2005~2008사업연도에 발생한 결손금을 2018사업연도 법인세 과세표준에서 공제할 수 있는지 여부

2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 그 기간이 10년으로 변경된 것이므로 2005~2008사업연도에 발생한 결손금을 2018사업연도 법인세액에서 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 임대주택 분양사업 등을 영위하고 있으며, 2019.9.3. 2005～2008사업연도에 발생한 결손금 합계 OOO2018사업연도 법인세 과세표준에서 공제해 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 공제대상 이월결손금에 해당하지 않는다는 이유로 2019.12.16. 이를 거부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법인에게 결손금이 발생하다가 어느 사업연도에는 소득이 발생한 경우 소득이 발생한 사업연도에 관하여 전 사업연도의 결손금을 전혀 공제받지 못하고 당해 사업연도 소득 전체에 대하여 법인세를 내야 한다면 법인의 담세력에 부합하는 과세가 되지 못한다는 점에서 이월결손금 공제가 인정되고 있다. 이익의 획득을 목적으로 하는 자본의 결합체이자 계속성을 가진 주식회사의 본질상 소득은 통산하여야 마땅하기 때문이다.

(2) 청구법인은 임대주택 분양업을 주된 영업으로 하고 있는데, 이와 같은 사업은 인허가 조건 등에 따라 기본적으로 사업 준비에도 상당한 기간이 소요되므로 5년 이내에 사업을 본격적인 궤도에 올려놓는 것이 매우 어렵다. 청구법인의 경우에도 설계 및 단지조성 등과 관련한 인허가를 받는데 약 2년, 공사기간으로 약 3년이 소요되었고, 당국의 허가조건인 임대기간 5년을 필요로 하다 보니, 2005년부터 2015년까지 무려 11년간이나 결손금이 발생하다가 2016년에 이르러서야 소득이 발생하기 시작하였다.

(3) 그런데 구 「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 이월결손금 공제기한을 5년으로 규정하고 있었다는 사정만으로, 청구법인의 경우에도 사업의 특성을 무시하고 일률적으로 종전 5년의 공제기한을 적용하는 것은 이러한 이월결손금 공제의 취지에 전혀 맞지 않다. 결국 이와 같이 사업의 형태 등에 비추어 5년의 이월결손금 공제기한을 적용하는 것이 부당하다고 할 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는 위 5년의 이월결손금 공제기한이 적용되지 않는 것으로 해석하는 것이 합헌적 법률해석의 원칙, 응능부담의 원칙 내지 조세형평의 원칙에 부합한다. 따라서 청구법인의 경우 2005∼2008사업연도에 발생한 결손금도 2018년도 법인세 과세표준 계산시 공제받을 수 있다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 구 「법인세법」 제13조 제1항은 법인세 과세표준을 산정함에 있어 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 이월결손금으로 공제하도록 규정하고 있었고, 동 규정은 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금을 이월결손금으로 공제할 수 있도록 개정되면서, 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용하도록 하고 있다.

(2) 위 규정에 의하면 공제기간을 연장하는 별도의 예외규정이 없으므로 2005∼2008사업연도에 발생한 결손금을 2018사업연도 법인세 사업소득금액에서 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 2005～2008사업연도에 발생한 결손금을 2018사업연도 법인세 과세표준에서 공제할 수 있는지 여부 나. 관련 법률

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제13조【과세표준】 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 ＜부칙＞ 제1조 (시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다. 제3조 (이월결손금 공제에 관한 적용례) 제13조 제1호 및 제91조 제1항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016∼2018사업연도에 대한 법인세 과세표준 계산시, 2009∼2015사업연도에 발생한 결손금 합계 OOO공제함으로서 2016사업연도 및 2017사업연도 법인세액을 OOO으로, 2018사업연도의 법인세액을 OOO각 신고하였다.

(2) 그 후 청구법인은 2005∼2008사업연도에 발생한 결손금 합계 OOO2018사업연도 법인세액에서 공제해 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2008.12.31. 이전에 발생한 결손금은 공제기한이 5년이라는 이유로 거부하였다.

(3) 과세표준에서 공제되는 이월결손금에 관하여 규정한 「법인세법」 제13조 제1호는 아래와 같이 종전에는 공제기간을 5년으로 규정하였다가, 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 그 기간을 10년으로 확대하였다.

(개정 전)

(개정 후)

1. 각 사업년도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

1. 각 사업년도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제13조 제1호는 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에서 공제한다고 규정하고 있으므로 단순히 이월된 결손금과 과세표준 계산시 공제되는 이월결손금은 다르게 보아야 하고, 동 규정은 종전에는 각 사업연도 개시일로부터 역산하여 5년 이내에 발생한 결손금을 공제대상으로 하였다가, 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 그 기간이 10년으로 변경된 것이므로 2005∼2008사업연도에 발생한 결손금을 2018사업연도 법인세액에서 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.