폐기물처리용역을 과세로 보고 부가가치세를 부과한 처분의 당부(경정)

면세대상인 ‘생활폐기물 처리용역’으로 인정안되며, 과세대상인 하수도공사에 부수되는 폐기물처리용역으로서 과세됨

1. 사실청구법인은 수원시청 등의 관급공사를 주로 하는 건설업을 영위하면서 수원시 및 수원시 관할구청에 폐기물 처리용역(이하 “쟁점 용역”이라 한다)을 제공하고 1996년도 중 37,628,639원, 1997년도 중 26,339,000원을 수령하였으며 이를 부가가치세 면세분으로 신고하였다.처분청은 2000.1.5 이를 부가가치세가 과세되는 용역으로 보아 쟁점용역의 공급대가의 100/110을 과세표준에 가산하여 1996.2기분 부가가치세 4,447,021원, 1997.2기분 부가가치세 4,802,880원을 경정 결정·고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2000.2.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

폐기물관리의 주무관청인 지방자치단체가 발주한 공사로써 사실상 공사내용이 부가가치세 면세 거래에 해당되며 지방자치단체의 예산 책정 및 집행시 부가가치세가 면세되는 거래로 구분하여 계약이 시행되어 이를 신뢰하여 부가가치세를 거래징수하지 아니한 쟁점 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점용역은 하수도공사에 수반되는 부수용역이므로 부가가치세가 면세되는 용역에 해당하지 아니하며, 과세용역에 부수용역으로 제공된 용역이 아닌 별도의 폐기물처리용역으로 보더라도 부가가치세가 면제되는 의료보건 위생용역인 “폐기물관리법에 의하여 생활폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 처리용역”에 해당한다고 볼 수 없으므로 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점쟁점 용역의 공급이 부가가치세 면세용역에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령부가가치세 제12조【면세】제1항에서 “다음 각호의 재화 또는용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하면서 제4호에서“의료보건용역으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액”을 열거하고 있고,같은 법 시행령 제29조【의료보건용역의 범위】 및 같은 법 시행규칙 제11조의 2 【기타 의료보건위생용역의 범위】에서 “영 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다”고 규정하면서 제4호에서 “폐기물관리법에 의하여 생활폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역”을 열거하고 있다.

다. 사실관계 및 판단쟁점 용역의 공급이 부가가치세 면세용역에 해당하는지 여부를 살펴본다. 청구법인은 청구법인이 폐기물관리법에 의하여 폐기물처리업 허가를 받은 사업자임을 주장하지 아니하는 바, 쟁점용역이 부가가치세법 시행규칙 11조의2 제4호에 규정하는 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역에 해당되지 아니하여 부가가치세 면세용역이 아닌 것으로 보이며,청구법인이 스스로 쟁점용역이 하수도공사에 수반되는 부수공사임을 청구취지에서 인정하고 있는 바, 주된 용역에 부수되는 용역은부가가치세법 제1조제4호 및 동 법 시행령 제3조에 의해 주된 용역의 공급에 포함되는 것으로 봄으로 쟁점용역은 부가가치세가 과세되는 용역인 하수도 공사에 부수되는 용역으로 부가가치세가 과세되는 용역으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

그러나, 처분청의 과세처분 경위를 살펴보면, 처분청이 청구법인의 매출장 기록에 근거하여 쟁점용역의 대가 및 귀속년도를 파악하면서 1996년 1기 귀속분 용역수입 4건 5,306,119원, 1996년 2기 귀속분 용역수입 23건 32,332,520원, 1997년 1기 귀속분 용역수입 16건 22,553,411원, 1997년 2기 귀속분 용역수입 4건 3,786,196원임이 확인됨에도 불구하고 1996년 1기 및 1996년 2기에 귀속되는 쟁점용역수입의 100/110 (34,207,850원)을 모두 1996년 2기 과세표준에 가산하여 경정 결정하고, 1997년 1기 및 1997년 2기에 귀속되는 쟁점용역수입의 100/110 (23,945,097원)을 모두 1997년 2기 과세표준에 가산하여 경정 결정한 잘못이 처분청의 부가가치세 경정결의서에 의해 확인되므로1996년 1기 및 1997년 1기 귀속분의 용역수입을 당해 과세기간에 가산하여 경정 결정하는 것은 별론으로 하고, 1996년 2기 과세표준에 가산된 1996년 1기에 귀속되는 용역수입 4건 5,306,110원의 100/110 (4,823,736원)은 당해 기 과세표준에서 차감하고, 1997년 2기 과세표준에 가산된 1997년 1기에 귀속되는 용역수입 16건 22,553,411원의 100/110 (20,503,100원)도 당해 기 과세표준에서 차감하여 경정 결정함이 타당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법 제81조와 제65조 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.