소속직원 및 퇴직자에게 지급한 기술료보상금이 비과세 기타소득인「발명진흥법」상 직무발명 보상금으로 볼 수 있는지 여부

소속 직원에게 지급한 쟁점기술료는 그 명칭이 무엇이든 그 지급의 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 종업원에게는 근로소득으로, 퇴직자에게는 기타소득으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 감사원은 2011년 8월경 비영리연구기관인 청구외 OOO연구원이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시를 허여(許與)하는 대가로 기술료를 징수하고, 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 「발명진흥법」상의 직무발명보상금에 해당되지 않고, 근로소득에 해당한다는 이유로 국세청장에게 근로소득세 등을 징수하도록 통보하면서, 청구외 OOO연구원 이외의 다른 연구기관도 이와 유사한 사례가 있는지 확인하여 조치할 것을 통보하였다.

나. 처분청은 감사원의 확인 및 조치 통보에 따라 청구법인이 직원 및 퇴직자에게 2006년에 OOO원, 2007년에 OOO원, 2008년에 OOO원, 2009년에 OOO원, 2010년에 OOO원의 기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)를 지급한 것에 대하여, 2012.1.6. 재직자에 대하여는 근로소득세로 OOO원(2006년 OOO원, 2007년 OOO원, 2008년 OOO원, 2009년 OOO원, 2010년 OOO원)을, 퇴직자에 대하여는 기타소득세로 OOO원(2006년 OOO원, 2007년 OOO원, 2008년 OOO원, 2009년 OOO원)을, 청구법인에 대하여는 지급명세서 미제출에 따른 가산세로 법인세 OOO원(사업연도별 2006 OOO원, 2007 OOO원, 2008 OOO원, 2009 OOO원, 2010 OOO원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「발명진흥법」 제15조 에 의한 직무발명보상금이란 종업원 등이 직무발명을 사용자 등에게 승계시킨 것에 대한 보상차원에서 지급된 금원으로서, 그러한 직무발명보상금의 범위에는 직무발명의 특허 출원, 등록시 지급하는 일정액의 보상금(출원보상, 등록보상)뿐만 아니라 직무발명이 사용자 등에게 승계된 이후 이를 사용자가 직접 실시하거나 타인에게 양도 또는 실시권을 허여하여 얻은 수입액의 일정 비율이 포함되는 것으로 쟁점기술료 성과급은 「소득세법」 제12조 제5호 라목에 해당되어 비과세대상이므로 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

기술료 성과급의 경우 첫째, 비영리연구기관에서 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관 등에 귀속되고, 둘째, 그 실질이 비영리기관의 매출(수입)에 기여한 데 대한 인센티브 성격의 금원이며, 셋째, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것이므로 그 지급 여부는 연구개발 결과물의 특허 관련성과 무관하며, 넷째, 그 지급대상에 발명자는 물론 참여연구원, 심지어는 해당 연구에 참여하지 않은 지원인력도 포함하도록 규정되어 있는 점 등으로 볼 때 발명자인 종업원이 특허권 등을 사용자 등에게 승계하는 대신 지급받는 직무발명보상금과는 그 성격이 다르므로 과세처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

소속직원 및 퇴직자에게 지급한 기술료보상금이 비과세 기타소득인 「발명진흥법」상 직무발명보상금으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제12조 (2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것)【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금

1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금

2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금 제12조(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)【비과세소득】 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득중 다음 각 목의 1에 해당하는 소득 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금

(2) 소득세법 시행령 제18조 (2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)【비과세되는 기타소득의 범위】

② 법 제12조 제5호 라목에서 "대통령령이 정하는 것"이란 「발명진흥법」에 따른 직무발명을 말한다.

(3) 발명진흥법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "발명"이란 「특허법」·「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명 을 말한다. 제10조【직무발명】

① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다) 에 대하여 통상실시권(通常實施權) 을 가진다.

② 제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만, 「고등교육법」 제3조 에 따른 국·공립학교(이하 "국·공립학교"라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 "전담조직"이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국·공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權) 을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제15조【직무발명에 대한 보상】

① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리 를 가진다.

② 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 다음 각 호의 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.

1. 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황

2. 책정된 보상기준의 공표·게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황

3. 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황

③ 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 아니하거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려 하여야 한다.

