주식 매매와 자회사 거래에 부가세가 붙나?

등록한 기업구조조정전문회사가 자회사를 통해 구조조정대상기업을 직접 합병하거나 영업 또는 자산을 매입한다. 자회사가 이를 정상화한 뒤 매각하는 경우이다.

거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사에 2003. 12. 31 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니하며, 이 경우 감면받은 세액에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는 것임.

귀 질의 1)의 경우 관련법령과 유사사례(부가46015-5035, 1999.12.27외 1건)를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바라며,

귀 질의 2)의 경우에는 관련법령과 유사사례(서일46015-10651,2002.05.16)를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

※ 부가46015-5035, 1999.12.27

1. 부가가치세의 과세대상은 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입으로서 유가증권(주식, 채권 등)의 매매는 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임.

2. 산업발전법 제14조의 규정에 의하여 산업자원부장관에게 등록한 기업구조조정전문회사가 자회사(주식 또는 지분의 취득 등에 의하여 그 경영권을 행사하고 있는 기업)를 통하여 구조조정대상기업을 직접 합병하거나 영업 또는 자산을 매입한 후 이를 정상화하여 매각하는 경우에 실제로 재화를 공급받거나 공급하는 자는 당해 전문회사의 자회사가 되는 것으로 당해 전문회사의 부가가치세 과세문제는 발생하지 아니하는 것임.

질의

유가증권 매매 및 기업구조조정전문회사가 자회사를 통해 수행하는 구조조정 거래의 부가가치세 과세 여부.

회답

1. 부가가치세의 과세대상은 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입으로서 유가증권(주식, 채권 등)의 매매는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않습니다.

2. 「산업발전법」 제14조에 따라 등록한 기업구조조정전문회사가 자회사를 통하여 구조조정대상기업을 직접 합병하거나 영업 또는 자산을 매입한 후 이를 정상화하여 매각하는 경우, 실제로 재화를 공급받거나 공급하는 자는 해당 전문회사의 자회사이므로 전문회사의 부가가치세 과세문제는 발생하지 않습니다.

국세청 법령해석 서삼46015-10324 (2003.02.21 회신), "주식 매매와 자회사 거래에 부가세가 붙나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000052320/