쟁점토지의 양도차익에서 장기보유특별공제를 할 것인지여부(경정)

처분청의 당초 처분은 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 1세대1주택 부수토지의 양도로 인정하지 아니하고 1세대1주택 비과세를 배제한 것은 정당하나, 쟁점토지의 10년이상 보유에 대한 장기보유특별공제를 배제한 것은 부당함

1. 원처분 개요청구인은 서울특별시 성동구 OOOO동 OOOOO 대지 122㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 동 지상주택 83.83㎡를 77.5.30 청구외 OOO으로부터 취득하여 90.5.3 청구외 OOO에게 양도하였다.처분청은 청구인의 위 토지등 양도에 대하여 쟁점토지만이 양수인 OOO에게 소유권이전등기되고 동 지상주택은 청구인 명의로 등기가 그대로 남아있어 쟁점토지만이 양도된 것으로 보고 1세대1주택 비과세를 배제하고 기준시가에 의하여 과세표준 및 세액을 결정하고 92.1.16 양도소득세 11,469,840원 및 동 방위세 2,292,160원을 부과하였다.청구인은 이에 불복하여 92.3.14 심사청구를 거쳐 92.7.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인은 90.5.3 쟁점토지 양도시에 나대지를 양도한 것이 아니고, 동 지상주택 83.83㎡를 함께 양도하였으나 매수인 OOO가 동 주택을 멸실하고 새로운 주택을 신축하려고 하여 위 주택은 소유권이전등기를 하지 않고 쟁점토지만 소유권이전등기한 후 위 주택을 멸실하고 새로운 주택을 건축하여 그 명의로 등기하였을 뿐이며, 쟁점주택은 청구인이 77.6.14 취득후 90.5.8 양도할 때까지 12년11개월간 거주한 주택으로서 1세대1주택의 양도에 해당되므로 쟁점토지등의 양도소득에 대하여는 비과세하여야 하며, 또는 1세대1주택 비과세를 배제하고 양도소득세를 부과한다 하더라도 쟁점토지 양도차익에서 장기보유특별공제를 하여 양도소득을 계산하여야 할 것인데도 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 1세대1주택의 부수토지로서 양도소득세의 비과세를 배제하고 장기보유특별공제도 배제하고 과세한 당초 처분은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견청구인은 쟁점주택을 양도할당시 쟁점주택이외에도 서울특별시 중구 OO동 OOO 지상의 공부상 주택 및 점포 346.19㎡를 82.7.28 취득하여 현재 보유하고 있으므로 1세대2주택에 해당되며, 또한 양도일 현재 쟁점주택을 멸실후 나대지 상태에서 양도하여 장기보유특별공제의 대상도 되지 아니하므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 1세대1주택의 부수토지 양도로 보아 양도소득세등을 비과세할 것인지 여부 및 쟁점토지의 양도차익에서 장기보유특별공제를 할 것인지 여부에 있다고 하겠다.

나. 쟁점토지에 대하여 1세대1주택의 부수토지 양도로서 양도소득세를 비과세할 것인지 여부에 대하여 본다. 소득세법 제5조제6호 (자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제15조 제1항에서 “법 제5조 제6호 (자)목에서 ‘1세대1주택’이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다”라고 하였고, 동항 제2호에서 “당해 주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우”라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 전시 규정에서 당해 주택의 보유기간이 5년이상이라 함은 당해 거주자와 함께 구성하는 1세대가 국내에 1주택을 소유하고 3년이상 거주하지 아니하였더라도 5년이상 계속하여 보유한 주택을 양도한 경우로서 1세대2주택에 해당하는 기간을 제외한 보유기간이 5년이상인 경우로 해석함이 타당하다(국심 91서752, 92전104 동지).

