쟁점매입세액이 법인세법시행규칙 「별표1」의 고정자산 내용연수표상 감가상각대상자산과 관련한 공사비에 대한 매입세액인지 여부(경정)

공사금액 전액을 부가가치세법 의 토지의 조성과 관련한 자본적지출로 보아 전액 매입세액불공제하였음은 잘못임.

1. 원처분개요 가. 청구법인은 부산광역시 북구 OO동 OOOOO에 도료 제조공장을 건설하기 위하여 청구외 주식회사 OO건설(이하“OO건설”이라 한다)과 「OO화학(주)공장부지조성공사」를 공사기간을 92.8.14 ~ 93.8.14, 공사금액을 1,477,000,000원으로, 공사기간을 93.4.12 ~ 93.12.31, 공사금액을 500,000,000원으로 하여 2회에 걸쳐 계약을 체결하고, OO건설로부터 건설용역을 제공받고 92.7.1 ~ 92.12.31(92년제2기) 과세기간동안 세금계산서 6매 공급가액 864,909,091원, 세액 86,490,909원, 93.1.1 ~ 93.6.30(93년제1기) 과세기간동안 세금계산서 5매 공급가액 495,000,000원, 세액 49,500,000원, 93.7.1 ~ 93.12.31(93년제2기) 과세기간동안 세금계산서 5매 공급가액 400,909,090원(세액 40,090,909원)을 수취하여 매입세액공제 신고하였다가 위 중 93년제1기 해당세금계산서 3매 공급가액 395,000,000원, 세액 39,500,000원 과 93년제2기 해당 세금계산서 2매 공급가액 90,909,090원, 세액 9,090,910원 (이하 “쟁점세금계산서 혹은 쟁점매입세액”이라 한다)을 제외한 나머지 세금계산서상의 매입세액을 매입세액이 불공제되는 토지조성관련 매입세액으로 보아 수정신고하였다.

나. 처분청은 위 쟁점매입세액 모두를 공장부지 및 기숙사부지관련 조성비로 판단하고 이를 토지조성과 관련한 자본적지출과 관련한 매입세액이라 하여 매입세액 불공제하여 94.4.16 청구법인에게 93년제1기분 부가가치세 43,450,000원, 93년제2기분 부가가치세 10,454,540원을 경정결정하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 94.6.15 이의신청을, 94.9.16 심사청구를 거쳐 94.12.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견 가. 청구주장

(1) 처분청이 매입세액불공제한 쟁점매입세액은 부가가치세 과세사업을 영위하기 위한 공사비이므로 전액 매입세액공제되어야 하며,

(2) 위 주장을 받아들일 수 없다면 이 건 공사중 구축물공사와 포장공사와 관련한 매입세액 101,425,737원은 법인세법시행규칙 「별표1」고정자산 내용년수표상 감가상각대상자산과 관련한 매입세액이고 쟁점매입세액은 위 세액 미만이므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인이 제시한 공사내역서에 의하면 공사내역이 토공, 옹벽공사, 조경공사, 운반비, 기타경비로 되어 있고 쟁점매입세액이 관련된 공사는 성토공사, 배수공사, 옹벽공사로서 건축법 제30조 에서 규정하는 대지의 안전을 위하여 필수적으로 하여야하는 공사로 보여지므로 쟁점매입세액을 매입세액 불공제되는 토지에 대한 자본적지출로 보아 불공제한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 과세사업과 관련된 매입세액은 토지가치를 증가시키는데 사용된 공사비의 매입세액도 매출세액에서 공제하여야 하는 지.

(2) 쟁점매입세액이 법인세법시행규칙 「별표1」의 고정자산 내용연수표상 감가상각대상자산과 관련한 공사비에 대한 매입세액인 지.

