총괄납부 시 중고차 공제한도는 어떻게 계산하나?

사업장이 둘 이상인 자동차매매업자가 주사업장 총괄납부를 적용받는다. 매입한 중고자동차를 판매 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출한다. 쟁점 규정은 2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 시행된다.

중고자동차 매입세액 공제특례 공제한도 산정 시 주사업장 총괄 납부 사업자의 경우 "해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준" 계산은 "중고자동차를 매입한 사업장과 타사업장 반출을 통하여 판매하는 사업장의 중고자동차 공급가액 합계액"으로 하는 것임

법규과-1335

사업장이 둘 이상인 자동차매매업자가 ｢부가가치세법｣ 제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부의 적용을 받아 매입한 중고자동차를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우로서,

2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 시행되는 ｢조세특례제한법｣ 제108조제2항제2호의 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 한도 적용시 "해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준" 계산은 "중고자동차를 매입한 사업장과 타사업장 반출을 통하여 판매하는 사업장에서 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준의 합계액"로 하여, 중고자동차를 매입한 사업장의 중고자동차에 대한 매입세액 공제특례 한도를 산정하는 것입니다.

이때 "중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준"은 중고자동차 관리비용, 보증서비스 제공 등 부수 매출액을 제외한 중고자동차 공급가액을 의미하는 것입니다.

질의

주사업장 총괄납부 사업자가 중고자동차를 다른 사업장에 반출하여 판매할 때 매입세액 공제특례 한도의 계산방법.

회답

2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 시행되는 ｢조세특례제한법｣ 제108조제2항제2호의 한도 적용 시, “해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준”은 중고자동차를 매입한 사업장과 타사업장 반출을 통하여 판매하는 사업장의 관련 과세표준 합계액으로 합니다.

이를 기준으로 중고자동차를 매입한 사업장의 매입세액 공제특례 한도를 산정합니다. “중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준”은 중고자동차 관리비용, 보증서비스 제공 등 부수 매출액을 제외한 중고자동차 공급가액을 의미합니다.

국세청 법령해석 사전-2026-법규부가-0408 (2026.05.29 회신), "총괄납부 시 중고차 공제한도는 어떻게 계산하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000021496/