부가가치세법시행규칙 “별표3”에 규정한 “의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제 할 수 있는지의 여부(취소)

시행규칙 별표3에 열거된 재화중의 하나인, 발효유(특별소비세과세물품) 제조원료(탈지유등)에 대한 의제매입세액상당액(가산세 32,424,119원 포함) 356,665,310원을 경정고지한 처분은 부당함

1. 사실청구법인은 경기도 OO군 진위면 OO리 OOO O에 공장을 두고(본점 및 주사업장 소재지 : 서울특별시 중구 OOO로 OO OO) 부가가치세가 면제되는 탈지유·탈지분유 및 전지분유(이하 “탈지분유등”이라 한다)를 원료로 하여 부가가치세가 과세되는 발효유(야쿠르트)를 제조, 판매하는 사업자로서 88.7.25. 자로 88년 제1기 부가가치세 확정신고를 통하여 탈지분유등 매입금액 6,809,065,930원에 대한 의제매입세액 324,241,194원을 공제 신고하였으나, 처분청은 당해제품이부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서 별표3(의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화)에 규정되어 있는 품목이라는 이유로 88.9.21. 356,665,310원을 경정고지 하자 청구법인은 이에 불복하여 88.11.11. 심사청구를 거쳐 89.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장부가가치세법 제17조제3항 및같은법시행령 제62조제1항에서 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화가 과세되는 경우에는 그 농산물등에 대한 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고, 재무부령에 그 계산방법만을 위임하고 있어부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서에서 의제매입세액공제 대상을 제한한 것은 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이므로 88.7.25. 자로 신고한 88년 제1기 의제매입세액 324,241,194원에 대하여 처분청이 위 시행규칙의 규정을 근거로 그 공제를 배제, 경정고지한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견부가가치세법시행규칙 제19조제1항(88.7.12. 재무부령 제1757호로 개정되기 이전의 규정)에서 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 그 별표3 제4호에 이 건 청구법인의 제조품목(특별소비세가 과세되는 물품중 발효유)이 명시되어 있으므로 처분청이 위 시행규칙의 규정에 따라 탈지유등에 대한 의제매입세액공제를 배제하여 환급을 거부한 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건 심판청구는 부가가치세법시행규칙 “별표3”에 규정한 “의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제 할 수 있는지의 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

이 건 당초처분 경위를 보면, 청구법인은 88.7.25.자로 88년 제1기 부가가치세 확정신고를 통하여 의제매입세액(탈지유등 매입분) 324,241,194원을 매출세액에서 공제 계산하였으나,처분청은 청구법인의 제조품목(발효유)이부가가치세법시행규칙 제19조제1항 단서 별표상의 의제매입세액 공제 대상이 되지 않는 재화라 하여 그 공제를 배제하고 88.9.21.자로 신고납부불성실가산세 32,424,119원을 포함한 356,665,310원을 경정고지 하였음이 부가가치세신고서 및 경정결의서에 의하여 확인되고 있으며, 이 건 쟁점이 되는 축산물(탈지유등)의 구입 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없음을 알 수 있다. 이 건 관계법령을 보면,부가가치세법 제17조제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제 할 수 있다”고 규정하였고, 이 규정의 위임을 받아같은법시행령 제62조제1항에서는 “부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며,같은법시행규칙 제19조제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5호 한다”로 규정함과 동시에 그 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 예외를 규정하면서 별표3에서 주류·과자류·특용작물류·특별소비세 과세물품등을 열거하고 있음을 알 수 있다. 살피건대,부가가치세법 제17조제3항에서 “....

대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제 할 수 있다”고 규정하고, 시행령 제62조 제1항에서 다시 “..... 매입세액으로 공제 할 수 있는 금액은 ... 농산물... 의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있어 부가가치세법에서 그 소정의 재화에 대하여 의제매입세액을 공제하되 그 금액의 계산 방법만을 시행령에 위임하였고, 시행령에서도 농산물등에 대하여는 의제매입세액이 공제된다는 것을 전제하여 재무부령으로 공제율을 정하도록 위임하였음에도 시행규칙 제19조 제1항에서는 본문에서 그 공제율을 105분의 5로 정하는데 그치지 않고 단서에서 별표3에 열거된 제조업에 대하여는 이를 적용할 수 없도록 규정함으로써 그 해당재화의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니, 이 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 시행령상의 위임범위를 벗어난 무효의 규정임이 분명하다 할 것이다. (대법원 전원합의부 판결 86누 734, 87.12.22. 국세심판소합동회의 88중 32, 88.4.4. 동지).

따라서, 위 시행규칙 별표3에 열거된 재화중의 하나인, 발효유(특별소비세과세물품) 제조원료(탈지유등)에 대한 의제매입세액상당액(가산세 32,424,119원 포함) 356,665,310원을 경정고지한 처분은 위법부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.