실물거래 없이 가공세금계산서를 수수한 것으로 보아 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

처분청은 순환거래 흐름이 나타난다는 의견을 제시하였을 뿐, 각 거래단계별 실물이동 여부 및 실물거래 여부에 대한 실질적 조사를 충분히 수행하였는지 여부가 명확하지 않는바, 쟁점거래 전부를 가공거래로 보거나 실물거래로 판단하기 보다는, 실물의 이동이 객관적으로 확인되는 부분과 그렇지 않은 부분을 구분하고, 그에 따른 정당세액을 산출하기 위한 추가적인 사실관계 확정이 선행되어야 할 것으로 보임

1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.10.8. 자본금 OOO원으로 경기도 광명시 OOO를 사업장 소재지로 하여 설립된 낚시용품 도매업을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 2024년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 A(이하 “쟁점매입처1”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 낚시용품 등을 매입하여 주식회사 B(이하 “쟁점매출처1”이라 한다)에 공급가액 OOO원의 낚시용품 등을 매출하고, 2025년 제1기 과세기간에 쟁점매입처1·주식회사 C(이하 “쟁점매입처2”라 하고, “쟁점매입처1”과 합하여 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 낚시용품 등을 매입하여 쟁점매출처1·주식회사 D(이하 “쟁점매출처2”라 하고, “쟁점매출처1”과 합하여 “쟁점매출처”라 하며, “쟁점매입처”와 “쟁점매출처”를 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에 공급가액 OOO원의 낚시용품 등을 매출한 후 관련 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2025.9.4.부터 2025.10.24.까지 청구법인의 2024년 제2기부터 2025년 제1기까지의 부가가치세 등 세목별 조사를 실시한 결과, 청구법인이 실제 재화의 공급 없이 쟁점매입처로부터 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취(이하 “쟁점매입거래”, “쟁점매입세금계산서”라 한다)하고, 쟁점매출처에 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급(이하 “쟁점매출거래”, “쟁점매출세금계산서”라 하고, “쟁점매출거래”와 “쟁점매입거래”를 합하여 “쟁점거래”, “쟁점매출세금계산서”와 “쟁점매입세금계산서”를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)한 것으로 보아, 2025.11.16. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원, 2025년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2024사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.1. 이의신청을 거쳐 2026.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 낚시경력과 기술력을 갖춘 대표 E(이하 “E”이라 한다)을 중심으로 예비창업패키지 선정을 계기로 설립된 실체 있는 스타트업 법인으로서, 인적·물적 설비를 갖추고 쟁점거래를 이행할 능력을 보유하였다. 쟁점매입처로부터 낚시용품(인조미끼류 등)을 실제 공급받아 쟁점매출처에 실제 공급하였고, 이에 관한 물품공급계약서, 거래명세표, 거래사실확인서, 운송증빙, 위챗 메신저 대화내역, 금융거래내역 등 실물거래를 뒷받침하는 증빙이 존재하므로, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다. 처분청이 근거로 삼은 금융거래의 순환 형태는 낚시용품 시장의 성수기 자금운용 관행 및 외상거래 약정에 따른 정상적 자금흐름이며, 청구법인 계좌 입금 전후의 거래상대방들의 자금거래는 청구법인이 알 수 없는 사항이다.

(1) E은 낚시경력 10년차로 낚시용품 제조·판매회사에 7년간 근무(아르바이트 형태)한 경력이 있는 자로, 2024.4.29. OOO 창업지원단이 주관한 중소벤처기업부의 2024년 예비창업패키지에서 아이템과 기술력을 인정받아 예비창업자 최종 선발 사업에 3순위로 선정되었고, 창업자금 OOO원을 보조받기 위하여 2024년 10월까지 창업할 의무가 있었으며, 예비창업패키지 멘토링 선배기업으로 선정된 쟁점매입처1 대표 F(이하 “F”이라 한다)의 도움을 받아 청구법인을 설립하였다.

(2) E은 청구법인 설립 전인 2024년 4월부터 2025년 10월까지 쟁점매입처1에 멘티로서 창업 관련 컨설팅을 받으면서 행정업무를 돕는 조건으로 근무(월 OOO원)하였고, 이는 스타트업 법인인 청구법인이 컨설팅을 받는 과정에서 아이템의 낚시터 테스트 및 고객의견 청취 등 행정업무를 대신 수행한 형태였다.

