공단의 시설 운영대행 용역은 부가세가 면제되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서삼46015-10914회신일 2001.12.20세목 부가가치세회신 후 개정

1. 질문공단의 시설 운영대행 용역은 부가세가 면제되는가?2. 공식 회신국세청 · 2001.12.203. 다툰 결과0건 직접 · 2건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2001.12.20

해당 용역은 과세 대상이고 공단도 정부업무대행단체에 해당하지 않아 면제되지 않는다.

공단이 수행하는 시설 관리·운영 대행용역의 부가가치세 면제 여부를 물었다. 해당 용역은 과세 대상이고 공단도 정부업무대행단체에 해당하지 않아 면제되지 않는다. 지방자치단체로부터 시설 운영을 수탁해 관리·운영을 대행하고 대가를 받는 경우이다.

근거 조문 조세특례제한법 제106조제1항제6호 조세특례제한법 제39조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 2 · 문구 동일 0 · 비교 불가 1

문구 변경회신 당시 시행본 2001.11.21 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제106조 제1항 제6호: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 변경회신 당시 시행본 2001.11.21 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제39조: 회신 당시 17개 문장·단위에서 현재 13개로 바뀌었다(수정 13개 · 삭제 4개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
①내국법인의 채무를 보증한 주주가 당해 보증채무를 인수ㆍ변제하는 경우로서 다음 각호의 1의 요건을 갖춘 경우에는 제2항의 규정에 의한 금액은 이를 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 주주의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
① 내국법인의 주주 또는 출자자(법인인 경우에 한정한다. 이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 법인의 채무를 인수ㆍ변제하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 갖춘 경우에는 해당 법인의 채무금액 중 해당 주주등이 인수ㆍ변제한 금액은 해당 연도 주주등의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 금액을 한도로 손금에 산입한다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
비교 불가회신 당시 시행본 2001.11.21 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제106조 제6항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

지방산업단지관리공단이 지방자치단체로부터 공단 내 폐수종말처리시설 운영을 수탁했다. 공단은 해당 시설의 관리 및 운영을 대행하고 그 대가를 받는다.

질의요지

당해 공단은 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 및 같은법시행령 제106조 제6항에 규정하는 정부업무대행단체에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 면제되지 아니함.

본문(원문)

귀 질의의 경우 유사사례로 붙임과 같이 기 질의회신문 (제도46013-45, 2001.01.09외 1건)을 보내드리니 업무에 참고하시기 바랍니다.

※ 제도46013-45, 2001.01.09

귀 공단 질의의 경우 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제31조 제2항 및 같은법시행령 제39조의 규정에 의하여 설립된 지방산업단지관리공단이 지방자치단체로부터 공단내 폐수종말처리시설의 운영을 수탁받아 당해 시설의 관리 및 운영을 대행하고 그 대가를 받는 경우에 있어 당해 시설의 관리 및 운영을 대행하는 것은 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당하고 당해 공단은 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 및 같은법시행령 제106조 제6항에 규정하는 정부업무대행단체에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 면제되지 아니함.

정제 정리

질의

공단이 수행하는 시설 관리 및 운영 대행용역의 부가가치세 면제 여부.

회답

귀 질의의 경우 유사사례로 붙임과 같이 기 질의회신문 (제도46013-45, 2001.01.09외 1건)을 보내드리니 업무에 참고하시기 바랍니다.

※ 제도46013-45, 2001.01.09

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

조세특례제한법 제106조제1항제6호 (부가가치세의 면제 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
조세특례제한법 제106조제6항 (부가가치세의 면제 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
조세특례제한법 제39조 (채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

원문이 참조한 다른 해석

제도46013-45 (게시판 미보유)

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

조심 2018중0998 심판결정
2018.05.15 · 주문 분류 기각 · 공통 근거 조세특례제한법 제39조 · 결정 후 개정
조심 2016전1318 심판결정
2016.06.03 · 주문 분류 기각 · 공통 근거 조세특례제한법 제39조 · 결정 후 개정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다.

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서삼46015-10914 (2001.12.20 회신), "공단의 시설 운영대행 용역은 부가세가 면제되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000051026/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000051026)
원 제목: 국민체육진흥법에 의하여 설립된 공익법인의 부가가치세 면제여부
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 대상
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-10