법원판결에 의하여 환원등기한 경우 당초 매매등기에 대하여 법인세(특별부가세)를 과세할 수 있는지 여부(기각)

말소등기의 경우 당초 청구외인과의 매매계약이 원인무효에 따른 것이라기 보다는 조세를 회피할 목적으로 환원등기한 경우로 인정되므로, 토지가 유상양도된 것으로 보아 법인세를 과세한 당초 처분은 타당함

1. 처분개요

청구법인은 사회복지사업법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 경기도 OOO시 OO동 OOOOO, 대지 2,146㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ’71.11.23 취득하여 18년 2개월간 소유하다가 ’90.1.17 매매를 원인으로 청구외 OOO에게 소유권이전등기하였다. 처분청은 쟁점토지가 ’90.1.17 청구법인으로 부터 청구외 OOO에게 유상양도된 것으로 보아 ’96.3.16 청구법인에 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도분 법인세(특별부가세) 98,920,040원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.4.30 이의신청, ’96.8.7 심사청구를 거쳐 ’96.10.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OOO에게 107,300,000원에 양도하기로 하여 ’90.1.15 계약을 체결하면서 계약금 10,000,000원을 받았고, 잔금은 쟁점토지를 담보로 OOO이 은행대출을 받아 지급하기로 약정하였는데 이를 이행하지 않고 동 대출관련서류를 이용하여 OOO이 동인 명의로 ’90.1.17 소유권이전등기를 한 관계로 당초계약을 해제하고, 청구법인이 ’96.4.29 OOO을 상대로 소유권이전등기의 말소청구의 소를 제기하여 ’96.6.19 원인무효판결을 받아 ’96.8.12 쟁점토지에 대한 소유권을 환원하였으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OOO에게 양도하고 잔금을 받지 않은 상태에서 소유권이전등기를 경료하였으나, 양수인이 잔금지급을 하지 아니하여 당초계약을 해제하고 법원으로부터 원인무효판결을 받았으므로 이 건 과세는 부당하다는 주장이나, 법원의 판결은 궐석재판에 의한 것이고, 이 건 심사청구시 청구법인이 계약금의 반환이나 계약해제사실을 확인할 아무런 증빙도 제시하지 아니하였으며, 또한 쟁점토지를 양수한 OOO이 다시 청구법인과 특수관계에 있는 학교법인 OO학원에 증여하여 소유권이 변동되었는데도 양도후 6년이 경과되어 이 건이 과세된 후에야 잔금을 받지 못하여 당초계약을 해제하였다는 주장은 신빙성을 인정하기 어려우므로 쟁점토지가 유상양도된 것으로 보아 법인세(특별부가세)를 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인 소유였던 쟁점토지를 청구외 OOO에게 매매를 원인으로 소유권이전등기하였다가 이 건 과세처분 이후에 법원판결에 의하여 환원등기한 경우 당초 매매등기에 대하여 법인세(특별부가세)를 과세할 수 있는지 여부.

나. 관련법령

법인세법 제59조의 2 제1항에서 「특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」고 규정하고 있으며, 같은조 제2항 본문에서 「제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분내용을 살펴보면, 청구법인이 ’71.11.23 쟁점토지를 취득하여 소유하던 중 ’90.1.17 청구외 OOO에게 매매를 원인으로 소유권이전등기하였고, 위 OOO은 다시 ’93.8.21 청구외 학교법인 OO학원에 증여를 원인으로 소유권이전등기를 하였는데 처분청은 ’90.1.17 쟁점토지가 청구법인으로부터 위 OOO에게 소유권이전등기된 데 대하여 이를 유상양도로 보아 ’96.3.16 이 건 법인세(특별부가세)를 과세한 것임이 쟁점토지의 등기부등본등 관계서류에 의해 확인된다.

(2) 쟁점토지에 대한 소유권이 청구법인에 다시 환원된 경위를 보면, 청구법인은 이 건 법인세(특별부가세)의 과세처분(’96.3.16) 이후인 96.4.29 위 OOO과 학교법인 OO학원을 상대로 위 ’90.1.17 및 ’93.8.21의 소유권이전등기에 대한 말소청구의 소를 제기하여 ’96.6.19 서울지방법원 북부지원으로 부터 피고(OOO, 학교법인 OO학원)의 궐석으로 인한 의제자백으로 승소판결을 받아 당초 소유권이전등기에 대한 말소등기를 ’96.8.12 경료함으로써 쟁점토지에 대한 소유권이 청구법인 명의로 환원된 것이다.

(3) 당심에서 청구법인에게 위 OOO과의 쟁점토지에 대한 당초의 매매계약이 원인무효임을 입증하는 실체적인 증빙자료(과세처분 이전에 작성된 계약해제 관련서류 등)를 요구한 바, 이 건 심리일 현재까지 구체적인 자료제시가 없다. 위와 같이 청구법인이 쟁점토지를 ’90.1.17 청구외 OOO에게 매매를 원인으로 소유권이전등기한 후 ’96.3.16 처분청에서 이 건 법인세(특별부가세)를 과세하자 ’96.4.29에 비로소 소유권이전등기 말소청구소송을 제기하여 이에 따라 당초의 소유권이전등기가 말소된 것으로서 동 말소등기의 경우 당초 OOO과의 매매계약이 원인무효에 따른 것이라기 보다는 조세를 회피할 목적으로 환원등기한 경우로 인정되므로, 쟁점토지가 유상양도된 것으로 보아 법인세(특별부가세)를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(국심 94전 4825, ’94.12.9 참조) 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.