(3) 청구법인은 2024년 11월 특허청장에게 “OOO”에 관한 특허출원(출원번호 OOO)을 하였으며, 특허등록까지는 방식심사, 출원공개, 실체심사, 특허결정, 등록공고의 절차상 통상 상당기간이 소요되므로 등록이 되지 않았다는 사정만으로 기술력을 부정할 수 없다. 또한 처분청이 유사하다고 본 OOO 산학협력단의 특허(출원번호 OOO)는 OOO에 관한 것으로, OOO를 최종제품으로 하는 청구법인 특허와는 기술적 목적, 화학적 메커니즘, 청구항 범위에서 확연한 차이가 있어 침해 가능성이 낮다.

(4) 청구법인 설립 자본금은 2024.9.25. F으로부터 OOO원을 차입하여 사용한 후 2024.9.26. 이를 변제하였으므로 설립은 명확하고 실제 사업자임이 명백하다. 또한 청구법인은 설립 후 주식회사 G(이하 “G”라 한다)로부터 OOO원, H으로부터 OOO원, I으로부터 OOO원 합계 OOO원을 투자받았고, 이는 청구법인의 아이템 및 기술력에 대한 시장의 평가(법인가치 OOO원 이상)에 근거한 실질적 투자다.

(5) 처분청은 G의 OOO원 투자금이 청구법인과 F을 거쳐 J으로 되돌아간다고 보았으나, G와 J은 전혀 다른 법인체이고, 청구법인이 해당 투자금을 쟁점매입처1로부터의 물품매입대금으로 송금한 것을 쟁점매입처1이 쟁점매출처1 대표 K(이하 “K”이라 한다)에게 지급한 후 K이 개인적으로 J에 투자(예금)한 것에 불과하므로 자금출처와 귀속처가 동일하다는 처분청의 판단은 사실관계를 정확히 파악하지 못한 착오다.

(6) 사업장과 관련하여, 낚시용품 도매업은 대규모의 물적·인적시설을 요하지 않고, 초기 자금부족으로 등록사업장을 소호사무실(1.65㎡, 월세 OOO원)로 정하였으며, 쟁점매출세금계산서 발급 등 행정업무는 상호 업무협력관계약정을 체결한 쟁점매입처1 사업장(OOO캠퍼스, 발급 IP주소 OOO)에서, 재고관리 및 출고는 주요 매입처인 쟁점매입처2 사업장 4층 일부를 무상으로 임차하여 수행하였으므로, 사업장 요건은 충족되었다. 사무실을 분리하여 사업을 하였다는 사정만으로 도관업체로 볼 수 없다.

(7) 쟁점매입처2와의 거래경위에 관하여, 청구법인은 E이 보유한 특허대상 기술을 이용하여 물품(웜, 인조미끼류)을 생산해 줄 제조업체를 찾다가 2024년 11월∼12월경 지인의 소개로 쟁점매입처2 대표 L(이하 “L”이라 한다)을 알게 되었고, 2024.11.4. 웜제품에 관한 기술독점계약(쟁점매입처2은 온라인 소매판매를, 청구법인은 오프라인 판매를 각 독점)을 체결하고 2025.1.1. 물품공급계약을 체결한 후 2025년 1월부터 매입거래(2025.1.1.∼2025.6.30. 공급가액 OOO원)를 시작하였다.

(8) 쟁점매입처2는 제조시설이 전혀 없는 것이 아니라 낚시줄을 만드는 제조시설은 갖추고 있으며, 청구법인이 발주한 웜(미끼류) 관련 제조시설이 없어 중국으로부터 OEM방식으로 제조·수입하는 형태로 사업을 하였으므로, 제조시설이 없다는 처분청의 답변은 인정할 수 없다. 또한 세무조사기간 중 수입액 OOO원 외에도 홍콩을 통해 다액의 물품수입이 있었고, 쟁점매입처1·M·N 등이 외국으로부터 수입한 약 OOO원 상당의 낚시용품을 쟁점매입처2가 약 OOO원 상당에 공급받은 사실이 있어, 급격한 외형성장이 가공거래에 기인한다는 추정은 부당하다.