④ 공무원의 직무발명에 대하여 제10조제2항에 따라 국가나 지방자치단체가 그 권리를 승계한 경우에는 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급에 필요한 사항은 대통령령이나 조례로 정한다.

(4) 특허법 第2條【定義】이 法에서 사용하는 用語의 定義는 다음과 같다.

1. "發明"이라 함은 自然法則을 이용한 技術的 思想의 創作으로서 高度한 것을 말한다.

2. "特許發明"이라 함은 特許를 받은 發明을 말한다.

3. "실시"라 함은 다음 各 目의 1에 해당하는 행위 를 말한다.

가. 물건의 發明인 경우에는 그 물건을 生産·사용·讓渡·貸與 또는 輸入하거나 그 물건의 讓渡 또는 貸與의 請約(讓渡 또는 貸與를 위한 展示를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위 나. 방법의 發明인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위 다. 물건을 生産하는 방법의 發明인 경우에는 나目의 행위외에 그 방법에 의하여 生産한 물건을 사용·讓渡·貸與 또는 輸入하거나 그 물건의 讓渡 또는 貸與의 請約을 하는 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조 제1항 및 별표에 따라 정부가 출연하고 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 과학기술분야 정부출연연구기관으로, 생명과학기술분야의 연구개발 및 이를 지원하는 연구 사업과 국내·외 연구기관, 학계, 산업계와의 협동 연구수행 및 그 성과를 보급하기 위한 사업을 영위하고 있고, 청구법인의 직원으로부터 승계한 특허권의 양도, 전용실권의 설정 및 통상실시권의 허여로 수입이 발생한 경우 지급받은 기술료의 50% 상당을 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 실시보상금으로 지급 하고 있다. (가) 감사원은 「과학기술기본법」 제11조의4 와 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제23조 등의 규정에 따라 청구외 OOO연구원에서 기술료를 재원으로 하여 연구개발과제에 참여한 연구원 등에게 인센티브로 지급한 기술료 성과급을 비과세 기타소득인 직무발명보상금으로 잘못 판단함에 따라 부족 징수된 소득세 OOO원을 징수하도록 국세청장에게 통보하면서, 청구외 OOO연구원 이외에 다른 연구기관도 이와 유사한 사례가 있는지 확인하고 부족 징수된 소득세의 추가 징수방안을 마련할 것을 권고하였고, 감사원의 통보자료에 의하면, OOO연구원, OOO연구원, OOO연구소는 기술료 성과급을 모두 과세되는 근로소득으로 분류하여 신고한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 연도별 기술료 지급내역은 아래의 〈표〉와 같고, 처분청은 재직자에 대하여는 근로소득세로, 퇴직자에 대하여는 기타소득세로 과세하였다. OOO

(3) 청구법인은 쟁점기술료가 직무발명의 승계를 원인으로 하여 그에 대한 보상차원에서 지급된 금원으로, 「발명진흥법」 제15조 의 직무발명보상금에 해당되고, 근로의 대가나 근로조건의 내용을 이루는 것이 아니므로, 근로소득에 해당되지 아니하는 기타소득으로 비과세 대상이라는 주장으로, 청구법인의 직무발명 규정, 연구성과 인센티브 지급규정 등을 제시하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점기술료 성과급이 「소득세법」 제12조 제5호 라목에 해당되는 비과세대상 기타소득이므로 처분청의 과세처분이 부당하다는 주장이나, 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것이고, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것으로 그 지급대상이 연구개발 결과물의 특허 등과 직접적인 관련성이 없이 지급되고 있는 점, 「연구성과 인센티브 지급규정」 제7조(개인별 지급방법)의 지급대상 범위에 발명자는 물론 참여연구원, 심지어 해당 연구에 직접 참여하지 않은 지원인력도 지급대상으로 규정하고 있는 점, 매년 계속적·반복적으로 지급하고 있어 일시적·우발적 성격의 기타소득이라기 보다는 근로소득으로 보이는 점, 청구법인과 유사한 비영리연구기관인 OOO연구원, OOO연구원, OOO연구소 등은 기술료성과급을 과세되는 근로소득으로 분류하여 신고하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한 금원은 그 명칭이 무엇이든 그 지급의 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 종업원에게는 근로소득으로, 퇴직자에게는 기타소득으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기 본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.