쟁점토지 및 동 지상주택의 등기부등본과 건축물관리대장, 쟁점토지의 양도계약서 그리고 양수인 OOO의 확인서에 의하면 청구인은 쟁점토지 및 동 지상주택을 77.5.30 취득하여 90.5.3 양도함에 있어 쟁점토지에 관하여는 양수인 OOO에게 소유권이전등기를 하였으나 동 지상의 주택에 관하여는 90.3.4 양도계약시 매매목적물에 포함시키되 위 OOO가 위 주택을 멸실하고 건물을 신축하는 관계로 등기이전을 생략하고 멸실도 그가 책임지기로 계약한 뒤 위 주택을 멸실하고 동 지상에 3층건물의 상가주택 180.47㎡의 건축허가를 90.5.14 받아 90.10.18 준공한 사실이 확인되므로 청구인은 쟁점토지 및 동 지상의 주택을 12년11개월동안 소유하였다고 할 것이다. 한편 청구인은 서울특별시 중구 OO동 OOO 대지 86.3㎡와 그 지상건물을 82.7.28 OOO과 공동으로 취득하고 87.2.12 위 OOO의 지분을 취득하여 위 쟁점토지상 주택의 양도일 현재까지 이를 소유하고 있고, 위 건물은 지하1층, 지상3층 건평 346.19㎡의 주택 및 점포인 사실이 등기부등본에 의하여 확인되는 바,그렇다면 청구인은 쟁점토지상 주택의 양도당시 그 주택이외에도 위 OO동 주택을 소유하고 있어 1세대2주택을 소유하였으므로 쟁점토지 및 동 지상주택의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세규정을 적용할 수 없다고 할 것이다.

청구인은 위 OO동 점포주택 건물중 공부상 주택으로 되어 있는 부분은 실제로는 운동복등 제조공장으로 사용하고 있어 실지 용도상으로는 주택이 아니므로 1세대1주택 비과세여부의 판단에 있어서는 이를 주택으로 볼 수 없고, 따라서 청구인은 쟁점주택만을 소유하고 있어 쟁점토지 및 동 지상주택의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다고 주장하면서 청구외 OOO이 경영하는 OOO의 사업자등록증 및 그의 90년 1기분 부가가치세영수증, 청구인의 87년1기, 89년1·2기 및 90년2기분, 부가가치세영수증과 사진등을 제시하고 있고 이에 의하면 위 OOO은 위 OO동 토지상 건물에서 OOO의 상호로 운동복제조업을 영위하는 것으로 되어 있으나 이들 자료만으로는 위 OO동 건물의 주택부분이 실제로는 공부상 용도인 주택이 아닌 영업용 건물로 사용되었다고 인정할 수 없으므로 이에 관한 청구주장은 이유없어 받아들일 수 없다고 하겠다.

다. 쟁점토지의 양도차익에서 장기보유특별공제를 할 것인지 여부를 본다.소득세법 제23조제2항 제2호의 규정에 의하면 토지 또는 건물로서 대통령령이 정하는 토지를 제외하고는 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고,동법시행령 제46조의 3의 규정을 보면, 법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 바닥면적에 제15조 제9항의 규정의 배율(도시계획구역안의 토지 5배, 도시계획구역밖의 토지 10배)을 곱하여 산출한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다고 규정하고 있으며,동법시행규칙 제18조의 2제2항에 의하면동법시행령 제46조의 3에서 재무부령이 정하는 무허가건축물이라 함은건축법 제5조또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다고 규정하고 있다.위에서 인정한 바에 의하면, 청구인은 77.5.30 취득한 쟁점토지를 양수인 OOO에게 90.5.3 양도함에 있어 동 지상의 주택도 매매목적물에 포함시키되 위 OOO가 위 주택을 멸실하고 동 지상에 건축물을 신축하는 관계로 위 주택의 등기이전을 생략하고 위 주택멸실도 OOO가 책임지기로 계약한 후 위 주택을 멸실하고 동 지상에 OOO 명의로 3층건물의 상가주택을 신축한 것으로서 청구인은 점포주택 83.83㎡가 건축된 쟁점토지 122㎡를 10년이상 보유하다가 양도한 것이므로 이의 양도차액에 대하여는 장기보유특별공제를 하여야 할 것이어서 이 부분에 관한 청구주장은 이유있다고 하겠다.

라. 따라서 처분청의 당초 처분은 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 1세대1주택 부수토지의 양도로 인정하지 아니하고 1세대1주택 비과세를 배제한 것은 정당하나, 쟁점토지의 10년이상 보유에 대한 장기보유특별공제를 배제한 것은 부당하다고 할 것이므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.