(9) 쟁점매출처1과의 거래경위에 관하여, K과는 2018년경 낚시모임에서 알게 되었고, 2024.10.1. 물품공급계약서를 체결한 후 2024.10.10.∼2025.6.30.까지 낚시용품(생분해성 미끼 등, 세금계산서 8매 공급가액 OOO원)의 매출거래를 하였으며, 매출대금은 판매 완료 후 60일 이내 현금지급 약정이나 낚시업체의 상반기 자금부족 관행을 고려하여 성수기(7∼9월)에 주고받기로 합의하였다.

(10) 운송과 관련하여, 주요 거래는 청구법인이 쟁점매출처1로부터 발주받은 후 쟁점매입처2로부터 매입하여 재고로 관리하던 물품을 쟁점매출처1이 지정한 창고(경기도 의정부시 OOO 등)로 운송하는 방식이었으며, 약 60%는 E이 자차(레이)로 30∼40회 운송하고 약 40%는 용달화물업체를 통하여 운송하였다. 화물차량운반비 영수증상 거래상대방이 청구법인이 아니라 쟁점매입처2로 기재된 이유는 물품 적재·출고 장소가 쟁점매입처2 건물 내였기에 용달기사에게 “쟁점매입처2로 오세요”라고 함에 따라 화물차량운반비 영수증 발행인이 착오로 기재한 것일 뿐이고, 세무자료로서 정확성이 높은 거래명세표와 세금계산서는 매출처와 매입처를 정확하게 기재하였다.

(11) 매출물품 도착지와 관련하여, 경기도 남양주시 OOO 및 경기도 의정부시 OOO은 쟁점매출처1이 물품을 보관하도록 지정한 장소이므로 그곳에 납품한 것이며, 발주와 출고는 위챗 메신저를 통하여 이루어졌고 그 캡처화면이 관련증빙으로 제출되었다. 다만 메신저 캡처화면의 지연제출 사유는 E이 핸드폰을 분실하여 조사 당시 제출할 수 없었으나 거래상대방의 핸드폰에 남아 있는 위챗 내용을 받아 제출한 것으로, 새로 작성하거나 없던 사실관계를 만든 것이 아니다.

(12) 쟁점매출세금계산서 발급을 쟁점매입처1 사업장에서 수행한 사유는, 청구법인이 제품에 대한 기술적 능력은 있으나 행정업무능력이 부족하여 상호업무협력관계약정을 체결한 쟁점매입처1 사업장에서 수행한 것이며, 쟁점매입처1·쟁점매입처2·쟁점매출처1 등과는 2024.1.2. 중소벤처기업부장관이 인정한 “협업관계 선정확인서”에 따른 전략적 사업파트너 관계에 있었기 때문이다.

(13) 대금수수와 관련하여, 쟁점거래 대금결제는 낚시용품 성수기(7월)에 주문이 폭주하는 시장특성 및 물품공급계약서(제4조 물품수령 후 90일 이내 지급 기본, 청구법인 사정에 따라 협의 조정)에 따라, 외상으로 매입한 상품의 매출이 이루어질 때까지 매입대금을 외상으로 처리한 후 매출대금이 입금되면 즉시 매입대금을 변제하는 시스템으로 운영되어 자금이 상호 거의 동시에 이동한 것일 뿐, 정상적 자금거래이다. 실제 청구법인은 2025.7.31.∼2025.8.29. 쟁점매출처1로부터 OOO원을 입금받아 쟁점매입처2에 OOO원을 지급하였고, 청구법인 계좌 입금 전 및 출금 후의 거래상대방들 각자의 자금거래는 청구법인이 알 수 없는 사항이므로 그 입출금 흐름을 근거로 순환거래라고 추단한 처분청의 의견은 인정될 수 없다.

(14) 예비창업지원사업비와 관련하여, 청구법인은 예비창업패키지 지원금을 지원받아 2024.8.16. 주식회사 O(이하 “O”라 한다)로부터 OOO 디자인 제작용역을 완료하고, 이에 따른 시금형제작도 2024.9.20. 완료[금형은 현재 주식회사 P(이하 “P”이라 한다)에 보관 중]되었음이 세금계산서 및 지출금융증빙에 의하여 확인되며, 그 이후 O 및 P의 자금거래는 당사자들의 문제이므로 이를 근거로 지출사실 자체를 부인할 수 없다.

