쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 볼 수 있는지 여부

청구종중이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점토지가 직접 청구종중의 고유목적사업에 사용되었다거나 이를 위한 기능을 하였다고 볼 만한 사정이 없는 점, 쟁점토지는 국가에 수용되는 과정에서 모번지에서 분할·양도되었으나, 쟁점토지가 선산에서 제외되었다고 하더라도 청구종중의 고유목적사업에 특별한 제약이 있다고 보기 어려워 쟁점토지가 선산의 일부였다는 사실만으로 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지가 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 2014.10.4. 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로서 소유하고 있던 OOO 외 등 25필지 50,737㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 고속도로 민간투자사업과 관련하여 2014.10.29. 등에 국가에 양도(수용)하였고, 이후 청구종중과 OOO 간 소유권과 관련한 소송으로 인해 쟁점토지의 수용보상금인 OOO원을 공탁하였다가 대법원 판결에 따라 2021.12.1. 공탁된 보상금을 수령하였으며, 2022.3.31. 처분청에 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구종중은 2022.4.1. 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 쟁점토지의 양도차익이「법인세법」제4조제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 의해 과세소득에서 제외된다고 보아 기 납부한 법인세 전액을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.6.30. 이를 거부하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2022.7.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견가. 청구종중 주장

(1) 청구종중의 규약을 살펴보면 제2조(목적)에 본 종중은 선조의 얼과 높은 뜻을 받들어 선대의 분묘를 수호관리하고 종원 상호간 친목도모 및 상부상조와 종중재산의 관리운영·증식 및 종중 발전을 위하여 화합과 단결을 그 목적으로 한다고 되어 있고, 제6조(사업)에서는 위토관리 및 종중재산 보전에 관한 사업, 종원 상호간 친목도모와 상부상조를 위한 사업, 선조의 봉영 및 봉향 추모사업 등 총 5가지 사업의 종류를 규정하고 있으며, 제24조(회계연도)에서는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 회계연도로 명시하고 있다.

(2) 쟁점토지는 대부분 OOO에서 수용·양도 되면서 필지가 분할되었고, 서로 연접하여 있어 청구종중이 수백년간 청구종중의 선산으로 유지해 오던 사실상 임야에 해당된다. 쟁점토지 중 OOO에는 청구종중의 선조인 aaa(25대)과 bbb(aaa의 배위)의 분묘가 있고, 쟁점토지의 모번지인 OOO에는 청구종중의 선조인 5대조 ccc을 비롯하여 OOO등 총 10여기의 청구종중 선조의 분묘가 위치하고 있다.

(3) 청구종중의 총회·결산자료를 살펴보면, 수입은 금융이자로 구성되고, 지출은 시제시향비, 사당건립비, 총회비, 재산세/공과금 등으로 구성되어 청구종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용되고 있음이 확인된다.

(4) 처분청은 쟁점토지의 수용개시일(2014년∼2016년) 이후 도로공사가 개시되어 양도일(판결 확정일 : 2021.12.1.) 현재 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산이라고 판단하였으나,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제43조는 토지소유자 및 관계인과 그 밖에 토지소유자나 관계인에 포함되지 아니하는 자로서 수용하거나 사용할 토지나 그 토지에 있는 물건에 관한 권리를 가진 자는 수용 또는 사용의 개시일까지 그 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다고 규정하고 있다. 즉 수용개시일까지는 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되고 있었으나 수용개시일 이후에는 사업시행자에게 소유권이 이전되어 청구종중의 고유목적사업에 사용할 수 있는 법적인 근거가 없게 되었고, 이후 행정소송을 거쳐 2021.12.1. 공탁금을 최종 수령하게 되면서 쟁점토지의 양도에 따른 법인세 신고를 하게 되었는바, 단순히 2021.12.1. 직전 3년간 청구종중의 고유목적사업에 사용하지 않았다고 하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하고 부당하다.

나. 처분청 의견청구종중은 수용개시일까지는 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되고 있었으나, 수용개시일 이후에는 사업시행자에게 소유권이 이전되어 고유목적사업에 사용할 수 없다고 주장하나,

(1) 관련 예규에서는 “처분일 현재 3년 계속하여”라 함은 처분일 이전 3년 이상 중단없이 당해 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용하고, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려요소가 아니라고 명시하고 있다.

(2) 관련 심판례와 판례에서도 불가피하게 고유목적사업에 사용하지 못하게 된 것이라고 하더라도 그것이 법령상의 제한에 따른 것인 등 정당한 사유를 구성하는지 여부와는 무관하게 법인세 과세대상에 해당한다고 하고 있다.

(3) 아울러 2021년도를 쟁점토지의 양도시기로 하여 처분일 현재 3년간의 쟁점토지의 상태를 항공사진으로 보면 이미 도로가 개통되어 청구종중의 고유목적사업에 사용되었다고 할 수도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제4조(과세소득의 범위)

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.1.∼4.(생략)

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(2) 법인세법 시행령제3조(수익사업의 범위)

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

(3) 소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.7.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다.(가) 청구종중의 정관의 내용 중 일부는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구종중의 정관내용 일부OOO(나) 토지 등 수용사실 확인서 등에 따르면 쟁점토지는 OOO 고속도로 민간투자사업과 관련하여 모번지인 OOO에서 분할되어 아래 ＜표2＞와 같이 국가에 OOO원에 수용·양도된 것으로 나타난다.

＜표2＞

쟁점토지의 보상금액 및 공탁일 등 세부내역(단위 : ㎡, 원)OOO(다) 청구종중이 쟁점토지와 관련하여 수용보상금의 공탁 및 소송을 거쳐 공탁금을 수령한 내역을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

쟁점토지와 관련한 수용보상금 수령 요약OOO(라) 쟁점토지의 모번지에 분묘가 위치한 세부지점에 관한 자료는 제출되지 아니하였고, 청구종중은 쟁점토지를 포함한 모번지가 선산으로서 처분일 직전 3년 이상 고유목적에 사용되어 왔다며 정기총회 결산자료, 족보, 묘지내역서 등을 제출하였다.(마) 쟁점토지에 대한 항공사진은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞

쟁점토지의 항공사진OOO

※ 사진의 좌측과 상단이 쟁점토지이고, OOO 고속도로 개통일은 2016.11.11.임

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)「법인세법」제4조제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 고정자산의 처분으로 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제3조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 말한다고 규정하고 있다. 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 관계 법령의 취지로, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다.

(나) 청구종중은 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 그 처분수입은 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 대부분은 임야로 청구종중이 관리하고 있는 분묘 및 제실 등의 존재여부가 불분명하고, 분묘 등이 있다 하더라도 청구종중이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점토지가 직접 청구종중의 고유목적사업에 사용되었다거나 이를 위한 기능을 하였다고 볼 만한 사정이 없는 점, 쟁점토지는 국가에 수용되는 과정에서 모번지에서 분할·양도되었으나, 쟁점토지가 선산에서 제외되었다고 하더라도 청구종중의 고유목적사업에 특별한 제약이 있다고 보기 어려워 쟁점토지가 선산의 일부였다는 사실만으로 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지가 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.