면세사업인지 여부(경정)

농협에서 다른 농협으로 판매하는 경우 농협법에서 규정하는 고유목적사업에 해당하는지 여부를 판단하여 부과처분 해야 함

1. 원처분 개요청구법인은 서울특별시 중랑구 OO동 OOOOOOOO에 소재한 OOOOOO협동조합으로서 다른 농협에 농약을 판매(이하 “쟁점사업”이라 한다)하고 이를 면세사업으로 보아 동 판매금액 1994/2기분 109,617,814원, 1995/1기분 420,530,004원, 1995/2기분 90,690,190원, 1996/1기분 311,601,901원 및 1996/2기분 121,845,639원 합계 1,054,285,548원(이하 “쟁점사업판매액”이라 한다)에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니하였고,농민등에게 부가가치세가 과세되는 재화인 일반자재를 공급하고 동 판매금액 1994/2기분 254,255,550원, 1995/1기분 37,681,470원, 1995/2기분 293,234,820원, 1996/1기분 30,844,010원 및 1996/2기분 210,751,270원 합계 826,767,120원(이하 “쟁점판매대금”이라 한다)에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니하였으며,위 쟁점판매대금 1994사업연도분 254,255,550원과 1995사업연도분 330,916,290원 및 1996사업연도분 241,595,280원 합계 826,767,120원에 대하여 익금에 산입하여 신고하면서 이와 관련된 매입세액 1994사업연도 21,850,630원, 1995사업연도 27,969,990원 및 1996사업연도 20,679,670원 합계 70,500,290원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)를 매출원가에 가산하여 각 사업연도의 소득을 산정하고 법인세를 신고하였다.

처분청은 쟁점사업이 농협의 고유목적사업에 해당되지 아니한다 하여 이를 과세사업으로 보고 쟁점사업판매액과 신고누락한 쟁점판매대금에 대하여 1997.7.2 청구법인에게 부가가치세 1994/2기분 20,000,150원, 1995/1기분 75,285,650원, 1995/2기분 20,743,040원, 1996/1기분 60,498,290원 및 1996/2기분 31,661,750원 합계 208,188,880원을 결정 고지하였으며, 또한 청구법인의 각 사업연도 소득을 산정함에 있어서 쟁점매입세액을 손금불산입하여 1997.7.2 청구법인에게 법인세 1994사업연도귀속 3,130,760원, 1995사업연도귀속 3,631,620원 및 1996사업연도귀속 2,481,550원 합계 9,243,930원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.8.21 심사청구를 거쳐 1997.12.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 쟁점사업은 농업협동조합법(이하 “농협법”이라 한다) 제125조에서 규정한 고유목적사업에 해당되므로 부가가치세법상 면세사업으로 보아야 하며, 만약 면세사업에 해당되지 않는다면조세감면규제법 제99조제4호 (나)목의 규정에 따라 영세율을 적용하든지, 아니면 다른 조합의 공동구매로 보아야 하므로 쟁점사업판매액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점판매대금중에는 부가가치세가 포함되어 있으므로 이를 차감한 금액을 과세표준으로 하여야 함에도 쟁점판매대금 전체를 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(3) 처분청이 청구법인의 각 사업연도 소득을 산정함에 있어서 쟁점매입세액은 손금부인하면서 쟁점판매대금에 포함된 부가가치세를 익금불산입하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견농협이 다른 농협에 재화를 판매하는 사업은농협법 제125조에서 규정하는 농협의 고유목적사업에 해당되지 아니하므로 쟁점사업을 면세사업으로 볼 수 없고, 청구법인이 농민에게 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하면서 면세재화로 거래하였으므로 그 공급가액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하며, 따라서 쟁점판매액 전체가 부가가치세 과세표준이 됨과 동시에 법인의 익금이 되는 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점사업이 면세사업에 해당되는지의 여부

② 쟁점판매대금중에 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부

③ 쟁점판매대금에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 동 세액을 익금불산입하여야 하는지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령부가가치세법 제12조제1항 제17호에는 “국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다”고 규정하고 있고,같은법 시행령 제38조제1항에는 “법 제12조 제1항 제17호에서 「대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체」라 함은 다음 각호의 것을 말한다.”고 규정하고, 제5호에서 “농협법에 의한 조합과 중앙회”로 규정하고, 제2항에서 “법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 제1항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역으로 한다. (이하 생략)”고 규정하고 있으며,같은법 시행규칙 제11조의 5에는 “영 제38조 제2항에서 「재무부령이 정하는 사업」이라 함은 별표 5에 규정된 사업을 말한다.”고 규정하고, 별표5에서 “농협법에 의한 조합과 중앙회의 경우농협법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업, 단 식품가공사업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다.”고 규정하고 있다.