(15) 거래당사자들이 거래시점마다 쟁점세금계산서를 발급하고 부가가치세를 정상적으로 신고·납부하였으며, 거래사실확인서를 제출한 점에서 쟁점거래는 진실된 거래다.

나. 처분청 의견

청구법인의 설립동기, 사업장 현황, 특허출원, 예비창업지원사업비 사용 등은 모두 사실관계의 일부만을 근거로 한 것으로 실물거래의 존재를 입증하지 못하며, 오히려 가공거래의 간접정황에 해당한다. 가공거래의 가장 명백하고 강력한 정황증거는 거래대금이 최초 출금처로 되돌아오는 순환 금융거래 흐름이며, 청구법인이 진정한 거래당사자의 지위에서 위험과 책임을 부담하였다고 보기 어려운 여러 사정[F(고용주)으로부터 자본금 차입 후 반환, 쟁점매입처1 근로자 겸직, 보관료 미지급, 청구법인 명의 거래·운송증빙 부재, 진실된 거래관계 입증자료 미제출, 쟁점매입처1 사업장에서의 쟁점매출세금계산서 발급, 구매자금 미조달 등]이 이를 뒷받침한다. 따라서 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 발급·수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 이 건 처분은 적법·타당하다.

(1) 청구법인의 등록 사업장 소재지(경기도 광명시 OOO)는 면적 1.65㎡, 월세 OOO원의 소호사무실 형태이며, E은 등록 사업장에 거의 출근하지 않고 매입거래상대방인 쟁점매입처2 사업장(경기도 부천시 OOO)에서 실제 업무를 수행하였고, 쟁점매출세금계산서 발급업무는 인천광역시 연수구 OOO, OOO에 위치한 쟁점매입처1 사업장에서 수행하였다고 진술하였다.

(2) E은 2024.4.1.부터 현재까지 쟁점매입처1에서 근로자로 재직 중이며, 재직 중인 2024.10.8. 청구법인을 설립하였다. E은 청구법인에서 무보수의 사내이사로 근무하였고, 2024년 쟁점매입처1에서 근무하기 전까지는 낚시 관련업 종사 이력이 확인되지 않으며, 학력·전공(실용음악 보컬, 미디어홍보 영상)도 연구활동과 무관한 것으로 심문조서상 확인된다.

(3) 청구법인의 설립동기가 존재한다는 점은 실물거래가 있었다는 근거가 될 수 없으며, 고용주였던 F으로부터 OOO원을 차입하여 법인설립 자본금을 증명한 후 되돌려 준 점, E이 쟁점매입처1의 근로소득자인 반면 청구법인에서는 무보수로 근무한 점 등은 청구법인의 물적·인적시설이 미비함을 나타내는 가공거래의 간접정황이다.

(4) 청구법인은 설립 후 불과 몇 개월 만에 매출·매입 합계 OOO원을 거래하였고, 단가가 낮은 낚시용품 특성상 고액의 거래를 위해서는 대규모 재고보관시설이 필요하므로 대규모 물적시설이 불필요하다는 주장은 타당하지 않으며, 사업자 등록장소·쟁점매출세금계산서 발급장소·재고보관 및 입출고 장소가 모두 다른 점은 정상적 거래에서 상정하기 어렵다. 처분청은 청구법인이 인적·물적시설이 전혀 없는 도관업체라고 주장하는 것은 아니나, 소호사무실 형태, 매입거래상대방 소속 근로자인 점, 자본금 미조달, 소속 근로자 부존재 등 제반사정을 고려할 때 낚시도매업을 영위할 만한 인적·물적시설을 갖추어 진정한 거래당사자로 보기 어렵다.

(5) 청구법인이 설립 후 G 등으로부터 OOO원을 투자받았다고 주장하나, 금융거래 확인 결과 G에서 받은 OOO원은 청구법인과 F을 거쳐 J으로 되돌아가는 형태가 나타나고, H과 I은 계좌대여자로 추정되며 이들로부터 받은 자금은 청구법인과 F을 거쳐 박영옥 등 제3자에게 귀속되었다. 또한 2024.10.15. 유상증자 시 H과 I이 주당 OOO원(청구법인의 당초 취득단가 OOO원의 100배)에 지분을 취득한 경위에 대하여 청구법인이 타당한 설명을 하지 못하였다.

