쟁점토지가 소득세법 제23조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제대상에 해당되는지의 여부(기각)

쟁점토지는 소득세법시행규칙 제18조의3 제1항 제6호의 규정에 의한 장기보유특별공제대상의 사업용 토지에 해당되지 아니하는 바, 청구인의 주장을 받아들일 수 없음

1. 사실청구인은 부산시 동래구 OO동 OOOOOOO에 주소를 둔 자로서 75.11.28 부산시 동구 OO동 OOOOOO 소재 대지473.4평방미터(이하“쟁점토지”라 한다)를 취득하여 89.3.10 청구외 OOO에게 양도하고 89.3.15 자산양도차익예정신고 및 양도소득세 자진납부함에 있어서 청구인은 쟁점토지상에 가설건축물 축조, 양도시까지 간이음식점등으로 사용한 것을 이유로, 쟁점토지가소득세법 시행규칙 제18조의3제1항 제6호의 규정에 의한 장기보유 특별공제대상의 사업용 토지에 해당된다고 보아 장기보유특별공제액을 공제하고 양도소득세를 산정, 납부한 데 대하여,처분청은 쟁점 토지상의 가설건축물의 존치기간은 86.9.1부터 87.8.31까지의 기간으로서 양도당시 동 건축물이 없었음을 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 90.11.19 이 건 양도소득세 56,674,530원과 동방위세 10,823,200원을 결정고지하자,청구인은 이에 불복하여 91.1.18 심사청구를 거쳐 91.5.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장소득세법 시행규칙 제18조의3제1항 제6호 및 제2항의 규정에 의하면 행정기관의 허가, 인가, 면허, 승인, 지정, 결정등을 받았거나 행정기관에 등록, 신고등을 하고 사업을 영위하는 자가 당해 사업에 2년이상의 기간동안 계속하여 사용하는 사업용토지로서 양도일이 속하는 해의 직전과세년도의 1년간의 수입금액이 양도일이 속하는 해의 직전년도 말의 기준시가에 의하여 산정한 토지가액의 100분의 7이상인 토지의 경우 양도소득금액 산정에 있어서 장기보유특별공제액을 공제하도록 되어있는 바,이 건의 경우 위 규정에 의한 사업자가 2년이상의 기간동안 계속하여 쟁점토지상의 가건물을 임차하여 당해 사업을 영위하고 있었고 양도일(89.3.10)이 속하는 해의 직전과세년도(88년도)의 동 사업자 수입금액이 직전과세년도 말의 기준시가에 의하여 산정한 쟁점토지가액의 100분의 7을 상회하고 있어 위 규정에 의한 장기보유특별공제대상에 해당되므로 이 건 양도소득금액 결정시 장기보유특별공제액을 공제함이 타당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견소득세법시행령 제46조의3에 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지로 건축물(재무부령이 정하는 무허가 건물은 제외함)이 없는 토지등을 규정하고 있고,동법 시행규칙 제18조의2제2항에서 영 제46조의 3 본문에서 “재무부령이 정하는 무허가 건축물”이라 함은건축법 제5조또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다고 규정하고 있는 바,청구인의 경우 쟁점토지상에 가설건축물을 축조하여 이를 임대하고 임차자가 양도시까지 영업을 하였다고 하나 이를 입증할 만한 거증제시가 전혀없고, 부산시 동구청장 발행의 「가설건물축조 신고증」에 의하면 동가설건축물의 존치기간은 86.9.1부터 87.8.31까지로 되어 있으며, 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물의 경우 전시 법규정에 의거 장기보유특별공제대상에서 제외하는 것이어서 처분청이 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분에 잘못을 발견할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건의 다툼은 쟁점토지가소득세법 제23조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제대상에 해당되는지 여부를 가리는데 있다

5. 심리 및 판단

과세경위 및 청구인의 주장을 살펴보면, 청구인은 75.11.28 쟁점토지를 취득하여 89.3.10 양도하고 89.3.25 자산양도차익예정신고 및 양도소득세 자진납부함에 있어서 쟁점토지가소득세법 시행규칙 제18조의3제1항 제6호의 규정에 의한 사업용 토지로서 장기보유특별공제대상에 해당되는 것으로 보아 장기보유특별공제액 공제하고 양도소득세 산정한데 대하여 처분청은 부산시 동구청장 발행의 “가설건축물축조신고증”상의 쟁점토지의 존치기간이 86.9.1부터 87.8.31까지의 기간으로 되어있는 것등을 이유로 이 건 양도소득세 결정시 장기보유특별공제를 배제한 것을 알 수 있다. 먼저 관련법규를 살펴보면, 소득세볍 제23조 제2항 제2호에서 동법 동조 제1항 제1호에 규정한 자산으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 양도차익에서 “가”목 및 “나”목에서 정한 바 방법에 의하여 산정한 장기보유특별공제액을 공제하도록 하되 대통령령으로 정하는 토지는 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 하고 있으며동법시행령 제46조의3의 규정에는 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지로 나대지 즉, 지적법상 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 건축물을 제외한다)이 없는 토지등을 정하고 있고,동법 시행규칙 제18조의3제1항 제6호 및 제2항에는 행정기관의 허가, 인가, 면허, 승인등을 받았거나 행정기관에 등록, 신고하고 사업을 영위하는 자가 양도일전 2년이상 계속하여 당해 사업에 사용하는 토지로서 양도일이 속하는 해의 직전과세년도 수입금액이 양도일이 속하는 해의 직전과세년도 말의 토지의 기준시가에 의하여 산정한 토지가액의 100분의 7이상인 토지는 나대지에서 제외하도록 규정하고 있다.

위 규정에 의하면 그 보유기간이 5년이상인 나대지 (소득세법시행규칙 제18조의2제2항의 규정에 의한 무허가 건축물이 있는 대지포함)로서 행정기관에 허가, 인가, 면허등을 받았거나 등록, 신고등을 하고 사업하는 자가 2년이상 계속하여 당해 사업에 사용하는 토지이고 동 사업자의 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 7이상인 경우 장기보유특별공제대상에 해당됨을 알 수 있다. 다음 사실관계를 살펴보면, 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점토지를 75.11.28 취득하여 89.3.10에 청구외 OOO에게 양도하였는 바, 10년이상 보유한 것이 확인된다. 한편, 관할세무서에 사업자등록필하고 사업영위한 사업자인3인 OOO(상호:OOOOO 식당, 사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO), OOO(상호: OOO, 사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO), OOO외 1인(종목: 임대업, 사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO)의 부가가치세 대장 사본과 사업자 등록하지 아니하고 사업영위한 사업자 3인 OOO, OOO, OOO의 88.1기 및 88.2기 부가가치세 확정신고서사본을 제시하고 있어 조사한 바, 사업자 등록하고 사업영위하는 OOO등 3인의 88년도 수입금액은 20,117,400원이며 반면에 88년말 기준시가에 의하여 산정한 쟁점토지가액의 100분의 7은 25,316,769원으로서 쟁점토지 사용에 따른 수입금액이 쟁점토지가액의 100분의 7에 미치지 못하고 있다.

따라서, 쟁점토지는소득세법시행규칙 제18조의3제1항 제6호의 규정에 의한 장기보유특별공제대상의 사업용 토지에 해당되지 아니하는 바, 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

6. 결 론이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.