이 건 심판청구가 적법한지 여부

종전 심판결정은 단지 신의성실의 원칙에 위배된다고 결정한 것일 뿐 쟁점기술료가 부가가치세 면세대상이라고 결정한 것이 아니므로후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 청구법인은 이 건 부가가치세 부과처분에 대해서는 청구기한 이내에 심판청구를 하지 아니하였으므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당함

1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지에 대하여 살펴본다.

가. 청구법인은 정부출연기관으로 2009년 제1기부터 2014년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 국가 연구개발사업 등 연구과제를 수행하면서 취득·소유하게 된 연구개발성과를 제3자에게 실시·양도하고 받은 기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)를 부가가치세 면세대상으로 보아부가가치세 신고를 하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점기술료가 부가가치세 과세대상으로 보아, 2014.12.5. 청구법인에게 부가가치세 2013년 제1기분 OOO원 및 2013년 제2기분 OOO원을 경정·고지하였으나, 청구법인은 납세고지서 송달일로부터 90일이 되는 2015.3.5.까지 불복청구를 제기하지 아니하였다.한편, 처분청은 2015.6.15. 기 과세한 2013년 제1기 및 제2기 부가가치세를 제외한 2009년 제1기부터 2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.8. 심판청구를 제기(조심 OOO)하였으며, 우리 원은 2016.9.30. OOO장이 쟁점기술료가 면세대상이라는 내용의 과세기준자문신청 결과통보(OOO, 2012.1.27.)한 이후부터 과세사업자로 사업자등록정정신고를 하라는 안내(2014.10.29.)를 하기 이전까지의 부가가치세 과세기간에 대한 과세분은 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 하여 일부인용 결정(이하 “종전 심판결정”이라 한다)을 하였다.

다. 청구법인은 종전 심판결정이「국세기본법」제45조의2제2항의 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 보아, 2016.10.25. 2013년 제1기 및 제2기 부가가치세를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2016.12.21. 후발적 경정청구의 사유에 해당하지 아니한다고 보아 거부처분을 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.17. 심판청구를 제기하였다.

라. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,「국세기본법」제45조의2제1항에서 경정청구기한을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 하고 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일이내에 경정청구할 수 있다고 규정하고 있으며 그 제2항 본문과 제1호에서 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다 고 규정하고 있는바,청구법인은 종전 심판결정이 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 주장하나,종전 심판결정은 단지 신의성실의 원칙에 위배된다고 결정한 것일 뿐 쟁점기술료가 부가가치세 면세대상이라고 결정한 것이 아니므로, 후발적 경정청구 대상인 당초의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 되는 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정된 때로 보기어렵고, 달리「국세기본법」제45조의2제2항각 호 및 같은 법 시행령제25조의2 각 호의 후발적 경정청구 사유에도 해당하지 아니하는 점,청구법인은 이 건 부가가치세 부과처분에대해서는불복청구기간(90일) 이내에 심판청구를 하지아니한 점 등에비추어청구법인이 제기한 이 건 심판청구는 부적법한것으로판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.