비파괴검사사를 고용하여 부가가치세가 면제되는 비파괴검사용역을 제공하는 법인이 일정한 기준을 갖추지 못하여 과학기술처장관에게 신고하지못한 경우 부가가치세 과세사업자로서 매입세액공제 적용함(취소)

청구법인이 독립된 자격으로 인적기술용역을 제공하는 것이므로 부가가치세 면세용역에 해당되는 것으로 매입세액을 불공제하여 기환급세액을 추징한 처분은 정당함.

1. 처분개요

청구법인은 초음파 탐상시험법에 의한 비파괴검사용역(이하 “비파괴검사용역”이라 한다)업무를 주로 영위하고 있는 법인으로서 93.2.24 자 부가가치세 과세사업자(업태 : 서비스, 종목 : 기술검사)로 사업자등록을 하여 ’93년 제2기 부가가치세 과세기간 동안의 비파괴검사용역을 과세사업에 해당한다고 보아 비파괴검사용역 관련 매입세액 18,677,238원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 ’93년 제2기 부가가치세 확정신고시 환급액 12,875,193원을 신청하였다. 처분청은 청구법인의 비파괴검사용역이 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 제35조 제2호의 (다)목의 규정에 의거 부가가치세가 면제되는 인적용역에 해당된다고 보아 위 쟁점매입세액을 불공제하여 94.3.16 청구법인에게 ’93년 제2기분 부가가치세 10,548,660원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.5.16 이의신청, 94.6.28 심사청구를 거쳐 94.9.26 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 초음파탐상시험법에 의한 비파괴검사용역업무를 영위하고 있는 법인으로서 처분청에 부가가치세 과세사업자로 등록하여 현재까지 성실하게 신고를 한 업체로서 기술사업을 영위하는 법인도 아니고 기술사로 구성된 단체도 아니며, 특히 청구법인의 비파괴검사용역제공은 해당부문의 기술사 자격을 가진 자에 의한 것이 아닌 한국산업인력관리공단이 인정하는 비파괴검사사 자격을 소지한 자(비파괴검사사)에 의하여 수행되고 있으나 이는 엔지니어링 기술진흥법 제4조 규정에 의하여 과학기술처장관에게 신고한 사실이 없으므로 국세청예규(국세청 부가46015-910, 94.5.4)에서와 같이 과세사업으로 보아야 마땅한데도 처분청은 청구법인의 구성원이 여러 가지 자격을 가졌다고 하여 청구법인이 제공한 용역의 성질을 판단하지 않고 면세사업을 영위한다고 보아 쟁점매입세액을 불공제한 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 그 구성원이 전자기기기능사, 무선설비기능사, 조선기술사, 기술지도사 자격을 가지고 있으므로 청구법인이 제공한 용역은 구성원 개인의 자격으로 기술용역을 제공하는 것이 아니라 청구법인이 독립된 자격으로 인적기술용역을 제공하는 것이므로 부가가치세 면세용역에 해당되는 것으로 매입세액을 불공제하여 기환급세액을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 제공한 초음파탐상시험법에 의한 비파괴검사용역을 면세사업이라 보아 관련매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제1조 (과세대상) 제1항 제1호에서 “재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과한다”고 규정하면서, 동법 제12조 제1항 제13호에서 “변호사·공인회계사·세무사·관세사· 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제35조 (인적용역의 범위) 본문에서 「법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 게기하는 용역으로 한다」면서, 제2호 (다)목에서 “개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 인적용역으로서 기술사업·건축사업·도선사업·설계제도사업·측량사업 또는 이와 유사한 업을 영위하는 자가 공급하는 용역”을 규정하고 있고, 동법 시행규칙 제11조의3 (인적용역의 범위) 제1항에서는 「엔지니어링기술진흥법에 의하여 엔지니어링 기술용역을 제공하는 기술사 및 기술사로 구성된 단체(엔지니어링 기술진흥법 제8조 의 규정에 의하여 과학기술처장관에게 신고된 엔지니어링 기술도입계약에 따라 엔지니어링 기술용역을 제공하는 외국단체를 포함한다)는 영 제35조 제2호 다목에 규정된 기술사업을 영위하는 자에 포함되는 것으로 한다」고 규정하고 있다.

(2) 엔지니어링 기술진흥법 제4조 (엔지니어링 활동주체의 신고) 제1항에서 「다음 각호의 엔지니어링 활동주체는 대통령령이 정하는 바에 따라 과학기술처장관에게 신고하여야 한다. 다만, 제2호의 경우에는 그 부서가 속한 기업이 신고하여야 한다.

