교회 토지가 수용되면 양도소득세가 과세되나?

교회 소유 토지가 수용 또는 협의매수를 원인으로 국가에 이전되는 상황이다. 해당 교회가 법인인지 개인인지 명확하지 않다.

교회가 개인(거주자)인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세됨

1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은「국세기본법」 제13조 및「같은법 시행령」제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다.

2. 소득세법상 양도소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은 소득세법 제88조의 규정에 따라 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로, 수용 또는 협의매수를 원인으로 국가에 이전되는 경우를 포함하는 것입니다.

3. 귀 질의의 교회가 개인(거주자)에 해당하는지는 교회의 조직구조, 운영형태 등을 종합하여 사실판단 할 사항이며, 등록세 등 지방세에 관한 사항은 관할지방자치단체에 문의하시기 바랍니다.

질의

교회 소유 토지가 수용 또는 협의매수로 국가에 이전될 때 양도소득세가 과세되는지 여부.

회답

1. 일정한 미등기 재단이나 단체는 법인으로 보지만, 독립된 산하지역 교회는 세법상 재단이 별도로 설립된 경우 외에는 개인으로 보며 토지 또는 건물의 양도소득에는 양도소득세가 과세된다.

2. 소득세법 제88조상 양도는 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하며 수용 또는 협의매수로 국가에 이전되는 경우도 포함한다.

3. 교회가 개인에 해당하는지는 조직구조와 운영형태 등을 종합하여 사실판단한다. 지방세는 관할지방자치단체에 문의한다.

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담4팀-1289 (2007.04.23 회신), "교회 토지가 수용되면 양도소득세가 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000042503/