나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부(기각)

처분청이 쟁점토지가 부산직할시에 양도될 당시에는 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분에 달리 잘못이 없음.

1. 원처분 개요청구인은 부산직할시 사하구 OO동 OOOOOO 대지 236㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 81.9.7 취득하여 소유하다가 86.10.24 청구외 부산직할시에 양도하기로 협의증서를 작성하고 보상가액 57,340,000원을 수령하였고, 90.11.2 잔금에 대한 청구를 하고, 90.11.15 부산직할시에 소유권이전등기를 한 후 90.11.19 잔금 20,422,000원을 수령하였다.처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도한 후에 양도차익에 대한 예정신고 또는 과세표준확정신고를 하지 않은데 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계상하고 93.11.20 양도소득세를 감면하고 동 방위세 15,484,050원을 결정고지하였으나 청구인의 이의신청 결정에 의하여 94.3.4 동 방위세를 10,391,970원으로 경정결정하였다.청구인은 이에 불복하여 94.1.6 이의신청 및 94.4.6 심사청구를 거쳐 94.8.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 양도시기는 86.10.24 부산직할시에 양도계약하고 1차보상금을 받은 날이다. 이후 청구인은 쟁점토지에 대한 일체의 권리가 소멸되고 보상가액도 86.10.24기준으로 하여 보상받았기 때문이다.

(2) 취득가액 및 장기보유특별공제를 일체 하지 아니한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 양도시기는 원칙적으로 잔금청산일이므로 청구인이 쟁점토지의 보상금에 대한 잔금을 수령한 날인 90.11.2을 양도시기로 하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 기준시가에 의하여 양도차익을 결정한다하여도 실지양도가액이 확인되는 경우 그 양도차익은 실지양도가액을 초과할 수 없는 것이므로 양도차익을 산정함에 있어 실지양도가액을 한도로 하여 결정한 처분은 정당하며 또한 나대지의 양도에 대하여는 장기보유특별공제대상이 아닌 바, 청구인은 쟁점토지에 건물이 있었다는 증빙을 제시하지 못하고 있으므로, 처분청이 쟁점토지가 부산직할시에 양도될 당시에는 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분에 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지의 양도시기는 부산직할시에 협의양도계약한 날인지 또는 보상금에 대한 잔금을 수령한 날인지 여부와

(2) 쟁점토지에 대한 취득금액 및 장기보유특별공제를 하지 아니한 처분이 타당한지를 가리는 데 있다.

나. 쟁점토지의 양도시기에 대하여 본다.

(1) 관련법령을 보면,소득세법 제27조및같은법시행령 제53조제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 그 제2호에서 “대금을 청산하기전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부등에 기재된 등기접수일”을 규정하고 있다.다만, 토지수용법에 의한 수용의 경우의 양도 또는 취득의 시기에 대하여는 당해 자산의 대금을 청산한 날보다 토지수용법등에 의하여 수용한 날이 먼저 도래하는 경우에는 수용일을 취득시기 및 양도시기로 하는 것으로 해석되고 있다.

(2) 이 건 사실관계를 보면,쟁점토지는 부산직할시의 도로확장공사에 편입된 공공용지로서 86.9.12 부산직할시 고시 제269호에 의하여 도시계획사업실시계획인가후에 청구외 부산직할시는 쟁점토지를 공공용지로서 취득하기로 청구인과 협의하여 쟁점토지의 취득협의 성립일을 86.10.24로 하고 협의성립대금을 77,762,000원으로 한 후에 청구인은 가액의 70%상당액인 57,340,000원을 수령하였고, 쟁점토지가 같은동 OOOOO OOO의 658㎡로 등기되어 있고, 그 지상에 세입자 청구외 OOO의 가건물 8.37㎡가 있으므로 그 지상물을 부산직할시가 90년 1월에 편입하여 보상하고 쟁점토지는 90.4.2 같은 동 OOOOOO로 분할등기한 후인 90.11.2에 청구인이 잔금청구하여 90.11.15 부산직할시에 소유권이전등기하고 90.11.19 확정된 잔금 20,422,000원을 수령하였다.

