청구법인의 경정청구 사유가 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

이 건 심리일 현재 수사기관에 의해 해당 서류가 압수된 상황에 변동이 없으므로, 「국세기본법 시행령」제25조의2 제3항에서 정한 ‘해당사유가 소멸’한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.2.1.부터 2015.12.31.까지 OOO에서 건축자재 제조.무역업을 영위한 법인이다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016년 4월 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2013년 제1기∼2015년 제1기 부가가치세 과세기간동안 실물거래 없이 세금계산서 등을 수수하였다고 보아 부가가치세를 과세하도록 통보하였고, OOO서장은 이에 따라 2016.6.2. 청구법인에게 부가가치세 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원, 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원 합계 OOO원(이하 “당초 부가가치세 부과처분”이라 한다)을 경정.고지한 후, 2016.5.30. 청구법인과 대표이사 AAA을 「조세범처벌법」 위반 혐의 등으로 검찰에 고발하였다.

다. OOO법원OOO은 2021.9.30. 청구법인의 대표이사 AAA의 「조세범처벌법」 위반 혐의 등에 대한 재판에서 징역 4월, 집행유예 1년 및 일부 무죄를 선고(이하 “쟁점판결”이라 한다)하였고, 동 판결은 2021.10.8. 확정되었다.

라. 청구법인은 2022.1.4. 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나, 그 사유가 소멸되었으므로 「국세기본법」제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조 제3호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보아 기 경정.고지한 OOO원을 취소하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.2.14. 아래 OOO과 같이 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 경정청구는 「국세기본법 시행령」 제25조의2 제3호의 “최초의 신고.결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우”에 해당하므로, 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(1) 관세청 여수세관은 2014.6.9. OOO지원이 발부한 압수수색 영장OOO에 따라 「관세법」 위반 혐의 등으로 청구법인의 사무실에서 청구법인과 대표자 AAA에 대한 영장을 집행하면서 매입.매출장 등 각종 장부와 증거서류를 압수하였고, 동 서류는 광주지방검찰청 순천지청에 인계되어 2015년 하반기경 AAA에 대한 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」위반(재산국외도피) 사건의 수사 및 기소자료로 활용되었는바, 이와 관련된 재판은 2021.10.28. 대법원에서 종국되었다. 청구법인의 대표이사 AAA은 위 재판과 관련하여, 검찰 측이 고의로 법원에 제출치 않고 은닉한 핵심서류가 있음을 발견하고, 2021.6.30. 당해 판결에 대한 재심을 청구하였다. 또한, AAA은 2021년 9월경 검찰이 법원에 제출하지 않고 보관중인 각종 서류들에 대해 OOO지방검찰청 OOO지청을 상대로 사건기록 열람.등사신청을 하였으나, 동 기관은 2021.9.27. 사건기록의 목록조차 제시하지 아니하고 이를 불허한바 있다.

(2) 한편, 조사청은 2016.7.19. 위와 같이 청구법인의 장부와 증거서류 등이 수사기관에 압수된 상태에서 항변권이나 이의제기 기회를 부여하지 아니한 채 청구법인이 조세포탈 목적으로 도관업체인 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)을 이용하여 가공매출.매입, 가공수출.수입행위를 하였다고 보아 당초 부가가치세 부과처분을 하면서 청구법인과 대표이사 AAA을 「조세범처벌법」 위반 혐의로 각각 고발하였다. OOO지방검찰청 OOO지청은 이에 대하여 조세포탈 혐의에 대하여는 ‘혐의없음’을 이유로 불기소처분하고, 세금계산서 발행 및 수취 부분만을 「조세범처벌법」에 근거하여 2018.4.19. OOO지방법원 OOO지원에 기소하였는데, OOO고등법원은 쟁점판결에서 청구법인과 AAA 사이의 거래를 실지거래로 인정하는 내용 등을 토대로 사안 전반을 무죄취지로 판결하였다.

(3) 당초 부가가치세 부과처분시부터 쟁점판결이 있기까지 청구법인의 장부 및 각종 증거서류는 ‘재산국외도피’ 사건과 관련된 수사기관에 의해 압수된 상태였기에, 청구법인은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위의 사실관계 확인과 세액계산 등이 불가능한 상황이었다. 이후 쟁점판결에서 과세처분의 기초가 된 거래 또는 행위 관련 사실관계 등이 오류인 점이 발견되어 경정청구를 제기하였으므로, 이는 후발적 경정청구 사유인 「국세기본법」제24조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 “최초의 신고.결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당사유가 소멸한 경우”에 해당한다 할 것이다.

