국민주택건설용지의 양도에 대한 양도소득세의 면제신청을 하지 아니한데 대하여 그 면제를 배제한 처분의 당부(기각)

처분청이 토지에 대한 양도소득세의 면제신청이 없었으므로 양도소득세의 면제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 타당함.

1. 원처분 개요 청구인이 인천광역시 북구 OO동 OOOOOO외 7필지 소재 대지 1,503.5㎡ 중 2분의1(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하여 89.12.26 청구외 주식회사 OO주택에게 조세감면규제법(82.12.21 개정 법률 제3575호, 이하 같다) 제62조 제1항의 규정에 의한 국민주택의 건설용지(이하 “국민주택건설용지”라 한다)로 양도하고 그에 대한 양도소득세의 면제신청을 하지 아니한 데 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도차익을 소득세법시행령 (82.12.31 개정, 대통령령 제10977호) 제115조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가(이하 “국세청기준시가”라 한다)에 의하여 결정하고 국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 면제를 배제하는 것으로 하여 94.10.17 청구인에게 89년도 귀속분 양도소득세 60,757,370원 및 동 방위세 12,997,120원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.12.13 심사청구를 거쳐 95.2.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견 가. 청구인주장

1) 청구주장 1 쟁점토지의 양도당시에 지가공시 및 토지등의평가에관한법률(89.4.1 공포)이 시행(89.7.1)되고 있었으므로 개별공시지가에 의거 양도소득세를 과세함이 타당함에도 불구하고 89년도에 대한 개별공시지가가 공고되지 아니하였음을 이유로 하여 종전의 규정에 의한 국세청기준시가에 의하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

2) 청구주장 2 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의하면 토지를 국민주택건설용지로 양도한 때에는 그에 대한 양도소득세를 면제하는 것으로 규정되어 있는 바 국민주택건설용지로 양도한 쟁점토지에 대하여 양도소득세의 면제신청을 이행하지 아니하였다고 하여 양도소득세의 면제를 배제하고 이 건 양도소득세 등을 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장의견 쟁점토지의 양도당시에는 지가공시 및 토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가가 산정되어 있지 아니하였으며, 90.5.1 개정한 소득세법시행령 부칙(대통령령 제12994호) 등에 의하면 90.8.30 공시한 개별공시지가는 90.9.1부터 시행하도록 규정하고 있으므로 처분청이 89.12.26 양도한 쟁점토지에 대한 자산양도차익을 OO함에 있어서 소득세법시행령 제115조 제1항(82.12.31 개정)의 규정에 의거 그 취득 및 양도 가액을 국세청기준시가(공시지가 시행전 종전의 기준시가)에 의하여 결정함은 잘못이 없다고 판단되며, 국민주택건설용지를 양도하고 그에 대한 양도소득세를 면제받고자 하는 자는 조세감면규제법 제62조 등의 규정에 의하여 자산양도차익에 대한 과세표준확정신고기한까지 세액면제신청을 하는 경우에 한하여 적용하는 바, 청구인은 쟁점 토지를 89.12.26 양도하고 익년 5.31까지 세액면제신청을 하지 아니하였으므로 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세의 면제를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 쟁점토지의 양도차익을 결정함에 있어서 개별공시지가에 의하지 아니하고 국세청기준시가(공시지가 시행전 종전의 기준시가)에 의하여 결정한 처분의 당부

2) 국민주택건설용지의 양도에 대한 양도소득세의 면제신청을 하지 아니한데 대하여 그 면제를 배제한 처분의 당부 나. 쟁점 1 (공시지가 시행전 종전의 국세청기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부)에 대하여

(1) 소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호의 규정에 의하면 토지 등의 양도차익을 OO함에 있어서 그 취득 및 양도가액을 기준시가에 의하여 결정하는 것을 원칙으로 하고 있으며, 같은법 제60조 및 같은법시행령 제115조 제1항 제1호와 그 부칙 등의 규정에 의하면 90.5.1 위 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호가 개정되기 전에는 토지에 대한 기준시가를 국세청장이 정하는 배율방법에 의하여 평가한 가액 등(국세청기준시가)에 의하도록 규정하고 있으며, 90.5.1 개정된 규정에서는 토지에 대한 기준시가를 지가공시 및 토지등의평가에관한법률의 규정에 의한 개별공시지가에 의하도록 규정하고 있고, 그 부칙(90.5.1 개정, 대통령령 제12994호)에서는 90.9.1 이후 최초로 양도하는 것부터 개별공시지가를 토지의 기준시가로 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 쟁점토지에 대한 취득 및 양도가액을 기준시가에 의하여 결정하는 것과 쟁점토지의 양도시기가 89.12.26인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 쟁점토지의 양도당시(89.12.26)에는 개별공시지가가 공시되지 아니하였을 뿐만 아니라 관련법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 90.9.1 이후에 토지를 양도하는 것부터 그 기준시가를 개별공시지가에 의하도록 규정하고 있으며, 90.9.1 전에 양도한 토지에 대하여는 그 기준시가를 배율방법에 의하여 평가한 종전의 국세청기준시가에 의하도록 규정하고 있으므로 처분청이 쟁점토지에 대한 양도차익을 결정함에 있어서 그 취득 및 양도당시의 국세청기준시가에 의하여 결정한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

다. 쟁점 2 (양도소득세의 면제신청을 하지 아니한 경우의 면제여부)에 대하여

(1) 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의하면 내국인이 토지를 주택건설등록업자 등의 실수요자에게 국민주택건설용지로 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으며, 같은법 제62조 제3항의 규정에 의하면 위 양도소득세의 면제규정은 그 매입자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도하였으나 그에 대한 양도소득세의 면제신청을 하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 앞의 조세감면규제법 제62조 제3항의 규정에서 살펴본 바와 같이 국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 면제에 있어서는 그 매입자가 면제신청을 하는 경우에 한하여 그에 대한 양도소득세를 면제한다고 할 것인 바, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세의 면제신청이 없었음을 이유로 하여 그에 대한 양도소득세의 면제를 배제하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.