법인격 없는 단체의 간접소유도 독립성 판단에 포함되나?

질의법인의 지배구조 최상위에는 법인격이 없는 단체가 있다. 해당 단체를 통한 출자 등으로 질의법인의 발행주식을 간접적으로 소유하는 구조다.

지배구조 상 최상위에 있는 자가 법인격이 없는 단체에 해당한다 할지라도 해당 단체를 통한 출자 등으로 질의법인의 발행주식을 간접적으로 소유하는 경우를 포함하여 실질적인 독립성 기준을 적용해야 하는 것임

법인세과-722

｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성 기준에 따른 중소기업 여부를 판단함에 있어, 자산총액 5천억 원 이상인 법인(외국법인 포함)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업은 중소기업에 해당하지 않는 것으로 귀 질의 경우와 같이 지배구조 상 최상위에 있는 자가 법인격이 없는 단체에 해당한다 할지라도 해당 단체를 통한 출자 등으로 질의법인의 발행주식을 간접적으로 소유하는 경우를 포함하여 실질적인 독립성 기준을 적용해야 하는 것입니다.

이때, 간접소유 비율 계산 시 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외되므로 질의법인의 최다출자자가 이에 해당하는 지는 관련 법률에 따라 판단할 사항입니다.

질의

지배구조 최상위자가 법인격 없는 단체인 경우 그 단체를 통한 간접소유를 중소기업의 실질적인 독립성 판단에 포함하는지 여부

회답

자산총액 5천억 원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접 소유한 최다출자자인 기업은 중소기업에 해당하지 않습니다. 최상위자가 법인격 없는 단체이더라도 그 단체를 통한 발행주식 간접소유를 포함해 실질적인 독립성 기준을 적용합니다. 다만 집합투자기구를 통한 간접소유는 제외되며 최다출자자가 이에 해당하는지는 관련 법률에 따라 판단합니다.

국세청 법령해석 서면-2024-법인-1771 (<time datetime="2025-05-01">2025.05.01</time> 회신), "법인격 없는 단체의 간접소유도 독립성 판단에 포함되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000013049/