1. 엔지니어링 활동을 주된 영업의 수단으로 하는 자로서 대통령령이 정하는 기준이상에 해당하는 자

2. 엔지니어링 활동을 전담하기 위한 기업내의 전담부서로서 대통령령이 정하는 기준이상에 해당하는 부서」를 규정하면서, 동법 제8조 에서 “엔지니어링 기술도입계약의 신고등”을 규정하고 있고, 동법시행령 제3조 제1항에서 「법 제4조 제1항의 규정에 의하여 엔지니어링 활동주체의 신고를 하고자 하는 자는 동항 각호의 1에 해당하는 날부터 60일 이내에 엔지니어링활동주체신고서에 총리령이 정하는 서류를 첨부하여 과학기술처장관에게 제출하여야 한다」고 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제3조 (엔지니어링활동주체의 신고기준) 제1항에서 신고기준을 “자본금 1억원 이상과 기술사, 기사 1급 또는 과학기술분야의 학사 이상의 학위를 가진자 10인 이상일 것”을 규정하고 있다. 한편, 기술사법 제6조 (기술사사무소의 개설등록 등) 제1항에서는 「개업하기 위하여 기술사사무소를 개설하고자 하는 기술사는 과학기술처장관에게 등록하여야 한다」고 규정하고 있다.

다. 청구법인의 비파괴검사용역이 면세사업에 해당되는지 여부

(1) 당심판소에서 과학기술처장관에게 조회받은 회신문(과학기술처 엔진71331-40, 95.2.6 시행)에 의하면, 엔지니어링 기술진흥법에서 능력이 있는 자는 누구나 엔지니어링 활동을 수행할 수 있도록 하여 영업의 제한을 두고 있지 않으나 엔지니어링기술진흥정책의 수립을 위한 현황파악등의 목적으로 일정기준이상을 갖춘 엔지니어링 활동주체로 하여금 신고하도록 하고 있으며, 다만, 비파괴검사의 한 종류인 방사선투과검사를 수행할시는 원자력법 제65조 의 규정에 따라 과학기술처장관에게 방사성동위원소등의 사용허가를 받아야 하는 바, 청구법인은 기술사법 제6조 의 규정에 의거 과학기술처장관에게 등록하거나 엔지니어링기술진흥법 제4조 의 규정에 의거 과학기술처장관에게 신고한 사실이 없다고 회신하고 있다.

(2) 청구법인은 대표이사가 과학기술처가 발급한 조선기술사자격을 가지고 있고 상무이사가 한국산업인력관리공단이 발급한 비파괴검사 1급 자격을 가지고 있으며 기타 구성원 2명이 조선기사 1급과 전자기기기능사 1급 자격을 각각 가지고 있으나 과학기술처장관에게 등록 및 신고한 사실이 없음이 관련자료에서 확인되며, 청구법인은 심판결정일 현재 엔지니어링기술진흥법에 의한 신고를 하기 위해서 일정한 기준이상의 자격을 갖추기 위하여 준비중에 있다고 주장하고 있다.

(3) 기술사업등 기술분야와 관련하여 부가가치세가 면세되는 인적용역의 범위를 전시한 관련법령에 의하여 살펴보면, 기술사법상 과학기술처장관에게 기술사업을 영위하고자 등록한 기술사가 제공하는 인적용역과 엔지니어링기술진흥법상 과학기술처장관에게 신고한 엔지니어링활동주체가 제공하는 인적용역은 부가가치세가 면제되는 것으로 해석하여야 하며, 여기서 엔지니어링활동주체란 엔지니어링 기술진흥법 제2조 에서 말하는 엔지니어링활동을 행하는 자(기업내의 전담부서를 포함함)를 의미하며, 엔지니어링활동이라 함은 과학기술의 지식을 응용하여 사업 및 시설물에 관한 기획·타당성 조사등의 활동과 그 활동에 대한 사업관리를 말한다(엔지니어링 기술진흥법 제2조 )할 것이므로, 엔지니어링 기술진흥법에 의한 엔지니어링활동주체로서 1인 이상의 기술사를 갖춘 단체가 엔지니어링 기술진흥법에 의한 엔지니어링 기술용역을 제공하는 경우에는 전시한 부가가치세법 시행규칙 제11조의 3 의 규정에 의거 부가가치세가 면제되는 것이나, 엔지니어링 기술진흥법 제4조 및 동법시행령 제3조 의 규정에 의거 엔지니어링활동주체의 신고를 하여야 하는 자가 신고를 하지 아니하고 엔지니어링 기술진흥법에 의한 엔지니어링 기술용역을 제공하는 때에는 부가가치세가 과세되는 것으로 해석하여야 할 것(재무부 소비46704-151, 94.6.29 같은 뜻임)이다.

(4) 사실이 그러하다면, 청구법인의 초음파탐상시험법에 의한 비파괴검사는 엔지니어링활동이고 청구법인은 엔지니어링활동주체이나 일정한 기준을 갖추지 못하여 엔지니어링진흥법상 과학기술처장관에게 신고조차 못하였으므로 청구법인이 제공한 비파괴검사용역은 전시한 부가가치세법시행령 제35조 제2호 (다)목의 규정에 의한 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하지 않는 것(국세청 부가 46015-910, 94.5.4 같은 뜻임)으로 보아야 함이 타당할 것인 바, 처분청이 법리를 잘못 해석하여 청구법인의 비파괴검사용역을 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.