종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1983.5.7. 취득한 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재개발사업으로 2003.6.7. 같은동 OOO호(이하 신축주택 이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007.1.19. 양도하고, 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지의 양도차익을 계산하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 2013.4.10. 청구인에게 2007년귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.15. 이의신청을 거쳐 2013.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 종전주택에 추가로 청산금을 부담한 다음 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도하였기에, 조특법에 의거 양도소득 과세표준예정신고를 하였고, 이에 처분청은 청구인의 신고를 시인 결정하고서도6년이 지난 2013년에 감면소득액 계산공식의 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 임의적으로 해석하여 양도소득세를 과세하였는 바, 이는일사부재리원칙에 위배되고, 세법을 해석함에 있어서 합목적적 해석에도 어긋나며, 잘못 제정된 세법이라면 그 법을 개정하고 개정이후부터 적용하여야 함에도, 이를 소급하여 적용하여 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 이 건 양도소득세 과세 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

신축주택 취득일로부터 5년간의 양도차익에 대하여 감면한다는 규정은 신축주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면한다는 뜻으로, 종전주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우의 감면세액은 신축한 주택 5년 내의 양도소득에 대하여만 감면에 해당하고, 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득과 5년 경과후의 양도소득은 감면 배제하는 것인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법제99의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2007.1.19. 신축주택을 양도한 후, 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원으로 한뒤, 양도소득금액 OOO원에 대하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득 후 5년간의양도소득을 감면대상 소득금액으로 보아 양도소득세를 감면신청하였다.

(2) 처분청은조특법 시행령 제40조제1항 산식 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 산출한 뒤, 산출세액(OOO원)에 감면소득금액에서 기본공제(0원)를 차감한 후의 금액이 과세표준(OOO원)에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 산출하고, 이를 산출세액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(3) 청구인은조특법에 의거 양도소득 과세표준예정신고를 하였고, 이에 처분청은 청구인의 신고를 시인 결정하고서도이제 와서변경된 해석에 의해서 양도소득세를 경정고지한 처분은 일사부재리의 원칙, 소급과세금지의 원칙 등에 반하는 등 부당하다는 주장이다.

(4) 살피건대,조특법 제99조의3제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기어렵고, 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로해석하고 있는 등 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 소급과세금지의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.