(6) 실제 물량흐름에 대하여 청구법인은 상품이 청구법인을 거치지 않고 쟁점매입처2에서 쟁점매출처1로 직접 이동하였다고 진술하였고, 청구법인 계좌는 매출거래대금이 입금되기 전까지 잔액이 거의 없으며, 쟁점세금계산서 및 금융거래상 거래관계에 있는 자들 서로 간 순환거래 흐름이 나타난다.

(7) 순환 금융거래는 가공거래의 가장 강력한 정황증거로서, 청구법인은 2025.7.31.부터 2025.8.29.까지 쟁점매출처1에서 OOO원을 받아 쟁점매입처2에 OOO원을 지급하였으며, 처분청은 거래대금 금융추적 결과 다음의 순환거래 유형을 확인하였다. 유형①은 거래대금이 쟁점매입처2에서 최초 출금되어 “쟁점매입처2 → M → 쟁점매출처1 → 청구법인 → 쟁점매입처2”으로 되돌아오는 형태, 유형②는 F에서 최초 출금되어 “F → 쟁점매출처1 → 청구법인 → 쟁점매입처2 → F, OOO”로 이동하는 형태, 유형③은 쟁점매출처1에서 최초 출금되어 “쟁점매출처1 → 청구법인 → 쟁점매입처2 → 초창석(N) → 쟁점매출처1”로 되돌아오는 형태이다.

(8) 청구법인은 쟁점매입처2가 낚시미끼류를 중국에서 OEM으로 제조한다고 주장하나, 그렇다면 2024년 쟁점매입처2 매출이 OOO원에 가까운 점을 고려할 때 수입통관금액 OOO원은 청구법인과의 거래인 OOO원에만 대응되며 쟁점매입처2의 다른 매출과는 관련이 없다는 결론에 이르게 되고, 이는 간접정황에 불과하며 거래대금이 최초 출금처로 되돌아온다는 사실에 대한 명확한 해명이 없는 한 논점을 벗어난 주장이다. 또한 쟁점매입처2 매출은 2021년 OOO원에서 2025년 OOO원으로 이례적으로 급증하였고, 단기차입금이 2024년 OOO원에서 2025년 OOO원으로 급증한 점은 대출목적의 가공세금계산서 발급행위가 있었다고 추정되는 간접 정황이다.

(9) E이 조사 당시 매입내역에서 운반비 지출내역이 확인되지 않는다는 질문에 대하여 매출 관련 운송비를 현금 지급하여 증빙이 없거나 쟁점매입처2가 대신 지급하였다고 진술하며 제출한 운송 관련 영수증의 거래상대방이 청구법인이 아닌 쟁점매입처2로 기재되어 있는 점, 청구법인 대표 E이 쟁점매입처1의 근로자로서 청구법인 관련 거래를 한 것인지 쟁점매입처1 관련 업무를 한 것인지 구분되지 않는 점 등은 청구법인을 진정한 거래당사자로 볼 수 없는 증거이다.

(10) 조사착수일 및 2025.9.19. 심문조서 작성 시 청구법인 대표 E에게 계약서·거래명세표 등 형식적 서류 외에 실제 거래사실을 확인할 수 있는 카톡·문자메시지·메일 등을 요청하였으나 E은 제시할 증빙이 없다고 진술하였고, 이후 불복과정에서 제출한 위챗 메신저 캡처화면은 조사기간 내 제출되지 않았던 자료로서 ‘발주’·‘출고’ 등 간단한 메시지만 나타나며 쟁점매출처1의 거래상대방이 청구법인이 아닌 쟁점매입처2로 표기되어 있어 신뢰하기 어렵다.

(11) 쟁점매출처1의 등록 사업장 소재지는 경기도 남양주시 OOO로 면적 4㎡, 월세 OOO원의 공유오피스이며, 청구법인이 실제 도착지라고 주장하는 경기도 남양주시 OOO 및 경기도 의정부시 OOO은 쟁점매출처1의 사업자등록증 및 법인등기상 지점 등으로 등록된 사실이 없고 각각 별도의 사업자등록이 있는 서류상 법인과 무관한 장소이므로, 이들 장소에 납품하면서 쟁점매출처1에 쟁점매출세금계산서를 발급하였다는 주장은 합리적이지 않다.

