이 건 심판청구가 적법한지 여부

가산세는 본세와 별도로 납세의무가 성립하는 별개의 세목으로서 본세와는 독립한 불복대상이 되며 수 개의 과세처분에 대한 전심 절차는 원칙적으로 당해 과세처분마다 따로 거쳐야 하는 것인데(대법원 2013.6.28. 선고 2013두932 판결, 참조), 청구인이 경정청구 거부(부작위) 처분에 불복하여 제기한 이 건 심판청구에 심판청구일 이후에 이루어진 별개의 가산세 부과처분에 대한 심판청구가 포함되어 있다거나 이를 심리 대상에 포함하여 판단하기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 처분청의 직권경정으로 인하여 심리일 현재 불복의 대상이 존재하지 아니하므로 부적법한 것으로 판단된다.

1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 살펴본다.

가. 이 건 심판청구와 관련한 처분 경과는 다음과 같다.

(1) 청구인은 2004.10.11. 개업하여 “AAA”라는 상호로 화장품 제조·도소매업 등을 운영하는 개인사업자로, 2020년 11월경부터 BBB 주식회사(당시 상호 : 주식회사 CCC, 이하 “이 사건 거래처”라 한다)로부터 동물용 샴푸 등 제품의 생산을 위탁받아 관련 제품을 생산 및 납품하여 오면서, 이 사건 거래처에 2021.11.12. 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매, 2021.11.30. 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매, 2021.12.31. 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매 합계 OOO원의 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였다.

(2) 청구인은 이후 2023.2.2. 쟁점세금계산서의 공급가액 중 OOO원이 선발급(과다발급)되었다는 사유로 과세표준을 감액하고 일부 매입처의 매입금액(공급가액 OOO원)을 감액하여 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였다.

(3) 처분청은 이 건 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 통지하지 아니하였고, 청구인이 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 쟁점세금계산서를 발행하였다고 보아 2023.8.17. 청구인의 2021.1.1.부터 2022.12.31.까지의 과세기간에 대한 개인통합조사(조사기간 : 2023.8.17.～2023.9.25.)에 착수하였다.

(4) 청구인은 ‘경정청구 시 제출한 입증자료 등으로 경정청구를 한 자의 세금계산서 과다발행 사실이 확인되므로 탈루혐의가 있다고 보아 청구인을 개인통합조사 대상자로 선정한 것은 위법·부당하다’는 사유로 2023.9.4. 대전지방국세청에, 2023.10.5. 국세청에 납세자권리보호 심의 요청을 하였고, 국세청 납세자보호위원회는 2023.10.27. ‘세무조사는 「국세기본법」이 규정하고 있는 바에 따라 조사목적 달성에 필요한 최소한 범위에서 실시하여야 하며, 요청인의 경정청구 적정 여부 및 범칙 대상 여부는 쟁점세금계산서 거래 등 해당 항목에 대한 부분조사만으로 그 목적(경정, 범칙처분 등)을 충분히 달성할 수 있을 것으로 판단되므로, 경정청구 항목뿐만 아니라 사업과 관련한 세목을 통합하여 실시하는 이 건 세무조사(개인통합조사)는 위법·부당하다고 봄이 상당함’이라는 시정결정을 하였다.

(5) 처분청은 이에 따라 2023.10.31. 청구인에게 진행 중인 통합조사를 중단하였음을 통지하였고, 청구인은 처분청에서 청구인의 경정청구에 대하여 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정(경정) 또는 거부통지하지 아니함에 따라 2023.11.9. 심판청구를 제기하였다.

(6) 이후 처분청은 2023.11.23. 세무조사 범위를 ‘경정청구시 감소된 매출거래와 매입거래’로 하여 다시 청구인에 대한 부분 세무조사(조사기간 : 2023.11.23.～2023.12.22.)에 착수하였으며, 2024.1.4. 세무조사 결과에 따라 쟁점세금계산서 관련 매출액을 과세표준 또는 매출액에서 차감하고 기타 적출사항을 반영하여 아래 ＜표＞와 같이 감액경정 후 2024.1.19. 환급통지[2021년 제2기 부가가치세의 경우 세금계산서 불성실 가산세(3%)를 적용]를 하였다. ＜표＞ 2021년 제2기 부가가치세 경정결정 주요내용

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ㅇ 나. 「국세기본법」제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고, 같은 법 제80조의2에 의해 준용되는 제65조 제1항 제1호 마목 및 같은 법 시행령 제52조의2는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우, 심판청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우 등에 그 청구를 각하한다는 결정을 한다고 규정하고 있다.

다. 이상의 사실관계 및 관련법령 등에 비추어 살피건대, 청구인은 당초 청구인이 2023.2.2. 제기한 경정청구에 대하여 처분청이 2개월 이내에 경정 또는 거부의 회신을 하지 아니함에 따라 「국세기본법」제45조의2 제3항에 따라 이 건 심판청구를 제기하였으나, 처분청은 이후 세무조사를 거쳐 2024.1.4. 경정의 취지가 포함된 세무조사 결과통지를 하였고, 2024.1.19. 청구인이 당초 제기한 경정청구 세액(2021년 제2기 부가가치세 OOO원)보다 큰 금액(2021년 제2기 부가가치세 OOO원)을 환급받을 세액으로 하여 감액경정 및 환급통지를 하였는바, 청구인이 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점, 가산세는 본세와 별도로 납세의무가 성립하는 별개의 세목으로서 본세와는 독립한 불복대상이 되며 수 개의 과세처분에 대한 전심절차는 원칙적으로 당해 과세처분마다 따로 거쳐야 하는 것인데(대법원 2013.6.28. 선고 2013두932 판결, 참조), 청구인이 경정청구 거부(부작위) 처분에 불복하여 제기한 이 건 심판청구에 심판청구일 이후에 이루어진 별개의 가산세 부과처분에 대한 심판청구가 포함되어 있다거나 이를 심리 대상에 포함하여 판단하기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 처분청의 직권경정으로 인하여 심리일 현재 불복의 대상이 존재하지 아니하거나 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우에 해당하므로 부적법한 것으로 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.