감면주택 보유자의 조합원입주권은 비과세되는가?

1세대가 A거주주택, B임대주택, C감면주택을 보유하다가 거주주택 특례로 A주택을 양도했다. 이후 관리처분계획인가에 따라 B주택에서 전환된 B‘조합원입주권을 양도한다.

(질의1) 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우 ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.(이하 답변내용 참조)

법규과-1864

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 국내에 1세대가 A주택(거주주택), B주택(임대주택), C주택(조특법 감면주택)을 보유하다가 A주택을 ｢소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)｣ 제155조제20항(거주주택 특례)을 적용하여 양도한 후 관리처분계획인가에 따라 B주택이 전환된 B‘조합원입주권을 양도하는 경우로서,

(질의1) 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우 ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받는 주택(C주택)은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.

(질의2) (질의1)에서 비과세를 적용받는 경우 그 적용 범위는 ｢소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)｣ 제155조제20항 후단에 따라 직전거주주택인 A주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

(질의3) (질의2)와 관련하여 양도소득세가 과세되는 범위에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 그 보유기간은 ｢소득세법 시행령｣ 제161조제1항 및 제4항에 따라 직전거주주택보유주택에 해당하는 B주택의 취득일부터 직전거주주택(A주택)의 양도일 전까지의 기간으로 계산하는 것입니다.

질의

1. 조합원입주권 양도 시 C주택을 소유주택으로 보는지 여부

2. 비과세 적용 범위

3. 과세 범위의 장기보유특별공제액 계산 시 보유기간

회답

1. 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우 ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받는 C주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않습니다.

2. 비과세 적용 범위는 ｢소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)｣ 제155조제20항 후단에 따라 직전거주주택인 A주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용합니다.

3. 장기보유특별공제액 계산 시 보유기간은 ｢소득세법 시행령｣ 제161조제1항 및 제4항에 따라 B주택의 취득일부터 A주택의 양도일 전까지의 기간으로 계산합니다.

국세청 법령해석 사전-2024-법규재산-0602 (2025.08.18 회신), "감면주택 보유자의 조합원입주권은 비과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000016817/