(12) 예비창업지원사업비와 관련하여, 청구법인은 디자인 및 금형제작 명목으로 O 및 P에 출금하였으나, 2024.9.23. O는 지급받은 OOO원에 기존 보유자금을 보태 OOO원을 쟁점매출처1로 출금시켰고, 2024.11.5. P은 지급받은 OOO원 상당을 2024.11.6. Q(이하 “Q”이라 한다)로 출금시켜, 거래대금이 용역수행회사에 귀속되지 않고 직·간접적 거래관계에 있는 쟁점매출처1 및 Q에게 귀속된 것으로 확인되므로 국가지원금 편취 또는 유용 혐의가 있고, 이는 가공거래 여부 판단에서 실물거래 주장을 뒷받침하지 못한다.

(13) 거래당사자들의 부가가치세 정상 신고·납부 여부는 제척기간 및 조세포탈 여부와 관련될 수 있으나 가공거래여부와는 무관하며, 쟁점매입처·쟁점매출처1 등 거래상대방은 모두 조력 및 협력관계에 있고 동일한 이해관계를 가지므로 이들의 사실확인서 진술은 신빙성이 떨어진다.

(14) 특허와 관련하여, 청구법인의 특허는 출원만 하였을 뿐 등록된 바 없으며, 고탄성을 유지하며 환경친화적으로 생분해되는 인조미끼 기술은 이미 등록된 특허기술(대한민국 등록번호 OOO)과 유사하고 제조 시 사용된 화학원료·합성비율 등도 동일한 것으로 확인된다. 또한 특허출원은 실물거래의 존재를 뒷받침하는 사정이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점매입처로부터 수취하고 쟁점매출처에 발급한 낚시용품 도매 관련 세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 나타나는 사실을 정리하면 다음과 같다.(가) 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 2024.10.8. 경기도 광명시 OOO를 소재지(면적 1.65㎡, 월세 OOO원)로 설립, 이후 2024.10.15. 유상증자 하였고, E은 법인 설립 이후 현재까지 무보수 사내이사로 근무하고 있다.

＜표1＞

청구법인의 2024년 주식등변동상황명세서 내역

○○○

(나) E은 등록된 사업장(경기도 광명시 OOO)에는 거의 출근하지 않았고 쟁점매입처2 사업장(경기도 부천시 OOO)에서 실제 업무를 수행하였다고 진술한 바 있다.(다) 청구법인의 쟁점매출세금계산서 발행업무는 쟁점매입처1 사업장(인천광역시 연수구 OOO)에서 F 등의 도움을 받아 수행하였다고 진술하였다.(라) E은 조사과정에서 본인의 아이디어를 쟁점매입처2에 제공하고, 이러한 아이디어를 기반으로 쟁점매입처2가 청구법인이 제조한 제품을 매입하였으며, 재고는 쟁점매입처2 창고 4층에 보관하였다고 진술한 바 있다. 이에 조사청은 쟁점매입처2의 제조시설 유무, 청구법인 재고현황을 확인하고자 아래 ＜그림1＞과 같이 별도로 현지확인을 실시하다.* E은 L의 배려로 공간을 확보하였고 임차료는 별도로 지급하지 않았다고 진술＜그림1＞ 쟁점매입처2 사업장 내 청구법인 재고적재 현황

○○○

(마) 청구법인의 2024년 제2기부터 2025년 제1기까지 쟁점거래처와 거래내역은 아래 ＜표2＞와 같으며, 처분청은 해당 거래내역 전체를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과하였다.

＜표2＞

청구법인의 2024년 제2기~2025년 제1기까지 쟁점거래처와 거래내역

○○○

(바) 청구법인은 실제물량흐름에 대하여 상품이 청구법인을 거치지 않고 매입처인 쟁점매입처2에서 매출처 쟁점매출처1로 직접 이동하였다고 진술하였다.(사) 청구법인 계좌를 확인한 바, 매출거래대금이 입금되기 전까지 계좌잔액이 거의 존재하지 않으며, 아래 ＜표3＞, ＜표4＞, ＜표5＞과 같이 금융거래상 거래관계에 자들 서로 간 순환거래 흐름이 나타난다.