나. 관련규정 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하면 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제4호에는 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 같은법시행령 제60조 제6항에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

다. 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 정당한 지

(1) 먼저 쟁점매입세액은 부가가치세 과세사업과 관련된 매입세액이므로 전액 매입세액공제하여야 한다고 주장하고 있는데 대하여 보면, 전시한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하면, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 건설공사에 대한 부가가치세 매입세액은 토지의 자본적지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 불공제하는 것이나 법인세법시행규칙 「별표1」의 고정자산내용년수표상 감가상각대상자인 구축물에 관련된 공사는 토지조성과 관련없는 공사이므로 관련 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것으로 보아야 하는 것(국심 94중0033,94.10.24 같은뜻)이므로 이 건 청구주장과 같이 과세사업과 관련한 매입세액은 토지조성비까지도 공제할 수 있는 것은 아니고 구체적으로 쟁점세금계산서의 공급가액이 토지조성과 관련없는 구축물관련공사비인지 여부를 판단하여 매입세액공제대상인지를 결정하여야 할 것이다.

(2) 다음 쟁점매입세액이 토지조성관련공사이외의 공사와 관련한 매입세액인지에 대하여 보면, 이 부분 청구주장은 처분청이 쟁점매입세액을 공장부지 및 기숙사부지 조성과 관련한 매입세액으로 보아 매입세액불공제한데 대하여, 청구법인은 쟁점매입세액이 법인세법시행규칙 「별표1」고정자산 내용년수표상 감가상각대상자산인 포장공사, 옹벽, 집수정, 배수관 등의 구조물 공사(이하 “포장공사, 구조물공사등”이라 한다)와 관련한 매입세액이니 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있는 경우로, 쟁점매입세액 관련공사가 매입세액공제대상공사로 볼 수 있는 지에 대하여 살펴본다. 청구외 OO건설이 청구법인이 주장하는 것과 같은 도로포장 및 구조물공사등을 한 것으로 볼 수 있는 지를 보면, 청구법인과 OO건설간에 체결한 「공사도급계약서」에 의하면 공사명이 「OO화학(주)공장부지조성공사」라고 기재되어 있으나 청구법인이 제시하고 있는 자료등에 의하면 이 건 공장부지는 경사진 임야에 조성되어 옹벽 등의 공사가 필수적으로 보이고 실제 도로포장공사 및 옹벽 등의 구조물공사를 한 것으로 나타나며, 이 건 공사금액은 1,977,000,000원이고 공장부지조성면적은 12,322평으로 위 공사금액이 모두 토지 평탄화작업에 사용되었다고 가정을 할 경우 평당공사비는 160,444원으로 계산되는 바, 이러한 금액이라면 단순한 평탄화 작업만 하였다고 보기에는 너무 많은 금액으로 보이는 점 등으로 보아 OO건설이 처분청의 의견처럼 이 건 공장이나 기숙사부지의 조성작업만 하였다고 보기는 어렵고, 건물신축시 반드시 필요한 구조물공사나 도로포장공사도 하였다고 보는 것이 옳다 하겠다.

그렇다면 옹벽, 석축, 도로포장 등의 구축물공사는 법인세법시행규칙「별표1」의 고정자산내용년수표에 감가상각대상자산인 구축물로 규정하고 있어 토지와는 별개인 감가상각대상자산으로 보아야 한다 하겠으므로 이 건 도로포장이나 구조물공사와 관련된 매입세액은 공제되는 매입세액이라 하겠으므로 (국심 95부1010, 95.9.18 등 다수 같은뜻), 처분청은 쟁점매입세금계산서가 위 법인세법시행규칙 「별표1」의 고정자산내용년수표상의 감가상각대상자산과 관련한 세금계산서인지를 확인하여 매입세액공제여부를 판단하였어야 하나 이 건 공사금액 전액을 전시한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제60조 제6항의 토지의 조성과 관련한 자본적지출로 보아 전액 매입세액불공제하였음은 잘못이라 하겠다.

라. 이상과 같은 사유로 청구주장은 일부 이유있음이 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.