공유수면매립토지 중 매립시공업자에게 귀속되는 토지 이외의 토지매립비용의 매입세액 공제여부(기각)

사업자가 취득한 매립지중 면세사업에 사용되는 토지조성에 관련된 매입세액 및 국가 또는 지방자치단체가 취득하는 토지조성에 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이므로 청구법인의 지분을 제외한 국가 또는 지방자치단체 및 타인의 지분에 해당하는 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당함.

1. 사 실 청구법인(OO건설주식회사)은 건설업을 주업으로 하고 있는 바, 청구법인과 청구외 개인 3인(OOO 등)이 공동으로 85.4.3 부산직할시 남구 OO동 OOOOO 지선의 공유수면매립면허를 득한 후 청구법인이 이를 매립(매립면적 : 56,646㎡)한 다음 그 매립비용에 관련된 매입세액의 공제를 신고하였으나, 처분청이 위 매립토지중 국가 및 부산직할시에 귀속된 토지 18,760㎡와 개인에 귀속된 토지 18,208㎡등 도합 36,968㎡ 토지 매립비용에 관련된 매입세액의 공제를 배제하여 91.8.16 부가가치세 184,538,750원을 추징하자, 청구인은 이에 불복하여 91.12.18 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 처분청은 부가가치세법 제12조 및 제17조의 규정에 의거 이 건 공급자가 청구법인이고 그 공급대상물이 면세재화 또는 용역임을 O제로 하여 이 건 매입세액을 불공제 하였으나, 국가 및 부산직할시와 개인에게 36,968㎡의 매립토지가 귀속된 것은 공유수면매립법 제14조 의 규정에 의한 귀속일 뿐 이들이 청구법인으로부터 공급받은 것은 아닌데 반하여 오히려 청구법인이 취득한 매립토지 부분과 O체매립비용은 대가관계에 있어 청구법인이 지출한 O체 매립비용에 대한 매입세액은 공제되어야 할 것이고, 이와 같은 내용은 법원판결(참조 : 부산고법, 91구2151, 92.1.8)에서도 밝힌 바처럼 이 건 매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 공유수면매립법에 의거 매립허가를 받고 청구법인이 매립공사를 완료한 후 취득한 매립지중 자기의 과세사업에 사용되는 토지조성에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하여 당해 사업의 매출세액에서 공제 받을 수 있는 것이나, 당해 사업자가 취득한 매립지중 면세사업에 사용되는 토지조성에 관련된 매입세액 및 국가 또는 지방자치단체가 취득하는 토지조성에 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것(재무부 부가 22601-486, 91.4.19)이므로 청구법인의 지분을 제외한 국가 또는 지방자치단체 및 타인의 지분에 해당하는 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다 하겠다.

4. 쟁점 이 건은 청구법인이 매립한 공유수면 매립토지중 청구법인의 귀속분 이외의 국가 등 귀속분토지의 매립비용에 관련된 매입세액을 공제 받을 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

가. 이 건 토지 취득내용을 보면, 당초 청구외 OOO등 4인이 해운항만청으로부터 부산직할시 남구 OO동 OOOOO 지O의 공유수면 57,120㎡의 매립면허를 득하고 84.11.15 청구법인(“갑”) 및 O엔지니어링주식회사(“을”)와 OOO등 4인(“병”)간에 체결된 공유수면매립공사 공동사업계약에 의해 청구법인 및 O엔지니어링(주)는 공사자금제공 및 시공자로서 그리고 OOO등 4인은 공사비 이외에 설계용역비등 일체 비용 부담자 및 연고권자로서 이 건 매립공사를 공동으로 시행하면서 국가 귀속분 5,063평을 제외한 매립토지(12,217평)중 갑·을은 건설공사대금조로 6,300평을, 병은 나머지 5,917평중 이주보상비 1,000평을 제외한 4,917평을 취득하기로 하였다가, 85.4.3 청구법인외 3인의 명의로 공유수면매립 면허를 다시 받은 다음, 89.6.9 공유수면매립 준공인가에 의해 준공면적을 국유지 1,742㎡ 시유지 17,018㎡, 청구법인 및 2인(OOO, OOO) 37,886㎡로 인가 받은 사실이 O시자료에 의해 나타나있고, 위 준공인가에 의해 사유지인 위 37,886㎡중 19,678㎡를 청구법인 명의로 나머지 18,208㎡를 개인(OOO, OOO) 명의로 하여 89.7.4자로 소유권 취득 등기한 사실이 등기부에 의해 확인되고 있다.

나. 다음관련 법령을 보면, 공유수면매립법 제12조 (준공인가)에서 “매립면허를 받은 자가 매립공사를 준공하였을 때에는 지체없이 그가 소유권을 취득하고자하는 매립지의 위치를 정하여 건설부 장관에게 준공인가를 신청하여야 한다”고 규정하고 있고, 동법 제14조 (소유권취득)는 제1항에서 “매립 면허를 받은 자는 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다”고, 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 취득한 매립지와 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 잔여 매립지중 대통령령으로 정하는 비율의 매립지는 국가에 귀속하며 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 대통령령이 정하는 바에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속한다”고, 그리고 제3항에서 “국가에 귀속된 것을 제외한 잔여 매립지는 매립면허를 받은 자가 그 소유권을 취득한다”고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법을 보면, 부가가치세의 면세를 규정한 제12조 제1항 제12호에서 “토지”를 면세재화로 규정하고 있고, 동조 동항 제18호에서 “국가, 지방자치단체, 기타 자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 동법 제17조 제1항 제1호에서 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”을 규정하고 있고, 이와 반대로 동조 제2항 제4호에서는 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 규정하고 있다.

다. 따라서 위 매립토지 56,645㎡중 국가 및 부산직할시에 귀속된 토지 18,760㎡와 개인(선면허권자)에게 귀속된 토지 18,208㎡등 도합 36,968㎡의 토지 조성에 관련되었던 이 건 매입세액을 공제 받을 수 있는지를 살피건대, 첫째, 청구인이 그 주장에서 예시한 고법판결(91구2151, 92.1.8)은 그 사건내용이 이 건과 유사한 경우로서 공유수면매립토지중 국가 등에 귀속된 토지는 매립시공업자에 의해 공급된 것이 아니라 공유수면매립법 제14조 에 의거 귀속된 것이고 나아가서 매립시공업자가 취득한 매립토지부분과 O체매립비용이 대가 관계에 있다고 판시하고 있으나, 동 판결내용을 불복한 관할 세무서장이 92.2.18자로 대법원에 상고하였음을 볼 때 그 판결이 확정된 것이 아니라는데서 이를 O적으로 받아들이기는 어렵다고 보이는데 반하여, 둘째, 당심이 공유수면매립토지중 매립시공업자에 귀속되는 토지 이외의 토지매립비용은 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 비용으로 보아 그 관련된 매입세액을 공제하지 아니하도록 하는 것이 O시 부가가치세법의 입법취지(영세율 적용효과와 같아서는 아니되도록)임을 선결정례(91부463, 91.5.10등 다수)를 통해 누차 밝혀오고 있음을 볼 때, 이 건 매입세액이 공제되어야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 하겠다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.