(4) 청구법인은 당초 부가가치세 부과처분시부터 쟁점판결시까지 수사기관에 의해 관련 장부 및 증서서류들이 압수되어 그 상태가 지속되었던 점을 충분히 피력하였음에도 처분청은 이에 대한 구체적 판단 없이 쟁점판결이 형사판결이라는 이유만으로 이 건 경정청구를 거부하였다. 형사판결에 채용된 사실인정이 민사소송이나 세무소송에 있어서 사실인정을 구속하는 것은 아니라고 하더라도, 대법원은 세무소송에 있어서 형사판결에서 인정된 사실의 증명력에 관하여 “이미 확정된 관련 있는 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 있지 아니하는 한 사실 인정의 유력한 자료가 되어서 이를 함부로 배척할 수 없다”고 판시한바 있는데(대법원 2012.8.17. 선고 2010두23378 판결 등 참조), 이 건도 처분 당시의 과세표준 및 세액 계산에 기초한 거래 또는 행위가 쟁점판결에서 사실과 다른 것으로 판명되었으므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점판결은 형사사건의 확정판결로서, 범죄사실의 존부 및 범위의 판단과 적정한 처벌을 전제로 하는 등 그 목적을 달리하고, 그 확정을 위한 절차도 별도로 정해져 있을 뿐만 아니라 형사사건의 확정판결만으로는 사법상의 거래행위가 바로 무효로 되거나 취소되지는 않으므로 이를 후발적 경정청구 사유인 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호의 판결에 해당한다고 보기 어렵다.

(2) 또한, 청구법인이 OOO지방검찰청 OOO지청에 사건기록열람을 신청하였다가 불허가통지서를 받은 점을 고려하면, 현재도 증거서류 등이 압수된 상태이므로 「국세기본법 시행령」 제25조의2 제3호에서 정한 ‘과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 사유가 소멸한 경우’에 해당한다고 볼 만한 사정변경도 없다. 따라서, 쟁점판결은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 청구법인은 당초 부가가치세 부과처분일(2016.6.2.)로부터 90일이 경과하여 이 건 심판청구를 제기하였으므로 이는 부적법한 청구이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 경정청구 사유가 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정된 것) 제45조의2(경정 등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 것) 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 청구법인에 대한 조세범칙조사 종결보고서(2016년 4월), 경정청구 검토보고서 등 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2010.2.1. 설립되어 OOO에서 건축자재 도소매업.무역업을 영위하다가 2015.12.31. 직권폐업한 것으로 나타난다. (나) 조사청은 청구법인이 홍콩 및 뉴질랜드에 페이퍼컴퍼니를 설립하고 통관서류를 조작하여 동일 제품에 대하여 수출과 수입을 반복하는 일명 ‘뺑뺑이무역’을 통해 가공수입세금계산서를 수취하고, 자금을 국외로 유출한 혐의가 있다고 보아 조사에 착수하였다. (다) 청구법인의 법인세 및 부가가치세 신고내역 및 조사청의 적출내역은 아래 OOO과 같다. (라) 조사청의 청구법인에 대한 조사내용은 다음과 같다.

1) 「관세법」위반 혐의 등에 대한 검찰고발서 등 여수세관과 검찰 수사자료, 한국무역보험공사 조사보고서, 수출통관자료, 가공수출 결재내역 등을 분석한 결과, 청구법인은 동일 제품을 뺑뺑이 무역을 통해 OOO원 상당의 가공수출(영세율 적용)을 한 것으로 조사되었다. 또한, 청구법인 등에 대한 금융거래 조회자료, 세금계산서 등 제출내역, 관련기업 AAA의 현 대표자 BBB에 대한 질문조사 등을 통해 분석한 결과, 청구법인은 OOO원을 가공매출한 것으로 확인되었다.

2) 여수세관과 검찰수사자료, 수입통관자료, 세금계산서 제출내역 등을 분석한 결과, 청구법인은 OOO원의 가공수입을 한 것으로 조사되었다. 청구법인의 수입처 중 OOO와 OOO는 청구법인이 설립한 페이퍼컴퍼니이고, OOO는 수출입회사가 아닌 구리스크랩 수출입을 단순중개만 하는 컨설팅업체로 조사되었다. 또한, 금융거래 조회자료, 세금계산서, BBB에 대한 질문조사 등을 통하여 확인한 결과, 청구법인은 OOO원의 가공매입을 한 것으로 조사되었다. (마) 청구법인은 수사기관에 의해 장부 등이 압수되어 거래 또는 행위의 취소, 무효 여부에 항변이나 이의제기 등 일체의 권리보장 기회가 부여되지 아니하였고, 쟁점판결에 따라 처분의 판단 및 인정사실이 사실과 다른 것으로 확정되었다고 보아 2022.1.4. 처분청에 당초 부가가치세 부과처분에 따른 체납세액을 취소하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인이 제출한 ‘열람등사 불허가 통지서’를 볼 때, 「국세기본법 시행령」제25조의2 제3호에서 정하는 ‘해당 사유가 소멸한 때’에 해당한다고 보기 어렵고, 쟁점판결은 형사판결로서, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다고 보아 2022.2.14. 이를 거부하였다.

