GovBrief 국세자주 묻는 질문조세특례

학교법인의 특별부가세 면제신청은 언제 해야 하나?

국세청 공식 회신문서번호 법인22601-2385회신일 세목 조세특례회신 후 개정 보관 문서

검색 색인 제외 보관본. 질문·답·공식 본문·회신일·해소된 근거 조문 중 일부가 검색 품질 기준을 충족하지 않는다. 아래에 남은 공식 원문과 출처 링크를 확인한다.

1. 질문학교법인의 특별부가세 면제신청은 언제 해야 하나?2. 공식 회신국세청 · 1985.08.073. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문5개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

양도일이 속한 사업연도의 과세표준신고서와 함께 신청해야 면제된다.

학교법인이 비교육사업용 토지를 양도할 때 특별부가세 면제신청 시기를 물었다. 양도일이 속한 사업연도의 과세표준신고서와 함께 신청해야 면제된다. 수정신고기한이 지나 신청하지 못한 질의의 경우 특별부가세 면제를 받을 수 없다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 사립학교법 시행령(2025.12.23 시행), 소득세법 시행령(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 5곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 5 · 문구 동일 0
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 1981.05.21 → 현재 시행본 2025.12.23

    사립학교법 시행령 제12조: 회신 당시 6개 문장·단위에서 현재 14개로 바뀌었다(수정 2개 · 신설 8개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제12조(처분할 수 없는 재산의 범위) 법 제28조제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ①법 제28조제2항에 따라 학교법인이 매도하거나 담보로 제공할 수 없는 재산은 해당 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  2. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1984.12.31 → 현재 시행본 2026.02.27

    법인세법 시행령 제124의8조 제1항: 현재 같은 번호·제목의 조문이 없어 삭제 또는 이동 여부 확인이 필요하다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①학교법인이 소유하는 기본재산중 사립학교법시행령 제12조에 규정하는 재산외의 토지등(이하 "비교육사업용 토지등"이라 한다)에 대하여는 그 양도금액을 양도일로부터 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여 법 제59조의3제2항제3호의 규정을 적용한다. 다만, 부득이한 사유로 그 기한내에 사용할 수 없는 경우에는 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 1차에 한하여 소관세무서장의 승인을 얻어 사용기한을 연장할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

  3. 조문 이동·변경회신 당시 시행본 1984.12.31 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 시행령 제53조 제1항: 제53조에서 제162조로 이동하고 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 12개로 바뀌었다(수정 1개 · 신설 11개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다. 이하 같다)를 한 경우에는 등기부 등록부 또는 명부 등에 기재된 소유권이전등기원인일. 다만, 등기원인일로 부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 2. 법 제51조제6항에 규정하는 연불조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일 3. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 준공검사필증교부일. 다만, 준공검사전에 사실상 사용하거나 가사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ①법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  4. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1984.12.31 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 시행령 제45조 제1항: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①채무자가 채무의 변제를 담보하기 위하여 자산을 양도한 경우에 다음 각호의 요건을 갖춘 계약서의 사본을 과세표준확정신고서에 첨부한 때에는 양도로 보지 아니한다. 1. 당사자간에 채무의 변제를 담보하기 위하여 양도한다는 의사표시가 있을 것. 2. 당해 자산을 채무자가 원래대로 사용 수익한다는 의사표시가 있을 것. 3. 원금ㆍ이율ㆍ변제기한ㆍ변제방법등에 관한 약정이 있을 것.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

  5. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1983.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제59의3조 제2항 제3호: 현재 같은 번호·제목의 조문이 없어 삭제 또는 이동 여부 확인이 필요하다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    3. 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

학교법인이 기본재산 중 비교육사업용 토지를 양도했다. 해당 토지의 양도일은 소유권 이전등기 원인일이며 수정신고기한은 이미 지났다.

질의요지

학교법인이 소유하는 비교육 사업용 토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 특별부가세 감면신청은 양도일 즉 소유권 이전등기 원인일이 속하는 사업년도의 과세표준신고서와 함께 하여야 함

본문(원문)

학교법인이 소유하는 기본재산 중 사립학교법시행령 제12조에 규정하는 재산외의 비교육사업용 토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 특별부가세의 면제는 법인세법시행령 제124조의8 제1항의 규정에 의해 양도일로부터 3년 이내에 교육사업에 사용하여야 되며, 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고서와 함께 면제신청을 하는 경우에 한하여 면제되는 것으로 귀 질의의 경우 동 토지의 양도일은 소득세법시행령 제53조 제1항의 규정에 의해 소유권 이전등기 원인일이 되고, 특별부가세 면제신청에 대한 수정신고는 국세기본법 제45조 제1항의 수정신고기한이 경과되어 수정신고를 할 수 없으므로 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호에 의한 특별부가세 면제를 받을 수 없는 것임.

정제 정리

질의

학교법인이 비교육사업용 토지를 양도한 경우 특별부가세 면제신청 시기와 수정신고 가능 여부.

회답

학교법인이 소유하는 기본재산 중 사립학교법시행령 제12조의 재산 외 비교육사업용 토지를 양도하여 발생한 소득은, 양도일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하고 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고서와 함께 면제신청을 하는 경우에 한하여 면제됩니다.

질의의 토지 양도일은 소득세법시행령 제53조 제1항에 따라 소유권 이전등기 원인일입니다. 특별부가세 면제신청에 대한 수정신고는 국세기본법 제45조 제1항의 수정신고기한이 지나 할 수 없으므로 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호에 따른 면제를 받을 수 없습니다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인22601-2385 (<time datetime="1985-08-07">1985.08.07</time> 회신), "학교법인의 특별부가세 면제신청은 언제 해야 하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000094804/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000094804)
원 제목
특별부가세 감면신고
공개 등급
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편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap