토지를 교환으로 소유권이전한데 대하여 법인세 특별부가세를 부과한 처분이 정당한지 여부(기각)

처분청이 토지의 양도에 대하여 특별부가세를 부과한 처분은 적법함.

1. 원처분 개요청구법인은 경기도 오산시 OO동 OOO 공장용지 1,368㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 74.12.31 취득하여 공장용지로 사용하다가 89.6.1 (주)OOOO 소유의 같은리 OOOOO 공장용지 1,368㎡(이하 “교환토지”라 한다)와 교환하여 동 법인에게 소유권 이전한 후[쟁점토지가 속한 토지는 본래 2,714㎡이었으나 89.1.20 교환을 위하여 분할하여 쟁점토지 이외의 나머지 1,346㎡는 같은 리 OOOOOOO가 부여되었고, 쟁점토지를 교환으로 취득한 청구외 (주)OOOO는 쟁점토지를 89.6.21 같은 리 OOOOO에 합병하였다], 쟁점토지를 장부가액인 14,527,747원에 취득하고 같은 가액에 양도하여 양도차익이 없는 것으로 하여 아래와 같이 88.7.1～89.6.30 사업년도분 법인세신고를 하였다.

구???? 분

과 세 표 준

산 출 세 액

법?? 인?? 세

0

0

(특별부가세)

( 0 )

( 0 )

방?? 위?? 세

429,572,280

161,089,605

처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 88.12.5 청구외 (주)OOOO가 한 쟁점토지의 감정가액 123,120,000원으로 보고, 양도차익 112,387,232원에 대하여 94.9.27 청구법인에게 88.7.1～89.6.30 사업년도분 법인세(특별부가세) 및 방위세를 아래와 같이 결정고지 하였다.

구???? 분

과 세 표 준

고 지 세 액

법?? 인?? 세

112,387,232

53,959,910

(특별부가세)

(112,387,232)

(53,959,910)

방?? 위?? 세

463,288,449

15,172,270

청구법인은 이에 불복하여 94.10.24 심사청구를 거쳐 95.1.17 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 청구법인은 87.7.22 수원지방법원의 결정에 의하여 화사정리절차가 개시되고 83.3.11 회사정리계획의 인가결정으로 이 건 과세대상 사업년도중에 정리회사였으며, 회사정리절차 개시결정시 수원지방법원이 매년 7월31까지 재무제표를 첨부하여 관리보고를 하도록 결정하였고 이 건 과세대상 사업년도분의 경우도 89.7.31 재무제표를 첨부하여 관리보고를 하였으며회사정리법 제249조에 의하여 결산확정을 위한 주주총회를 별도로 개최하지 아니하였기 때문에 청구법인이 관리보고를 한 89.7.31을 결산확정일로 보아야 하므로 청구법인의 법인세 신고기한은 89.8.30(실지신고일 89.8.29)이고 동 사업년도에 대한 국세의 부과제척기간은 94.8.30로 만료되었음에도 94.9.27 처분청이 이 건 부과처분을 한 것은 부과제척기간 만료후에 한 처분으로 위법하며,

(2) 부과제척기간이 경과하지 아니한 것으로 본다 하더라도 청구법인이 쟁점토지를 교환으로 소유권이전한 것은 토지의 효율성을 제고하기 위하여 인접한 동일면적의 토지와 교환하였으므로 이를 유상양도로 볼 수 없어 특별부가세 과세대상이 아니고 동 소득을 익금산입할 수 없는 것이며, 처분청은 특별부가세 감면신청서를 제출하지 아니하였다 하여 감면배제하여야 한다고 주장하고 있으나 88.7.1～89.6.30 사업년도중 특별부가세 과세표준이 없어서 산출세액 및 감면세액이 0이므로 감면신청서를 제출하지 아니하였을 뿐 감면을 받을 의사가 없었던 것은 아니므로 청구법인이 특별부가세 과세표준의 신고를 한 이상 감면을 인정하여야 한다.

나. 국세청장 의견쟁점토지를 청구외 (주)OOOO 소유의 같은 리 OOOOO 토지와 교환으로 양도한 것은법인세법 제59조의2에 규정한 양도에 해당하며, 국세청의 일반적인 과세기준에 의하면 토지 등을 교환하는 경우 취득 및 양도가액은 교환으로 인하여 자기가 취득 또는 양도하는 토지의 교환당시의 정상가액을 거래가액으로 보고 있으므로 88.12.5 공신력있는 감정기관인 한국감정원의 감정가액 123,120,000원을 양도가액으로 본데는 잘못이 없으며법인세법 제59조의3제3항에서 신청을 하는 경우에 한하여 감면하도록 규정하고 있으나 청구법인은 88.7.1～89.6.30 사업년도분 법인세 신고를 하면서 동 감면신청서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 감면을 인정하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 처분청의 이 건 부과처분이 부과제척기간이 지난 후에 한 처분인지 여부(쟁점1)와 부과제척기간이 경과하지 아니한 경우 쟁점부동산의 소유권이전에 대하여 양도로 보고 감면신청서의 제출이 없다하여 과세한 처분이 정당한지 여부(쟁점2)에 다툼이 있다.