(2) 청구법인이 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 관세청 여수세관이 2014.6.9. OOO지방법원 OOO지원이 발부한 압수수색영장OOO에 따라 회사 매입.매출장 등 각종 장부와 증거서류를 압수하였고, 동 압수자료는 AAA에 대한 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」위반(재산국외도피) 사건의 수사 및 기소 근거자료로 활용되었다고 주장하며, 여수세관의 압수조서(2014.6.9. 작성, 매입매출장, 수출실적 등 압수), AAA의 나의사건검색자료(AAA은 2017.5.31. 대법원에서 판결이 확정되고, 관련인들의 재판이 2021.10.28. 대법원에서 중국됨) 등을 제출하였다. (나) 청구법인은 위 (가)의 대표이사 AAA에 대한 「특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률」위반(재산국외도피) 사건에 관하여, 검찰 측이 고의로 은닉한 증거서류를 발견하여, 2021.6.30. 재심을 청구한 사실이 있고, 같은 해 9월경 미환부압수장부 및 증거서류 등에 대한 열람.등사를 신청하였다가, 2021.9.27. 불허된 사실이 있다고 주장하며, AAA의 나의사건검색자료(OOO법원 OOO 사건이 2021.6.30. 접수되어 2022년 4월 계류중임), AAA이 사건기록의 열람을 신청한데 대한 OOO지방검찰청 OOO지청의 ‘열람등사불허가 통지서’(2021.9.27., 불허

이유 :

기록의 공개로 인하여 비밀로 보존하여야 할 수사방법상의 기밀이 누설되는 등 범죄의 예방, 수사, 공소의 제기 및 유지, 재판에 관한 직무수행을 현저히 곤란하게 할 우려가 있거나 불필요한 새로운 분쟁이 야기될 우려가 있음) 등을 제출하였다. (다) 청구법인은 조사청이 서류상 회사인 AAA을 이용하여 청구법인이 가공매출.입, 가공수출.입 행위를 하였다고 보아 「조세범처벌법」위반 혐의로 OOO지방검찰청에 청구법인과 대표자 AAA을 고발하고, AAA을 제2차 납세의무자로 지정.통지하였다고 주장하며, 조사청의 고발서 사본, 납세고지서 등을 제출하였다. (라) 청구법인은 OOO지방검찰청이 조사청의 고발내용 중 ‘조세포탈 혐의’에 대하여는 불기소처분을, 세금계산서 발행 및 수취 부분만을 「조세범처벌법」위반으로 보아 2018.4.19. OOO지방법원 OOO지원에 기소하였다고 주장하며, OOO지방검찰청 OOO지청 공소장OOO을 제출하였다. (마) 청구법인은 위 (라)의 공소사실에 관하여 OOO고등법원OOO은 처분청이 제시한 기초사실과 배치되는 내용으로 쟁점판결이 있었다고 주장하며, 쟁점판결을 제출하였는바, 그 주요내용은 아래 OOO와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 경정청구는 「국세기본법 시행령」제25조의2 제3호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제3호는 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당사유가 소멸한 경우에 적용되는 것인바, 수사기관에 의해 2014.6.9. 압수된 청구법인의 장부 및 증거서류로 인해 당초 부가가치세 부과처분(2013년 제1기～2015년 제1기분)시 과세표준 및 세액을 계산할 수 없는 사정이 발생하였다고 단정하기 어렵고, 설령 그로 인해 과세표준 및 세액을 산정할 수 없었다 할지라도 이 건 심리일 현재 수사기관에 의해 해당 서류가 압수된 상황에 변동이 없으므로, 「국세기본법 시행령」제25조의2 제3항에서 정한 ‘해당사유가 소멸’한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점, 형사재판은 조세행정절차와는 별도의 절차로서 형사재판절차에서 무죄가 선고된다 할지라도 이는 엄격하게 요구되는 범죄사실에 대한 증명이 부족하여 그러한 결과가 나온 것에 불과한 경우도 있으므로 그것이 조세행정절차의 결과에 직접적으로 영향을 끼친다고 볼 수 없으므로 쟁점판결을 이 건의 과세표준 및 세액의 계산근거로 삼을 수는 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.