의제 매입세액공제를 배제한 처분의 당부(경정)

무효의 규정인 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서를 근거로 청구법인이 수정신고한 88년 제1기분 의제매입세액을 환급거부한 처분은 부당함

1. 사실청구법인은 탈지분유와 탈지유를 원재료로 하여 발효유(야쿠르트·써핑쿨)를 제조 판매하는 법인으로서 청구법인이 89.1.25자로 88년 제1기 과세기간에 매입한 탈지분유와 탈지유 2,630,423,128원에 대한 의제매입세액 125,258,244원을 매출세액에서 공제하여 동 금액 상당액을 환급 받을 세액으로 수정신고 한데 대하여처분청은 89.3.20 특별소비세가 과세되는 물품(발효유)의 제조업은 의제매입세액 공제대상이 아니라는 이유로부가가치세법 제19조제1항 단서 규정에 의거 동물품의 제조에 사용된 탈지분유와 탈지유에 대한 의제매입세액 공제를 배제하여 환급거부하였던 바, 청구법인은 이에 불복하여 89.5.10 심사청구를 거쳐 89.8.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장부가가치세법 제17조제3항 및 같은 법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고, 그 계산할 수 있는 방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서에서 모법의 위임한계를 벗어나 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 의제매입세액공제제도의 취지에 위배되는 무효의 규정이므로 동 규정을 근거로 하여 이 건 의제매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견부가가치세법 제17조제3항은 제조업을 영위하는 자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제62조 제1항은 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다라고 규정하고 있으며, 재무부령인부가가치세법 시행규칙 제19조제1항은 영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 하되 다만 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다라고 규정하고 있고, 동 시행규칙 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화 제4호에는 [특별소비세가 과세되는 물품]으로 규정하고 있다.

청구법인은 부가가치세가 면제되는 축산물을 원료로 하여 부가가치세가 과세되는 재화인 요구르트 및 써핑쿨 제품을 제조하고 있는 바, 청구법인은부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 규정이 모법의 위임근거가 없는 무효의 규정이라고 주장하고 있으나, 전시한 바와 같이부가가치세법 제17조제3항에 의한 의제매입세액공제규정은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 되어 있고, 위 법조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제62조 제1항의 규정이 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 계산방법을 다시 재무부령에 위임하고 있으므로부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 본문에서 의제매입세액공제율을 105분의 5로서 일반적인 경우를 규정하고, 동항 단서에서 특별한 경우에는 0% 즉, 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화를 규정하였는 바, 이는 청구인이 주장하는 바와 같이 모법의 위임범위를 벗어났다던가 또는 상위법과 상반되는 규정이라고 볼 수 없으므로부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 규정을 적용하여 이 건 의제매입세액 공제를 배제한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 규정에 의거 특별소비세가 과세되는 물품의 제조에 사용된 탈지분유 및 탈지유에 대한 의제 매입세액공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 축산물인 탈지분유와 탈지유를 원재료로 하여 특별소비세가 과세되는 발효유(요구르트, 써핑쿨)를 제조·판매한 사실, 청구법인은부가가치세법 제17조(납부세액) 제3항,동법시행령 제62조(의제매입세액계산) 제1항,동법시행규칙 제19조(의제매입세액계산) 제1항의 규정에 의하여 위 탈지분유와 탈지유에 대한 88년 제1기분 의제매입세액 125,258,244원을 매출세액에서 추가로 공제하여 동 금액 상당액을 환급 받을 세액으로 수정 신고한 사실, 이에 대하여 처분청은 특별소비세가 과세되는 물품의 제조에 사용된 탈지분유와 탈지유는 의제매입세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 이유로부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서규정에 의거 위 의제매입세액의 공제를 배제하여 이 건 처분에 이른 사실에 수정신고서등 이 건 관련기록에 의해 확인되고 있으며, 또한 축산물인 탈지분유와 탈지유를 청구법인이 구입한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

다음, 관련법령 규정을 보면,부가가치세법 제17조제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라동법 시행령 제62조제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인동법 시행규칙 제19조제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대,부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 문언을 볼 때, 그 단서의 취지는 별표3에 게기된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면,부가가치세법 제17조제3항이 “…대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 “…매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은…농산물…의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 하고 있는 바,부가가치세법 제17조제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산 방법만을 시행령에 위임하였고, 동 시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 공제율을 정하도록 하였음에도동법 시행규칙 제19조제1항 본문에서부가가치세법 시행령 제62조제1항의 규정을 위임받아 그 율을 105분의 5로 정하면서 그 단서에서 별표3에서 정한 제조업에 대하여는 이를 적용할 수 없도록 규정함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 규정이라 할 것이다. (대법원 전원합의부판결 86누734, 87.12.22, 국세심판소 합동회의 88중32, 88.4.4 동지)따라서 처분청에서 무효의 규정인부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서를 근거로 청구법인이 수정신고한 88년 제1기분 의제매입세액 125,258,244원을 환급거부한 처분은 위법 부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.