가. 쟁점

1에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제26조의2제1항(90.12.31 개정이전의 것)에서 법인세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간의 기간이 만료된 후에는 부과할 수 없다고 규정하고, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항(90.12.31 개정이전의 것)에서 “국세를 부과할 수 있는 날”이라 함은 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음날을 말하는 것으로 규정하고 있다. 한편,법인세법 제26조제1항에서 「납세의무있는 내국법인은 각사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일)이내에 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.」고 규정하고, 제3항에서 「내국법인이 각 사업년도의 종료일로부터 60일이내에 당해 사업년도의 결산을 확정하지 아니한 경우는 그 60일이 되는 날을 결산확정일로 보고 제1항의 규정을 적용한다.」고 규정하고 있다. 청구법인의 88.7.1～89.6.30 사업년도분 결산확정일에 대하여 본다. 청구법인은 제지업을 사업목적으로 74.7.2 설립되었으나 82.2.22 회사정리개시결정(수원지방법원 82파58)과 83.3.11 회사정리계획안 인가결정으로 이 건 과세대상 사업년도중 정리회사였으며, 수원지방법원은 청구법인에 대한 화사정리절차개시결정에서 「관리인은 매3개월마다 정리회사의 업무 및 재산의 관리상태 기타 부속사항에 관한 관리보고서(재산목록, 손익계산서 및 대차대조표의 등본 첨부)를 작성하여 다음날 말일이내에 법원에 제출할 것」을 명하였고 청구법인은 89년 제2기분 관리보고시 88.7.1～89.6.30 사업년도분 재무제표를 관리보고서에 첨부하여 89.7.31 보고하였음이 관련증빙에 의하여 확인된다.

청구법인은 동 관리보고서의 제출이 결산확정에 해당된다고 주장하고 있으나, 전시한법인세법 제26조의 결산을 확정한 날이라함은상법 제447조에 규정하는 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서 및 그 부속명세서를 정기주주총회 또는 사원총회에 제출하여 승인받은 날을 말하며 결산확정일이 불분명한 경우에는 사업년도종료일로부터 60일이 되는 날을 결산확정일로 보아야 할 것인 바(법인세법 기본통칙 4-1-1…26 같은 뜻), 청구법인은 주주총회에서 이 건 과세대상 사업년도분 재무제표 등을 승인한 바 없고, 청구법인이 법원에 제출한 관리보고의 경우 동 보고는 매 분기마다 하도록 되어 있는 반면 청구법인의 사업년도는 1년이고 동 보고에 대하여 법원에서 승인하는 절차가 있는 것도 아닌 점을 보면 청구법인이 재무제표 등을 법원에 제출한 것이 결산확정에 해당되는 것으로 볼 수는 없다 할 것이고 달리 결산확정한 사실이 확인되지 아니하므로 청구법인의 결산확정일은 불분명한 경우에 해당된다 할 것이다. 그렇다면 이 건 결산확정일은 사업년도종료일(89..6.30)로부터 60일이 되는 날인 89.8.29로 보아야 하고 법인세 신고기한은 결산확정일로부터 30일(청구법인은 외부조정계산서 첨부법인임)이 되는 날인 89.9.28이어서 부과제척기간은 신고기한으로부터 5년이 되는 날인 94.9.28 만료되므로 94.9.27 과세한 이 건 부과처분은 부과제척기간 이내에 한 처분이라 할 것이기 때문에 부과제척기간이 만료되고 난 이후에 한 처분이라는 청구주장은 이유없다고 판단된다.

나. 다음으로 쟁점토지를 교환으로 소유권이전한데 대하여 법인세 특별부가세를 부과한 처분이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 법인세법 제59조의2제1항(90.12.31 개정이전의 것)에서 「특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.」고 규정하고 제2항에서 「제1항에서 “양도”라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다.」고 규정하고 있다. 같은 법 제59조의3 제2항(89.12.30 개정이전의 것)에서는 「다음 각 호의 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다. 다만,…」고 하고 제2호에서 「양도일까지 2년이상 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」을 열거하고 있으며, 제3항(89.12.30 개정이전의 것)에서는 「제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.」고 규정하고, 같은 법 시행령 제124조의6 제4항(89.12.30 개정이전의 것)에서 「법 제59조의3 제2항 제2호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세면제신청서를 제출하여야 하며,…」고 규정하고 있다.

청구법인은 쟁점토지를 2년이상 업무에 직접사용하였고 다른 고정자산 취득을 위하여 양도하였으나 88.7.1～89.6.30 사업년도분 법인세 과세표준신고서와 함께 2년이상 업무에 직접 사용한 토지의 양도에 따른 특별부가세면제신청서를 제출하지 아니하였으며 이 사실에는 다툼이 없다. 살피건대, 전시한법인세법 제59조의2제2항에서 교환의 경우도 양도에 해당된다고 규정하고 있으므로 교환에 의하여 쟁점토지의 소유권을 이전한 것도 양도에 해당됨이 명백하고 당해 교환이 토지의 효율성을 높이기 위한 것이라 하더라도 달리 볼 수는 없는 것이며, 전시한법인세법 제59조의3제3항 및 같은 법 시행령 제124조의6 제4항에서 규정하는 바와 같이 면제신청서에 의하여 신청하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제할 수 있는 것이나 청구법인의 경우 동 면제신청서를 제출한 바 없으므로 특별부가세를 면제할 수 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 반면 이와다른 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.