기준 탈락에도 중소기업 유예가 되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000151097/