또한,조세감면규제법 제99조제4호에는 “다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.”고 규정하고, 제4호에서 “대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농협법·엽연초생산협동조합법·인삼협동조합법 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용 또는 영업용 기자재로서 다음 각목의 것으로 한다.”고 규정하고, (가)목에서 “비료관리법에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있다. 또한,부가가치세법시행령 제58조제1항에는 “위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단청구법인은 농협법의 규정에 의하여 설립된 전문농업협동조합임이 농협법 관련규정에 의하여 확인되고, 청구농협은 농약제조회사인 주식회사 OO으로부터 농약을 영세율로 매입하여 이를 다른 농협에 판매하고 부가가치세를 징수하지 아니하였으며, 처분청은 청구법인이 다른 농협에 재화를 공급하는 사업은 부가가치세가 과세되는 사업으로 보고 과세처분하였음이 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서 및 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다. 이에 대하여 청구법인은 부가가치세법상 면세사업 내지는 공동구매로 보든지, 아니면 조세감면규제법상 영세율을 적용하는 재화의 공급으로 보아야 하므로 부가가치세를 과세한 당초처분은 부당하다는 주장인 바,먼저 쟁점사업이 면세사업에 해당되는지의 여부를 살펴보면,부가가치세법 제12조제1항 제17호에는 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세를 면세한다”고 규정하고 있고,같은법 시행령 제38조제1항 제5호 및 제2항에는 “법 제12조 제1항 제17호에서 「대통령령이 정하는 것」이라 함은 농협법에 의한 조합과 중앙회가 그 고유의 목적사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면세되는 것”으로 규정하고 있으며,같은법 시행규칙 제11조의 5에는 “시행령 제38조 제1항 제5호 및 제2항에서 「재무부령이 정하는 사업」이라 함은농협법 제58조, 125조 및 제153조에 규정된 사업”으로 규정하고 있으므로 쟁점사업이 면세사업에 해당되는 사업인지 과세사업에 해당되는지의 판단은 결국 농협이 다른 농협에 재화를 판매하는 사업이 농협법에서 규정하고 있는 농협의 고유목적사업에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

한편,농협법 제59조제2항에는 “조합원과 동일한 세대에 속하는 자가 다른 조합 및 다른 조합의 조합원의 사업이용은 이를 그 조합의 조합원의 이용으로 본다.”고 규정하고 있고,같은법 제125조제1항 제3호에는 “조합원을 위한 생산·출하의 조절 및 판매사업과 이에 부수되는 검사·운반·보관·가공사업은 전문농업협동조합의 사업으로 본다.”고 규정하고 있으며, 농림부의 유권해석(금융51184-133, 1997.6.30) 또한 “조합원의 영농과 생활에 필요한 물자를 구입하여 조합원들에게 공급하고 농협법규와 정관이 정한 범위내에서 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원에게 이용하게 하는 것은농협법 제58조및 제125조의 고유목적에 속하는 사업”이라고 정의하고 있는 점 등으로 보아 쟁점사업은 농협법에서 정한 농협의 고유목적사업에 해당되어부가가치세법 제12조에서 규정하는 면세사업으로 인정함이 타당하다 할 것이다.

다. 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령부가가치세법 제13조제1항에는 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 「공급가액」이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단청구법인은 부가가치세 과세대상인 농업용 일반자재(포장박스, 알미늄자재등)를 판매한 후에 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였으며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.처분청은 쟁점판매대금 전체를 부가가치세 과세표준(공급가액)으로 보아 부가가치세를 경정결정하였으나, 청구법인은 쟁점판매대금중에는 부가가치세 매입세액이 포함되어 있으므로 쟁점판매대금에서 동 부가가치세 매입세액을 제외한 금액을 과세표준으로 하여야 한다는 주장인 바,청구법인이 비치기장한 장부와 결산서 및 신고서류 등에 의하면, 청구법인은 1994.7.1부터 관련법령이 개정되어 과세로 전환되었음에도 계속 면세로 간주하여 당해 재화를 공급하면서 세금계산서를 교부하지 아니하고 회계처리함으로써 부가가치세를 거래징수하지 아니하였을 뿐만 아니라 부가가치세를 신고·납부한 사실도 없으므로 쟁점매입세액상당액이 매출원가를 구성하였다 하더라도 쟁점판매대금중에 부가가치세가 포함되어 있다고 볼 수는 없다 할 것이고, 따라서 쟁점판매대금 전체를 공급가액(과세표준)으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 쟁점③에 대하여 본다.

(1) 관련법령법인세법 제9조제1항에는 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단이 건은 쟁점②에서 살펴 본 바와 같이 쟁점판매대금중에는 부가가치세가 포함되어 있다고 볼 수 없으므로 쟁점판매대금에서 부가가치세 매입세액상당액 70,500,306원을 익금불산입하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.