청구법인(○○공사 공익사업단)이 세법상 법인으로 보는 “법인격 없는 단체”로서 청구외법인(○○공사)과 독립된 비영리법인에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

비영리내국법인인 청구법인이 이자소득금액을 익금산입하고 다시 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 기납부한 법인세을 환급요구한 것은 타당함.

1. 처분 개요

청구법인(OOOOOO공사 공익사업단)은담배사업법 제25조의 2및담배사업법 시행규칙 제19조의 2의 규정에 의하여 ’94.3월 설치되어 공익사업을 수행하는 법인격 없는 단체로서 ’94.5월 비영리법인으로 사업자등록을 하고, ’95.1.1～’95.12.31 사업년도의 법인세과세표준 및 세액신고시 자금운용수익인 이자소득금액 4,814,360,786원을 익금산입하고 이를 다시법인세법 제12조의 2의 규정에 의거 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 기납부한 법인세 962,863,790원(이자소득 원천징수세액)을 환급 요구하였다.처분청은 청구법인의 경우 법인격이 없고 OOOOOO공사(이하 “청구외법인”이라 한다)내에 별도의 회계를 설치하여 운영되고 있으며, 그 직원구성도 청구외법인의 소속직원으로 되어 있는 점으로 볼 때, 청구외법인과 독립된 법인이 아니고 청구외법인내의 일개부서의 형태로 보아 ’96.4.22 청구법인의 법인세 환급신청을 거부하였다.청구법인은 이에 불복하여 ’96.6.17 심사청구를 거쳐 ’96.9.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구법인은 담배사업법령의 규정에 따라 주무부서인 재무부(현 재정경제원)의 지시로 설치한 법인격을 부여받지 아니한 단체로서 그 운영형태가 일반비영리법인과 동일하며, ’94.3.17 관할세무서로부터 비영리법인으로 사업자등록증을 교부받아 공익사업을 운영하여 왔는 바, 청구법인의 경우국세기본법 제13조제1항 제2호(공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것)에서 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로 청구법인이 환급신청한 법인세 962,863,790원을 환급하여야 한다.

나. 국세청장 의견청구법인의 운영형태 및 청구외법인과의 독립성 여부 등을 보면, 청구법인의 설치에 관한 규정인 담배사업자의 공익사업운영지침(재무부 시행) 제7조 제2항에서 공익사업을 직접 시행할 경우 공익법인을 설립토록 되어 있으나 현재까지 법인설립이 되어 있지 아니하고, 청구법인의 인적구성을 보아도 청구법인 소속의 자체직원은 없고, 모두 청구외법인으로부터 파견된 직원으로 구성되어 있으며 청구법인의 ’95.1.1～’95.12.31 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고시에도 신고인이 OOOOOO공사 공익사업자금 출납담당으로 되어 있는 점으로 보면, 청구외법인이 청구법인의 모든 업무를 지배하고 있다고 보아야 하므로 처분청이 청구법인을 청구법인과 독립된 법인이 아니라는 이유로 이 건 법인세 환급을 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인(OOOOOO공사 공익사업단)이 세법상 법인으로 보는 “법인격 없는 단체”로서 청구외법인(OOOOOO공사)과 독립된 비영리법인에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) 제1항에서 「법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것」이라고 규정하고 있다.한편,법인세법 제1조(납세의무) 제1항에서 「국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서민법 제32조또는사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.」고 규정하면서 그 제3호에서 「소득세법 제17조제1항 각호에 규정하는 이자·할인액 및 이익」이라고 규정하고 있고,같은법 제12조의 2(고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에서 「비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적 사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위 안에서 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다」고 규정하면서 그 제1호에서 「소득세법 제17조제1항 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 이자소득금액」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 설립경위 및 근거 등을 보면, 담배사업자가 담배와 관련있는 보건의료, 환경보호사업 등의 공익사업에 참여함으로써 담배사업의 사회공익기능을 제고할 필요성이 대두되어 ’93.12.31담배사업법 제25조의 2제1항의 규정에 청구외법인이 제조·판매하는 궐련 20개비당 20원의 범위 안에서 공익사업을 수행하거나 출연하도록 하는 법적 근거를 마련하였고,담배사업법 시행규칙 제19조의 2제1항에서 위 공익사업의 시행을 위해서 청구외법인의 회계와는 별도의 회계(특별회계)를 설치하도록 되어 있고, 같은 조 제4항에서 공익사업의 업무를 전담하는 공익사업단(청구법인)을 설치·운영하는 것으로 되어 있다.한편, 위 담배사업법령에 근거하여 ’94.2.26 재무부장관(현 재정경제원장관)은 공익사업단의 구성, 공익사업심의위원회의 설치, 사업계획, 회계, 자금의 관리운용 등에 관한 공익사업 운영지침(재무부 전기 45800-53, ’94.2.26)을 시달하였고, ’94.3.17 청구법인의 명칭을 “OOOOOO공사 공익사업단”으로 하여 사업개시한 후 ’94.5.6 관할세무서인 OOO세무서에 비영리법인으로 사업자등록을 하였음이 청구법인 및 처분청이 제출한 이 건 심리자료에 의해 확인되며, 청구법인이 민법 등 관련법령에 의해서 설립등기된 사실은 없다.