＜표3＞

유형①[쟁점매입처2(C)→M→쟁점매출처1(B)→청구법인(OOO)→쟁점매입처2(C)] 순환거래

○○○

＜표4＞ 유형②[F→쟁점매출처1(B)→청구법인(OOO)→쟁점매입처2(C)→F, OOO] 순환거래

○○○

＜표5＞ 유형③[쟁점매출처1(B)→청구법인(OOO)→쟁점매입처2(C)→OOO(N)→쟁점매출처1(B)] 순환거래

○○○

(아) 청구법인은 중소벤처기업부와 창업진흥원에서 지원하는 예비창업패키지 사업 선정확인서, O의 용역결과보고서, P의 용역결과보고서, G와의 투자계약서, I과의 투자계약서, H과의 투자계약서, 쟁점매입처1과의 물품 공급계약서, 쟁점매출처1과의 물품 공급계약서 등을 실제로 제출하였다.(자) 청구법인이 제시한 운송증빙은 아래 ＜그림2＞와 같으며 인수인이 K, 쟁점매입처2로 나타난다.

＜그림2＞

청구법인 제시 운송증빙

○○○

(차) 청구법인이 제출한 거래 관련 메신저 대화내역은 아래 ＜그림3＞과 같다.

＜그림3＞

청구법인 제출 대화 내역(일부 발췌)

○○○

(카) 청구법인과 E은 아래 ＜그림4＞와 같이 「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대해 증거불충분으로 2026.6.2. 불송치 결정 받은 것으로 나타난다.

＜그림4＞

경기광명경찰서 불송치 결정서

○○○

(타) 청구법인이 제시한 자료에 따르면 아래 ＜그림5＞와 같이 쟁점매입처1, Q, 쟁점매출처1은 협업기업으로 선정된 것으로 나타난다.

＜그림5＞

협업기업 선정확인서

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 실제 재화의 공급 없이 쟁점매입처로부터 사실과 다른 쟁점매입세금계산서를 수취하고, 쟁점매출처에 사실과 다른 쟁점매출세금계산서를 발급하였으므로 쟁점거래는 순환 금융거래에 의한 가공거래로서 청구법인을 진정한 거래당사자로 볼 수 없다는 의견이고, 실제로 단기간(2025.7.31.∼2025.8.29.)에 집중된 순환 금융거래 흐름 및 청구법인 명의 운송증빙의 부재 등 쟁점거래의 상당 부분이 가공거래일 가능성을 뒷받침하는 정황이 나타나는 측면이 있으나, 청구법인이 예비창업패키지 최종선정, 특허출원, 디자인 및 시금형 제작 용역 수행 등 사업준비 활동의 외형을 갖추고 있고, 물품공급계약서·거래명세표·거래사실확인서·재고적재 사진 등 다수의 증빙을 제출하여 쟁점거래의 실체를 전면적으로 부정하기 어려운 측면이 있는 점, 청구법인 및 거래상대방들이 각 거래시점마다 쟁점세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부한 사정은 부가가치세의 미납을 전제로 하는 통상의 자료상 거래 구조와 일부 상이한 측면이 있는 점 등을 고려하면, 처분청이 제출·입증한 자료만으로는 쟁점거래 전부를 실물거래 없는 가공거래로 단정하기 어려운 측면이 있는 점,또한 처분청은 청구법인 외 쟁점거래처에 대한 금융거래 흐름을 확인하여 순환거래 흐름이 나타난다는 의견을 제시하였을 뿐 각 거래단계별 화물차량 운반을 통한 실물의 이동 여부 및 거래상대방의 실물거래 여부에 대한 실질적 조사를 충분히 수행하였는지 여부가 명확하지 아니한바, 쟁점거래 전부를 가공거래로 보거나 전부를 실물거래로 보아 적용·판단하기보다는 실물의 이동이 객관적으로 확인되는 부분과 그렇지 않은 부분을 구분하고 그에 따른 정당한 과세표준 및 세액을 산출하기 위한 추가적인 사실관계 확정이

선행되어야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청으로 하여금 청구법인이 낚시용품 등을 실제로 매입하여 이를 매출하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하도록 함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법률

(1) 부가가치세법

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조 제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제57조(결정과 경정) 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 및 제57조의2에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우

(2) 법인세법

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.