사업자등록 신청전에 공급받은 매입세액의 공제 여부(기각)

사업개시후 사업자등록신청일로부터 역산해 20일 이내에 교부받은 세금계산서의 ‘등록전 매입세액’공제는 1999. 1. 1 이후 공급분부터 적용됨

1. 사실 청구인은 강원도 OO시 OO동 OOOOOO OO아파트 단지내 유치원 및 근린생활시설 1동(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구외 OO건설주식회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)로부터 건물가액 234,555,040원(부가가치세 포함) 토지가액 62,319,456원 합계 320,000,000원에 매입하였으나, 청구외 법인으로부터 1998.10.14～1998.11.30 공급받은 매입세액 23,425,504원을 매출세액에서 공제하지 아니하였다. 청구인은 쟁점부동산의 건물가액에 대한 부가가치세 매입세액 23,425,504원을매출세액에서 공제하여 달라고 2000.1.25 처분청에 하였으나 처분청은 청구인이 쟁점건물에 대한 사업자등록접수일 이전에 공급받은 매입세액 19,765,270원(이하 “쟁점세액”이라 한다)에 대하여는 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 2000.3.25 청구인에게 거부통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.6.23 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 매매대금은 계약서상의 내용과 다르게 지급하였으므로 실제 지급일자를 거래시기로 보아야 하고, 청구인이 청구외법인으로부터 공급받은 세금계산서의 매입세액 19,765,270원이 등록전 매입세액 이라면 등록신청일로부터 역산하여 20일내의 매입세액은 공제하도록한 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 단서 및 동법 시행령 제60조 제8항의 규정에 의해서 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견 부가가치세법 시행령 제21조 는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 2항 제5호 단서조항은 1999.1.1이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하도록 되어 있으므로 청구인의 주장은 이유없다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 청구인이 사업자 등록 신청전에 공급받은 쟁점 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령 부가가치세법 제9조 (거래시기) 제1항에서 “재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능한 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때“라고 규정하고 있고, 제4항에서 “제1항과 제2항에 규정하고 있는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제21조 (재화의 공급시기)제1항에서 “ 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 1.～3.(생략)

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때.“라고 규정하고 있고, 같은법 제17조 (납부세액) 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.～4.(생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 제5조 본문의 규정에 의하여 사업개시후에 등록한 사업자의 등록하기 전의 매입세액으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다(98.12.28 단서신설). 고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제60조 (매입세액의 범위) 제7항 및 “ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다”고 규정하고 있고, 제8항에서 “법 제17조 제2항 제5호 단서에서‘ 대통령령이 정하는 것’이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다”고 규정하고 있다. 같은법 부칙(1998.12.28 법률 제5585호) 제1조(시행일)에서 “이법은 1999년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하고 있고, 제2조(일반적 적용례)에서 “이 법은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받은 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

① 청구인은 쟁점부동산을 부가가치세를 포함한 건물가액 257,555,040원, 토지가액 62,319,456원 합계 320,000,000원에 1998.10.14 취득하는 매매계약을 체결하고, 그 대금은 1998.10.14 계약금 40,000,000원, 1998.10.24 중도금 210,000,000원, 1998.11.30 잔금 70,000,000원을 지급하기로 1998.10.14 청구외 법인과 약정하였다.

② 청구외법인은 쟁점건물분에 대한 세금계산서를 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제4호에 따라 대가를 받기로한 때인 계약금· 중도금·잔금지급일자에 아래와 같이 청구인에게 교부하였다. 〈세금계산서 교부내역〉 (단위 :원)

일자

공급가액

세액

합계

비고

98.10.14

29,281,880

2,928,187

32,210,067

청구인에게 주민등록기재분으로 발급

98.10.24

168,370,811

16,837,083

185,207,894

98.11.30

36,602,349

3,660,234

40,262,583

계

234,255,040

23,425,504

257,680,544

③청구인은 쟁점부동산에 대한 사업자등록 신청서를 1998.10.27(개업일 1998.10.12)접수하여 1998.11.3 처분청으로부터 이를 교부받았음이 확인된다. ④청구인은2000.1.25 쟁점부동산중 건물분 매입세금계산서의 매입세액 23,425,504원을 매출세액에서 공제하여 주도록 처분청에 경정청구를 하였으나 처분청은 계약금과 중도금에 대한 매입세액 19,765,270원은 등록전 매입세액에 해당하고, 잔금에 대한 매입세액 3,660,234원은 주민등록기재분으로 사실과 다른 세금계산서로 보아 환급을 거부하였으나 추후 사업자등록 접수일 후 공급받은 매입세액 3,660,234원은 매출세액에서 공제하였다. 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 매매대금은 계약서내용과 다르게 지급하였으므로 실제 대금지급일자를 거래시기로 보아야 하든지 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제5호를 적용하여 쟁점금액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구인과 청구외법인간에 작성한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 계약금 40,000,000원 중도금 210,000,000원 잔금 70,000,000원을 1998.10.14, 1998.10.24, 1998.11.30 각각 지급하기로 계약을 체결하였는바 이는 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제4호의 규정에서 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 보도록 규정하고 있는 바, 청구외 법인이 각각의 대가를 받기로 한때에 청구인에게 세금계산서를 발행하였음은 잘못이 없다고 보여진다.

한편, 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일 이내에 정부에 등록하도록 부가가치세법 제5조 에 규정하고 있고 등록하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 부가치세법 제17조 에서 규정하고 있는 바, 쟁점매입세액은 청구인이 사업자 등록신청을 접수한 1998.10.27 이전에 청구외 법인으로부터 주민등록기재분으로 공급받은 매입세액으로서 등록전 매입세액에 해당하므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 당초처분은 잘못이 없다고 보여지고, 청구인이 사업개시후 등록신청일로부터 20일 이내에 쟁점매입세액에 대한 세금계산서를 교부받았으므로 개정된 법률(1998.12.28 법률 제5585호)을 적용하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라고 주장하고 있으나, 개정된 법률은 1999.1.1부터 시행하고 이법 시행후 최초로 공급받는 분부터 적용하도록 부칙에서 규정하고 있으므로 1998.10.14～1998.10.24에 청구외 법인으로부터 공급받은 쟁점매입세액은 개정법률이 적용될 수 없어 청구주장은 이유 없다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.