(3) 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기에 대하여, 위의 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점토지는 토지수용법에 의한 수용이 아니고 부산직할시에 협의양도한 것이므로 잔금청산일을 양도시기로 보아야 하는 것이나 잔금청산일 이전에 소유권이 이전되었으므로 소유권이전일인 90.11.15을 양도시기로 보아야 할 것이다.

따라서 처분청이 잔금청산일을 90.11.2로 하여 과세한 내용은 양도일자의 차이가 있으나 세액의 계산에 변동이 없으므로 처분청의 과세처분은 타당하고 협의증서작성일을 양도시기로 보아야 한다는 청구주장은 이유없다.

다. 쟁점토지의 취득가액 및 장기보유특별공제를 하지 아니한 처분에 대하여

(1) 관련법령을 보면,소득세법 제23조제2항에서 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(양도가액)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(양도차익)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서 그 제1호는 양도소득특별공제액을 그 제2호는 장기보유특별공제액을 그 제3호는 양도소득공제액을 규정하고 있고,같은법 제45조제1항에서 “거주자의 양도차익계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다”고 하면서 그 제1호에는 취득가액을 규정하고 있고,같은법시행령 제46조의 3및같은법시행규칙 제18조의 2제2항에서 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지에는 나대지(임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물인 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)가 포함되는 것으로 규정하고 있다.또한,같은법 제23조제4항 및 제45조 제1항 제1호와같은법시행령 제170조제4항을 모아보면, 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액은 기준시가에 의하는 것이 원칙이나 청구인이 과세표준신고기한내에 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있도록 신고한 경우에는 실지거래가액으로 결정할 수 있도록 규정하고 있다.

(2) 이 건 청구인의 과세된 결정내용을 처분청이 제시한 결정결의서에 의하여 보면, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 양도차익신고를 하지 않았으므로 처분청이 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하고 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하므로 실지양도가액을 한도로 하여 양도차익을 산정하고 쟁점토지는 나대지라고 하여 장기보유특별공제액을 계상하지 아니하였음이 확인된다.

(3) 취득가액을 공제하지 아니한 처분에 대하여 본다.청구인이 쟁점토지의 양도소득에 대한 취득가액을 공제받기 위하여는 양도소득의 과세표준 신고기한내에 양도차익을 신고하여 실질과세를 주장하면서 취득가액을 신고하지 아니하는 한, 정부는 양도당시의 기준시가에 의하여 과세하는 것이고, 기준시가에 의한 양도차익이 실지 양도가액을 초과할 경우에는 양도차익은 실지양도가액을 한도로 한다(대법원 92누4260, 92.9.8 및 국심 89서1078, 89.9.12외 다수 참조)는 실질과세 원칙에 의하여 처분청이 양도차익을 계상한 데 대하여 취득가액을 추가로 인정할 수는 없는 것이므로 청구주장은 이유 없고 처분청 처분은 적법하다.

(4) 장기보유특별공제액을 계상하지 아니한 처분에 대하여 본다.청구인은 쟁점토지가 도로인 상태이므로 장기보유특별공제를 하여야 한다는 주장이나 앞에서의 관련법령에 의하면 나대지는 공제대상이 아니고 부산시 교통공단의 심판청구심리자료제출(보상 489-4417, 94.10.11)에 의하여 쟁점토지의 보상내용을 보면 쟁점토지의 지상에는 세입자의 가건물 8.37㎡이외에는 건축물이 존재하지 아니하였다고 판단되고 가건물인 무허가 건축물이 정착되어 있는 토지도 나대지로 보는 것이므로 쟁점토지는 장기보유특별공제대상에서 제외되는 것이므로 청구주장은 이유없고 처분청의 처분은 적법하다.

따라서 청구인의 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.