(2) 위 재무부장관(현 재정경제원장관)이 시달한 공익사업 운영지침의 내용을 보면, 공익사업단은 OOOOOO공사 사장이 동 사업단의 단장이 되고 10인 이내의 직원으로 구성하여 공익사업(보건의료, 환경보호등 사업)을 수행하며, 주사무소를 서울특별시(서울특별시 중구 OOO로 OO OOOOO)에 두는 것으로 되어 있고, 공익사업의 효율적 추진을 위하여 공익사업심의위원회를 설치하며, 공익사업단의 사업계획 수립 및 변경시에는 재무부장관(현 재정경제원장관)의 사전승인을 받도록 되어 있으며, 재무부장관(현 재정경제원장관)은 공익사업 시행과 관련하여 필요한 경우 소속공무원으로 하여금 그 장부·서류 등에 대한 감사를 할 수 있도록 되어 있는 바, 이와 같이 청구법인의 공익사업은 OOOOOO공사법에 의해 설립된 청구외법인과는 별도의 목적과 조직을 가지고 위 담배사업법령 및 운영지침에 근거하여 재무부장관(현 재정경제원장관)의 감독 하에 업무를 수행하고 있음을 알 수 있다.

(3) 청구법인의 ’95.1.1～’95.12.31 사업년도의 공익사업내용을 보면, 동 사업년도중 사업자금 수입은 청구외법인의 부담금 81,436,021,000원, 자금운용이자 3,839,240,000원(예치금이자로서 법인세 원천징수액 차감후 금액), 기타 수입 192,186,000원 등 총 85,467,447,000원을 조성하여 이를 환경보호사업에 12,775,008,000원, 보건의료사업에 1,593,907,000원, 기타 사회복지사업 및 연초 경작지원 등에 31,482,249,000원을 지출하였음이 청구법인이 재무부장관(현 재정경제원장관)에게 제출한 ’95.1.1～’95.12.31 사업년도의 결산보고서에 의해 확인되고 있는 바, 이와 같이 청구법인의 사업수행을 위한 대부분의 사업자금은담배사업법 제25조의 2제1항의 규정에 의한 청구외법인으로부터의 부담금 수입으로 조성하여 환경보호사업 등 공익사업에 지출하고 있음이 확인된다.

(4) 한편, 청구외법인은 청구법인에 지급한 위 부담금을 공과금(공익사업부담금)으로 회계처리하여 동 법인의 각 사업년도 소득금액 계산시 손금산입한 사실이 있는 점으로 볼 때, 청구법인과 청구외법인은 회계상으로도 독립되어 있음을 알 수 있다.위 사실들을 종합하여 보면, 청구법인의 경우 설립등기된 사실이 없어 법인격이 없는 단체에 해당하지만 담배사업법령 및 그에 따른 운영지침에 근거하여 청구외법인과는 별도의 목적과 독립된 조직 및 회계(재원)를 가지고 공익사업을 수행하는 비영리단체로서 이러한 경우국세기본법 제13조제1항 규정에서 정한 「법인으로 보는 단체」에 해당한다 할 것이므로 처분청이 명백한 이유나 근거도 없이 청구법인을 청구외법인의 내부 부서의 형태로 보아 세법을 적용한 것은 잘못이라 하겠다.

따라서 비영리내국법인인 청구법인이 이 건 이자소득금액을법인세법 제12조의 2의 규정에 의하여 익금산입하고 다시 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 기납부한 법인세 962,863,790원(이자소득 원천징수세액)을 환급요구한 것은 타당하다 할 것이다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.