매입세액이 불공제된 의약품 재고는 과세되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서삼46015-10878회신일 2002.05.27세목 부가가치세회신 후 개정

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1. 질문매입세액이 불공제된 의약품 재고는 과세되는가?2. 공식 회신국세청 · 2002.05.273. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문1개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2002.05.27

면세 조제용역 관련 매입세액을 공제하지 않은 의약품의 일시적 공급은 과세되지 않는다.

약국 폐업 전 매입세액을 공제하지 않은 의약품 재고를 매각할 때 과세 여부를 물었다. 면세 조제용역 관련 매입세액을 공제하지 않은 의약품의 일시적 공급은 과세되지 않는다. 과세·면세사업에 공통 사용한 재화의 과세표준은 시행령에 따라 안분계산한다.

근거 조문 부가가치세법 시행령 제48의2조제1항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 부가가치세법 시행령(2026.04.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

과세·면세 겸영사업자인 약국 사업자가 폐업 전에 의약품 재고를 다른 사업자에게 매각했다. 해당 의약품의 매입세액은 면세사업인 의약품 조제용역과 관련되어 매출세액에서 공제하지 않았다. 직접판매와 조제용역에 공통 사용하던 재화를 공급하는 경우도 제시되었다.

질의요지

과ㆍ면세 겸영사업자인 약국을 영위하던 사업자가 폐업전에 의약품 재고를 매각함에 있어서 매입시 면세사업(의약품의 조제용역)에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한 의약품의 공급은 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.

본문(원문)

귀 질의의 경우에는 붙임 관련 참고자료의 유사사례【(서삼46015-10877, 2002.05.27)】를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

※ 서삼46015-10877, 2002.05.27

귀 질의의 경우 사실관계가 불분명하여 명확한 답변을 드리기는 곤란하나, 과ㆍ면세 겸영사업자인 약국을 영위하던 사업자가 폐업전에 의약품 재고재화를 타 사업자에게 매각함에 있어서 매입시 면세사업(의약품의 조세용역)에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한 의약품의 공급은 주된 사업인 의약품의 조제용역과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화로서 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이며, 직접판매(과세사업)와 의약품의 조제용역(면세사업)에 공통으로 사용하던 재화를 공급하는 경우의 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조의 2 제1항의 규정에 의하여 안분계산한 금액으로 하는 것임.

정제 정리

질의

약국을 폐업하기 전에 매입세액이 공제되지 않은 전문의약품 재고를 다른 사업자에게 매각할 때 부가가치세 과세 여부.

회답

관련 유사사례【(서삼46015-10877, 2002.05.27)】를 참조하시기 바랍니다.

※ 서삼46015-10877, 2002.05.27

사실관계가 불분명하여 명확한 답변을 드리기는 곤란하나, 과ㆍ면세 겸영사업자인 약국을 영위하던 사업자가 폐업 전에 의약품 재고재화를 타 사업자에게 매각함에 있어서 매입시 면세사업(의약품의 조세용역)에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한 의약품의 공급은 주된 사업인 의약품의 조제용역과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화로서 부가가치세가 과세되지 않습니다.

직접판매(과세사업)와 의약품의 조제용역(면세사업)에 공통으로 사용하던 재화를 공급하는 경우의 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조의 2 제1항의 규정에 의하여 안분계산한 금액으로 합니다.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

부가가치세법 시행령 제48의2조제1항 법령 페이지 govbrief.kr (회신 당시 조문 번호, 현행 조문 페이지 없음) 이 법령을 인용한 다른 해석

원문이 참조한 다른 해석

서삼46015-10877 사설납골시설 사용료는 부가세 면제인가?

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서삼46015-10878 (2002.05.27 회신), "매입세액이 불공제된 의약품 재고는 과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000050826/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000050826)
원 제목: 약국을 폐업하고 사업양도시 매입세액이 불공제된 전문의약품의 과세여부
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 제외
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09