특별부가세 면제신청서를 법인세 결정고지후에 제출한 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지등(기각)

갑법인이 쟁점부동산을 교회건물로 5년이상 계속하여 사용하다가 양도하였다 하더라도 처분청이 이 건 세액을 결정고지한 이후에 세액감면신청서를 제출하였으므로 특별부가세 전액을 면제하여야 한다는 주장은 부당

1. 사실청구법인은 서울특별시 은평구 OO동 OOOOO 소재 건물 2층 277.85㎡ 및 대지권 691㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1988.12.31 취득하여 교회건물로 사용하다가 1994.5.27 양도하였다.처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한내에 특별부가세 감면신청서를 제출하지 아니하였다고 하여 2000.3.24 청구법인에게 1994사업연도분 특별부가세 70,756,397원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2000.6.1 이의신청을 거쳐 2000.8.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)국세기본법시행령 제10조의 2제2호는 법인세를 정부가 결정하는 경우에는 그 결정일에 납세의무가 확정된다고 규정하고 있고, 구조세감면규제법시행령 제71조제4항은 면제신청서는 과세표준과 세액의 결정일로부터 1년 내에 제출할 수 있다고 되어 있는 바,처분청이 이 건 세액을 결정한 2000.3.24로부터 1년이내인 2000.5.31 청구법인이 면제신청서를 제출하였으므로 이 건 특별부가세는 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 과세하였으나 실지거래가액이 확인되므로 이에 따라 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

구조세감면규제법 제74조제4항은 종교법인의 고유목적사업에 5년 이상 직접 사용하던 토지 등을 양도하고 특별부가세를 면제받기 위하여는 면제신청을 한 경우에만 면제하는 것으로서,청구법인이 특별부가세를 감면하여야 한다는 근거로 하고 있는같은법시행령 제71조제4항의 단서 규정은 동 시행령 부칙 제6조 제2항 등의 내용을 고려할 때 “그 기한내에 세액면제신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준과 세액의 결정일까지, 또는 과세표준신고기한으로부터 1년 이내에 제출할 수 있다”로 해석함이 타당하며, 위와 같이 해석하지 아니할 경우 국세부과제척기간이 임박한 결정의 경우에는 어떠한 경정결정도 할 수 없다.

따라서 청구법인이 세액면제신청서 등을 처분청의 과세표준과 세액의 결정일까지나 과세표준신고기한으로부터 1년 이내에 제출하지 아니하였으므로 특별부가세를 감면하지 아니함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 특별부가세 면제신청서를 처분청의 법인세 결정고지후에 제출한 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지와

(2) 청구법인이 주장하는 실지거래가액으로 특별부가세를 부과할 수 있는지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법(1994. 12. 31 법률 제4666호로 전면개정된 것) 제74조【사회복지법인 및 종교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】제1항은 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 5년 이상 직접 사용한 토지등

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 5년 이상 직접 사용한 토지등 (3호 이하 생략)이라고 규정하고 있으며,제4항은 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법시행령(1993.12.31 대통령령 제14084호로 전면개정된 것) 제71조【사회복지법인 및 종교법인의 업무용토지등에 대한 특별부가세의 면제】제1항은 법 제74조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에서 사용할 목적으로 토지등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다고 규정하고 있으며,제4항은 법 제74조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액면제신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 제출할 수 있다고 규정하고 있다.

(3) 구 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 【과세표준】제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있으며,제3항은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 실지취득가액 및 실지양도가액이 확인되는지를 제외한 나머지 사실관계에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 1을 본다.(가) 청구법인은 처분청이 이 건 세액을 결정한 2000.3.24로부터 1년이내인 2000.5.31 청구법인이 면제신청서를 제출하였으므로 이 건 특별부가세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.(나) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 1988.12.31 취득하여 1994.5.27 양도하였음에도 양도일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고기한내에 세액면제신청서를 제출하지 아니하고 처분청의 과세결정이후에 세액감면신청을 하였기 때문에 특별부가세를 면제할 수 없다는 것이다.(다) 살피건대 특별부가세 세액면제신청서를 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고기한내에 제출하지 못한 경우에 대하여 전시 구조세감면규제법시행령 제71조제4항 단서가 “그 기한내에 세액면제신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 제출할 수 있다”고 규정하고 있는 것은같은법 제74조제4항이 특별부가세 면제는 “면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있어 동 특별부가세는 그 면제 여부가 과세권자인 관할세무서장의 결정 또는 경정에 의하여 확정되는 것임으로 조세채권이 확정되기 전까지는 면제신청을 하여야 하는 것으로 해석하여야 할 것인 바,면제신청은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 하여야 하나 그러하지 못한 경우 적어도 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 하거나 과세권자인 관할세무서장이 결정 또는 경정으로 조세채권을 확정하기 전까지는 면제신청을 하여야 하는 것으로 해석함이 타당하다고 할 것이다.나아가 청구법인의 주장과 같이 과세표준과 세액의 결정일로부터 1년이내에 제출할 수 있다고 해석하는 경우에는 국세부과제척기간이 임박하여 처분청의 결정이 있는 경우에는 어떠한 경정결정도 할 수 없는 문제점도 발생하게 된다.

따라서 청구법인이 쟁점부동산을 교회건물로 5년이상 계속하여 사용하다가 양도하였다 하더라도 처분청이 이 건 세액을 결정고지한 이후에 세액감면신청서를 제출하였으므로 특별부가세 전액을 면제하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점 2를 본다.청구법인은 쟁점부동산을 청구외 OOO주택개발 주식회사로부터 청구외 OOO등 3인과 함께 450백만원에 취득하였는 바, 당시 청구법인이 지급한 금액은 134,419천원이고, 청구외 OOO에게 250,000천원에 양도하였으므로 이들 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다고 주장하고 있다.그러나 청구법인이 주장하는 실지거래가액에 의한 양도차익은 102,207천원이고, 기준시가에 의한 양도차익은 164,702천원임에도 청구법인이 실지양도가액이라고 주장하는 250,000천원은 부동산매매 검인계약서상 금액으로 기준시가 255,072천원 보다도 낮은 금액이고, 실지취득가액 134,419천원은 쟁점부동산의 구입내역이 표시된 교회 회의록상에 기재되어 있는 금액에 불과하다.

따라서 청구법인이 제시하고 있는 위 증빙만으로 청구법인이 주장하는 실지거래가액이 확인된다고 보기는 어려운 바, 처분청이 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 그러므로 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.